“秀才遇上兵，有理說不清”。在聯邦政府的官員麵前，錢學森明顯處於弱勢，辯白、抗議無濟於事。
錢學森什麼也沒說，看了一眼身旁抱著永真的夫人，什麼也沒拿，跟著移民歸化局官員走了。
錢學森被關在洛杉磯以南聖佩德羅灣一個叫特米諾島(Terminal Island)的移民歸化局的拘留所裏。特米諾島，又稱“響尾蛇島”，是一個不起眼的小島。島上原本有一座廢棄了的石油探井架，井架附近有幾間簡易房。後來被移民歸化局看中，擴建為拘留所。
特米諾島拘留所四周是海。選擇小島作為拘留所，是便於與外界隔絕，防止犯人逃跑。特米諾島拘留所又暗又潮濕又擁擠。牢房裏常常響起西班牙語聲，因為這裏關押的大都是墨西哥的越境犯。許多貧窮的墨西哥人想到美國打工，於是偷越美墨邊境，被抓住了，就押在這個離美墨邊境不遠的拘留所。
總算還好，考慮到錢學森是著名科學家，移民歸化局沒有把他跟那些越境犯關押在一起，而是關進一間單人牢房，有單獨的衛浴設備，生活條件還可以。
杜布裏奇作為加州理工學院院長曾經多次前往拘留所看望特米諾島上的移民局，錢學森曾經在此受審錢學森。他後來回憶說：
他們把他關在聖佩德羅的一個拘留所，我們在那裏看望了他。他有一個小隔間，一個完全舒適的房間。那不是監獄——但那是一個拘留所。他有一個房間，一張桌子，一盞燈，一張床等等。但那樣的拘留對他——對他的自負和自尊——是一個可怕的打擊。他想到自己曾經那麼充分地效力於這個國家（他的確如此），卻得到了這種對待……這最終使他變得非常憤恨。克拉克·密立根（Clark Milli kan)和我常常去探望他，並與我們想得到的所有人作了交談。
丹·金見爾深感震驚。他說：“你知道我並不是說他該被拘留，那太糟糕了，他並不是共產黨人，拘留他是沒有理由的。”移民歸化局的行動讓丹·金貝爾惱火——我覺得金貝爾是非常惱火，對移民歸化局將他隨口說說的評論如此當真，以及沒有用其他方式勸錢（學森）不要走。也許丹·金貝爾認為我應該勸說錢（學森）不要走——我不知道。不管怎麼說，那是一個令人難過的事件。我去那裏探訪過錢（學森）幾次，隻是與他交談，了解他的想法。他們後來讓他假釋回到了帕薩迪納，但沒有許可不能離開洛杉磯郡。他的假釋由克拉克·密立根監督，後者需要起誓一旦錢（學森）離開該郡就彙報。這是很受羞辱的經曆。
杜布裏奇的回憶表明，就連丹·金貝爾都對移民局拘留錢學森表示不滿，而且丹·金貝爾明確地說，錢學森“並不是共產黨人”。
夫人蔣英隻是在釋放前一天獲準前來探望。然而，如錢學森出獄後對一位記者所說：
我被禁止和任何人交談，夜裏，守衛每15分鍾就來亮一次燈，使我沒法好好休息，這樣的痛苦經曆使我在這麼短的時間裏瘦了30磅！
錢學森一下子瘦了那麼多，還在於沉重的心理打擊。作為一位著名的教授，錢學森蒙受不白的牢獄之災，心靈遭到的煎熬’遠遠超過皮肉之苦。
監控的眼睛緊緊盯著錢學森獲準保釋了，終於離開了那人間地獄。他的出獄，又一次成為媒體的關注焦點。
然而，烏雲依然在錢學森頭頂籠罩。
美國移民局規定，錢學森每個月必須要到帕薩迪納移民局去登記，並要隨時接受移民局官員的傳訊。另外，還規定他隻能在洛杉磯市內生活，如果要超出洛杉磯的市界，必須申報，獲得批準方可出洛杉磯。
錢學森住所附近常常出現陌生人在那裏晃蕩。不言而喻，那是移民歸化局的特工在暗中監視他。
夜深，電話突然響起。錢學森一接電話，對方就把電話掛掉了。顯而易見，那是在測試錢學森在不在家。
錢學森的電話受到監聽、信件受到拆檢；就連他上街，背後也有人跟蹤。一句話，錢學森雖然獲釋，但是仍處於軟禁之中。
得知兒子在美國遭到軟禁，父親錢均夫寫信勉勵他：“吾兒對人生知之甚多，在此不必贅述。吾所囑者：人生難免波折，歲月蹉跎，全賴堅強意誌。目的既定，便鍥而不舍地去追求；即使彎路重重，也要始終抱定自已的崇高理想。相信吾兒對科學事業的忠誠，對故國的忠誠；也相信吾兒那中國人的靈魂永遠是覺醒的……”
夫人蔣英是音樂家。這時候她不得不暫時放棄自己的專業，在家中相夫教子。她不敢雇保姆，生怕保姆萬一被移民歸化局收買，就會監控他們的一舉一動。
195011月初，錢學森的八大箱行李經過移民歸化局兩個多月的反複“研究”，並沒有發現內中有機密文件，決定予以退還。
洛杉磯的報紙披露那些特工們把錢學森行李中的對數表當成了“密碼”，一時間在加州理工學院傳為笑談。
錢學森一次次受到傳訊。所幸加州理工學院的法律顧問古柏律師仗義執言，據理為錢學森申辯。