相傳西漢中期起，曾幾次出現過先秦留下的寫本，稱為《古文尚書》，先後有魯恭王壞孔子屋壁本、河間獻王本、中秘古文本、張霸“百兩篇”本、杜林漆書本等。劉歆以魯恭王壞孔壁本多“逸書”16篇，請立於學官，遭到今文家的反對，引起學術史上近兩千年的今古文之爭。東漢流行的是杜林漆書本，這一古文本沒有“逸書”16篇而隻有同於今文的29篇，衛宏、賈逵、馬融、鄭玄、王肅等人先後作了注。馬鄭本並將《盤庚》、《太誓》各分為三篇，《顧命》分出《康王之誥》，共為34篇，用所謂蝌蚪文字寫成，魏正始年間刻人“三體石經”中。
西晉永嘉之亂，文籍喪失，今、古文也散亡。東晉初年，梅賾獻上一部用“隸古定”字體(即用隸書筆法按古文字體寫定)寫的，其經文下有“孔安國傳(即注)”的《古文尚書》13卷。該書把伏生28篇析成三十三篇，另從當時所見古籍中搜集文句編造成25篇，以湊成劉向、鄭玄所說“古文五十八篇”之數。由於經文完整和注解詳明，該書受到人們的重視，更因為有王朝的提倡，漸得《書經》的正統地位而流傳下來。唐孔穎達據以撰《尚書正義》20卷，南宋時與“孔傳”合刊為《尚書注疏》(“孔傳”為注，《正義》為疏)。明、清時刻在《十三經注疏》中。唐天寶間又命衛包用楷書改寫成“今字本”，其中有改錯之處。開成間這種今字本被刻在“唐石經”中，為以後一切版刻本之祖。
宋代朱熹的學生蔡沈總結宋人對《尚書》的解說，撰成《書集傳》六卷，每篇注明今文、古文，與《尚書注疏》分別代表《尚書》學史上的兩個不同時代。元代以後，該書成了科舉的法定讀本，明代起被刻在《五經大全》等本中。
從唐代開始，有人對東晉《尚書》置疑，宋代吳提出辨析後，遞經元吳澄、明梅驁、清閻若璩和惠棟等人的嚴密考證，最後判定其25篇是“偽《古文尚書》”，“孔安國傳”是“偽孔傳”，這一本子是“偽孔本”。但偽孔本中保存的今文28篇，是商周文獻的孑遺。清代中葉至今的兩百年間，不少學者對偽孔本進行了深入鑽研，清代王鳴盛的《尚書後案》、孫星衍的《尚書今古文注疏》、王先謙的《尚書孔傳參證》，以及民國時期吳闓生的《尚書大義》和楊筠如的《尚書核詁》，都是有價值的研究成果。