王楫說：“天下戰火沒有停息，百姓的生活還很淒苦。既然成吉思汗現在這麼尊敬您，崇尚道教，尚且還要仰賴您的道行去保護萬民，您怎麼突然說出這樣的話呢？願師父施慈愛之心，以解救世人為念。”師父用手杖叩擊地麵，笑著說：“天命已經定了，難道還由人嗎！”大家都無法推測出師父的想法。
夏五月月底，師父登上壽樂山的山頂向四周看，園林像張開的帳幕，行人在其中休憩，感覺不到暑氣的炎熱。於是師父賦五言律詩一首：
地土臨邊塞，城池壓古今。雖多壞宮闕，猶有好園林。
綠樹攢攢密，清風陣陣深。日遊仙島上，高視八紘吟。
一天，師父從瓊華島（在今北京北海公園）回來，陳秀玉先生來拜見師父。師父拿出首七言律詩給他看，詩中寫道：
蒼山突兀倚天孤，翠柏陰森繞殿扶。
萬項煙霞常自有，一川風月等閑無。
喬鬆挺拔來深澗，並石嵌空出太湖。
盡是長生閑活計，修真薦福邁京都。 1225年農曆九月初，北京上空發生了火星停留在二十八星宿之一“尾宿”附近的天文現象，按照古代占星術的說法，這是不吉利的事情。宣撫大人王楫（字巨川，陝西寶雞人，金元時期的官員）為此，認為北京境內會有災害，打算請師父作齋醮，問師父需要花費多少經費。師父說：“某個人失去了安身之處，我們心裏都覺得不忍心，更何況是北京全境的老百姓呢。近年來征發賦役，人民很是疾苦，政府和私宅的財力也逐漸耗盡，我還是用道觀中的財物來支持舉行法事吧，隻要讓京城的官員們齋戒，等待行禮就足夠了，剩下的什麼都不用。”
於是，王楫就和師父商定：做兩天兩夜的道場。師父不擔心自己年事已老，親自到壇上祈禱。齋醮結束的那天晚上，王楫高興地向師父祝賀說：“天上的熒惑星已經退了很遠，我們不用再擔心了，您深厚的德行與上天有著迅速的感應啊！”師父說：“我有什麼德行......祈禱這樣的事，從古代就有了，隻是恐怕心不誠罷了。古人說：‘至誠動天地’，說的就是這個道理。”
重陽節這一天，遠方的道眾都來會集來，有人獻上菊花，師父作了一闕詞，曲調按《恨歡遲》詞牌填寫，詞寫道：“一種靈苗體性殊，待秋風冷透根株。散花開，百億黃金，嫩照天空。清虛九日持來，滿座隅。坐中觀，眼界如如類長生。久視無凋謝，稱作伴閑居。”
接著，有信眾拿著繭紙大軸來請師父親筆題字，師父為他寫《鳳棲梧》詞：“得好休來休便是。贏取逍遙，免把身心使。多少聰明英烈士，忙忙虛負平生誌。造物推移無定止。昨日歡歌，今日愁煩至。今日不知明日事，區區著甚勞神思？”
有一天，一個人來師父麵前質問是非，師父隻是漠然，不作正麵回答，而用道義來進行解釋，又出示了一首頌辭：“拂，拂，拂，拂盡心頭無一物。無物心頭是好人，好人便是神仙佛。”這個人聽了，感到慚愧退下去了。
1226年正月，盤山地區（在北京東）請師父去主持三天三夜的黃籙大醮。這天天氣晴好，人心愉悅，寒冷的山穀如春天般溫和。將要舉行法事的晚上，師父把一首詩拿給道眾們看，詩寫道：
詰曲亂山深，山高快客心。群峰爭挺拔，巨壑太蕭森。
似有飛仙至，殊無宿鳥吟。黃冠三日醮，素服萬家臨。1226年農曆五月北京大早，農事無法開始，人們因此感到憂愁。有關部門移走攤販，設立祭壇，前後祈禱了幾旬的時間沒有反應。燕京行省派官員請師父祈雨，做一場三天的法會。就在師父壇上請聖的那天晚上，烏雲從各個方向聚攏來，不一會兒就下起雨來，從半夜一直下到吃早飯的時候都沒有停。燕京行省派官員來道觀奉獻香火，感謝師父說：“京師久旱，周圍的田野都要著火了，各種莊稼還沒有種，民不聊生。現在依靠您深厚道行的力量，感動上天降下甘霖，百姓們都說：‘這是邱神仙下的雨。”師父回答說：“是你們的至誠之心感動了天尊，諸聖仙真慈悲，救活了生靈，並不是因為我的原因！”
使者離開後，行省又派使者來稟告師父說：“這雨雖然下了，無奈長時間的幹旱，這點雨水並不足。如果再下一場滂沱大雨，這場旱情就可以解除，願邱道長再發發慈悲祈雨吧。”師父說：“不要擔心。人用至誠之心可以感動上天的神明，神明必定會以誠相報。大雨一定會來的。”果如師父所說，法會還沒有結束，雨勢便如大海翻騰一般到來，這一年獲得了大豐收，北京的各界人士都寫詩向師父道賀。
一天，有一個吳大卿(字德明)的人拿著四首絕向來拜見師父，師父用原詩的韻腳來唱和。第一首是：“燕國蟾公即此州，超凡入聖洞賓儔。一時鶴駕歸蓬島，萬劫仙鄉出土丘。”第二首寫道：“我本深山獨自居，誰知天下眾人譽。軒轅道士來相訪，不解言談世俗書。”第三首為：“莫把閑人作等閑，閑人無欲近仙班。不於此日開心地，更待何時到寶山？”第四首說：“混沌開基得自然，靈明翻小大椿年。出生入死常無我，跨古騰今自在仙。”
師父又給支仲元題畫，在得一、元保、玄素三位神仙畫像上題寫道：“得道真仙世莫窮，三仙何代顯靈蹤。直教禦府相傳授，閱向人間類赤鬆。”另外，居士們來請師父寫頌，師父出示了一首七言絕句：“朝昏忽忽急相催，暗換浮生兩鬢絲。造物戲人俱是夢，是非向日又如何？ 自從師父接受燕京行省各位官員的邀請，於1225年起入住天長觀（今北京白雲觀）以來，麵對天長觀破舊塌陷的殿堂和房舍，破敗不堪的門窗和台階，開始發心重整道場，讓弟子們逐漸修葺，把漏的地方補上，傾斜的地方修正。直到1226年，全部的修複工作才算完成，房舍庭院都為之一新。除此，又新建了四十多間寮房，並沒有借助外界的支持，都是道觀自己供給的。每當到了夏天，命各個齋舍不要點燈，到了深秋再點燈，以此來預防火災。
1226年農曆十月，師父離開了寶玄堂，到方壺齋居住。他每天召集有修行的道人，一起坐談各種高論，有時整個晚上都不睡。冬月十三日半夜，師父披上衣服站起來到中庭漫步，回房後作了一首五言律詩，詩寫道：
萬象彌天闊，三更坐地勞。
參橫西嶺下，鬥轉北辰高。
大勢無由遏，長空不可韜。
循環諸主宰，億劫自堅牢。
1227年從春天到夏天都很幹旱，有關部門多次祈禱，很少獲得感應。一天，京師“奉道會”的道眾來拜謁師父，請求師父祈雨。不久，又有“消災會”也來請師父作醮。師父緩緩地說：“我也打算做道場，剛好你們也提出這樣的建議，真是好事不約而同啊。不過，你們兩家應當做事勤快一些，提前精心準備。”於是約定五月一日做祈雨醮，初三這天做賀雨醮，初一到初三這三天之內就會有雨。要是過了三天，即使下了雨，也不是因齋醮法事而求得的雨。有人說：“天意不可知。師父對他們講這樣的話，萬一法會那幾天不下雨，豈不招來小人的譏諷？”師父說：“你不懂。”
等到醮事完成的那一天，果然下起了雨。第二天，雨下得超過一尺。過了三天，到第四天天放睛時才結束，於是舉行了謝雨醮。整個齋醮法會正像師父說得那樣。 1227年夏天的天氣很悶熱，張資允元帥來廟裏請師父去西山遊覽，多次邀請後，師父終於答應了。第二天等法會結束後，他們就雨後遊曆東山庵。師父與賓客坐在樹林中，黃昏時分準備返回時，師父作了一首絕句，絕句寫道：“西山爽氣清，過雨白雲輕。有客林中坐，無心道自成。”回到元帥的府第，師父在閣樓住了幾天，有人竟然徹夜不眠地到這裏來聽師父講道。之後，師父又接受了大穀庵的邀請做醮。
第二天，清夢庵又邀請師父至廟中。這天傍晚從北飄來大雨，雷電大作，清夢庵的東、西方向上空不斷地電閃雷鳴。師父說：“雷電也是大道顯現出來的妙用啊，但得道之人因功行兩全，自己的閃光點很徹亮，就算是耀眼的雷電也無可匹及。”夜深後客人散去，師父在草堂中休息。不一會兒風雨大作，一聲巨雷響後，窗戶幾乎要被震裂，但不久雷聲就消失了，大家都很驚異。有人問“雷電霹靂應當連續不斷地作響，為什麼震過一下就停了呢？”有人回答說：“因為雷部將帥看到有邱真人這樣的高士在這裏，為此而平息了威怒啊！”
師父回到天長觀後。五月二十五日，道人王誌明從秦州來傳達成吉思汗的旨意，要把北宮仙島改為萬安宮，把天長觀改為長春宮，詔告所有的出家向善之人都隸屬師父管轄，甚至還還賜給師父調動軍隊的虎符，道教的一切事務都仰交給邱神仙來處置辦理。 小暑過後時常下大雨，暑氣愈發熾熱，師父寫了一首七言詩眾人看：
溽暑熏天萬裏遙，洪波拍海大川潮。
嘉禾已見三秋熟，早魑仍聞五月消。
百姓共忻生有望，三軍不待令方調。
實由道化行無外，暗賜豐年助盛朝。
自從瓊華島（在今北京北海公園）改成萬安宮道院以來，砍柴捕魚的人就不去這裏了。幾年過後，田園、池塘裏的飛禽、遊魚日益生育繁衍，遊人來往不絕。師父在天長觀做道場的閑暇時間，每天都騎著馬到那裏去遊玩一次。1227年農曆六月二十一日，師父因病沒有外出，在長春宮東麵的溪水裏沐浴。二十三日，有人報告說巳時、午時之間雷雨大作，太液池的南岸崩塌斷裂，池中的水流入東湖，這聲音在幾十裏外都能聽到。池中的大鱉、揚子鱷、魚都跑光了，太液池幹涸，北口的山峰也已崩塌。師父聽到這消息後，開始沒說話，過了好久，笑著說：“山摧池枯，我將和它們一起離開！”
七月四日，師父對弟子們說：“過去馬丹陽曾對我說：‘我羽化後，全真道將會大興，各地都將信仰道教。長春啊，你正好處在這樣的好時期，屆時道觀都會有朝廷敕賜建設，你也會去主持大的宮觀，甚至還會有使者佩帶牌符傳旨，讓你去管轄道教各項事務。而這時就是你功成名遂，羽化歸真的時候了。u0027“丹陽真人的話已經一一應驗了，都很契合。更何況我全真門中人才濟濟，內外都很完備，我離開人世也就沒有什麼遺憾了。”
師父在寶玄堂養病，一天之內多次去廁所。弟子們請求師父，讓他們都去侍奉，師父說：“我不想勞煩別人，你們都有各自的事情要做，何況去廁所、回臥室又有什麼差別呢！”七月七日，弟子們又請求說：“每天舉行齋醮道場，奉道的善人都很多。願師父慈悲，迎請您到堂上去，來滿足道眾瞻仰敬禮的心願。”師父說：“我九日去。”這天午後，師父留下一首頌辭：
生死朝昏事一般，幻泡出沒水常閑。
微光見處跳烏兔，玄量開時納海山。
揮斥八紱如咫尺，吹噓萬有似機關。
狂辭落筆成塵垢，寄在時人妄聽間。
於是，師父登上葆光堂，羽化歸真，奇異的香氣充滿了廳堂。1227年農曆七月初九師父羽化後，我們都拈香、拜別師父，道眾們都要去靈前吊祭。侍者張誌素、武誌攄等人攔住大家，說：“邱真人臨終前有遺言，命弟子宋道安掌管全真教務，尹誌平和張誌鬆協助，王誌明依舊負責原來的事情。而宋德方、李誌常等人也要與師兄弟一起參議教門中的大事。”於是又高舉師父的遺世頌詞給大家看，宋道安等人拜了又拜，接受了師父的遺命。第二天黎明，大家都穿著喪服行喪禮，來參加師父喪禮的人數以萬計。
宣差劉仲祿聽了這個消息後很震驚，他感歎道：“邱真人自從朝見以來，與成吉思汗達到了相同的見解與看法，離開之後，大汗也很想念邱道長，從來沒有忘記過。現在邱真人已經羽化，應當趕快向大汗報告。”師父頭七之時，各地的道士、信眾都從遠處趕來吊唁，他們哭泣的悲痛感情就如同親生父母去世一般。好多人都著急來廟裏求賜法名，成為全真弟子。一天，宋道安對我（作者李誌常）說：“七月初七，咱們一起接受了師父的法旨。既然受了師父的信任，起法名這樣的事情，就由你代師父起草吧，我來加蓋印章。這件事情已經這樣做了，姑且繼續這麼辦吧。”
不久，清和大師尹誌平從德興府（今河北張家口一帶）回來，舉行祭祀儀式。斷七以後，宋道安對尹誌平說：“我老了，沒有精力去維持教門的日常事務，你代替我管理吧。”宋道安多次讓位，尹誌平最終接受了他的委托，全真道的信眾並沒有比過去少。 1228年春天的農曆三月初，掌教清和大師尹誌平建議為師父在白雲觀構建殿堂供奉。有人說：“蓋造殿堂耗費巨大，況且廟裏儲備的糧食也非常少，恐怕難以成功。”清和大師說：“無論做什麼事，都需要提前規劃好。大家都喜歡別人已經準備好的東西，卻不想計劃如何去著手開始，況且這事不是私事，大家一起共事哪能辦不了呢？而且師父的遺德廣布四方，各地的人誰不仰慕師父呢？不用煩勞化緣，自然會有人來讚助此事，大家不要有顧慮。如果事情進展得不順利，廟裏的財產都用光了的話，就算我們每人拿個瓢去乞討，也要為師父把這座殿堂蓋起來。
宣差劉仲祿聽說這件事後很高興，大力支持，於是推舉鞠誌圓等人辦理這項工程。從四月上旬的丁日開工，平整地麵，建立基址。過了戊、己、庚這三天，就有山西、河北等地二百多個道人，支援糧食來幫忙，他們也很願意出力建造供奉邱真人的殿堂。經過四十天的建設，工程宣告完成。在這個過程中，一同盡力的人有很多，不能一一都記錄下來。大家都說，殿堂建造成功，雖然得力於人力的辛勞，但也有聖賢在暗自扶持的緣故。
殿堂蓋好後，就打算在師父的升遐日——七月九日這天舉行盛大的儀式來安葬邱真人。但是六月裏，雨下個不停，人們都擔心會妨礙儀式的進行。而過了七月初一，天氣放睛，大家心中都很喜悅。舉行葬禮的前一天，就已經點上香燭，擺設好席案，使祭祀活動顯得莊嚴整齊。等到打開靈柩的時候，師父的麵色就像活著一樣。瞻仰遺容的儀式進行了三天，遠近的官員、士人、庶民、僧人、尼姑、道眾，每天來的都有上萬人。他們稽首禮拜，驚歎師父的遺體麵色如生。不久，這個消息就傳到各地，來皈依和奉道的人不計其數。長春宮提前十天就開始準備，為紀念師父設立了三天三夜的道場。到七月初八的辰時，有黑色的鶴從西南飛來，接著有白鶴隨後飛來，人們都仰望鶴群，感到很奇異。九日的子時，設立靈寶清醮三百六十分位，醮禮完畢後，就把師父的遺體埋藏在堂中，奇異的芳香很久都沒散去。到了中午，一共有幾千個道士，以及一萬多名信眾來向師父遺體告別。
安奉師父遺體的儀式結束後，第二天就又下起了大雨。人們都感歎說：“天道和人事，上下互相應合，才能完成這樣的大事。如果不是因為邱真人道德純備，和天地相通，上達神明，能夠有這樣的感應嗎？這肯定不是人力所能夠達到的。”
燕京行省的宣撫大人王楫（字巨川）是陝西鹹陽那邊的顯貴人家，平日就很仰慕道教的玄妙義理，近年來又和師父在北京相會。兩人彼此思想相投，王楫對師父的敬仰更勝過以往。因此，那天安葬師父的時候，王楫親自來負責統籌。北京內外都安排了全副武裝的士兵，防止發生突發事件。直到葬禮結束，整個活動都沒有受到一點擾亂。於是王楫親自為師父的靈堂題寫了“處順”的匾額，為廟裏題寫了“白雲”匾額。