鹹豐帝的禦批雖有肯定之詞，但心中很不滿意曾國藩這個侍郎。但曾國藩認定的是天下之理，所以奏疏一個接一個上，批評也逐漸升級，最後連剛繼位的皇帝也有“三大缺失了”。
第一道是《應詔陳言疏》，所述為人才問題，指出“方今天下，因循墜廢，可謂極矣，吏治日壞，人心日澆”；又對如何培養人才、整飭吏治提出自己的看法。接著，又上《務陳日講事宜疏》、《議汰兵疏》、《備陳民間疾苦疏》、《平銀價疏》等等，分別對當時的政治、軍事、社會、經濟諸問題提出切要透徹的看法。
在曾國藩所上的諸疏中，在當時影響最大的是《敬陳聖德三端預防流弊疏》。
曾國藩指陳缺失，第一條指出皇上隻是在小處謹慎，反而忽視大處，而且有的謹慎到不該謹慎的地方。每天察於小事，而對於國家的大計必然有所疏漏而沒有時間去深究了。所謂國家的大計，包括哪些方麵昵？即如廣西一事，大的問題是安排人事，其次是審查衡量地方的利益，再次是對軍事需慎重行事。
第二個缺失是自去年開言路以來，難道沒有一兩個上乘之計，然而它們的歸宿，大抵都以“不用議”三字了結。其中有被特殊嘉獎的，如頒布詔令褒揚倭仁，但不久便將他疏遠到萬裏之外，降旨以答謝蘇廷魁，不久便將他斥為亂道之流，這些足以說明皇上缺少求言的真意，隻以納諫的虛文來掩飾。
第三指出皇帝“威福自專”：在最近的聖旨中，都說罷黜大權，由皇上親自掌握。皇上的本意，認為中間沒有毫絲的私心。自古的重要直臣，不隻使他成名而已。所以將借助他的藥石，以折損皇上驕傲侈奢的萌芽，培養他的風骨，養育他的威風，以防在有事時折衝之用，所謂疾風知勁草。如果不取這種人，就必然專門錄取那種阿諛奉承的人，可以肯定這種人絕對不敢說出一句逆耳的話而違背皇上的意圖。而稍有鋒芒的人，必然磨他的棱角而折損他的骨氣。一旦有事，則滿朝都是拖遝泄氣之流，袖手旁觀，一籌莫展而已。平常不儲備剛強正直而有能力的人，以培養其風骨和養其威棱，有事的時候哪裏有人才可以供使用！
這一奏疏大有孟子批評專製的遺風。這樣激切亢直的諫疏，不但那些日保富貴的官僚們無人敢寫，就是初生之犢不怕虎的曾國藩，也是壯著膽子頭一遭。據說，鹹豐審讀後，開始是發怒，將原疏擲於地；繼而又說：“拘執太甚，迂腐久通”；再後來心裏平靜下來，為表示開明，又加以褒答。
這幾次上疏，是曾國藩在這一時期的主要作為。一方麵表現了他的政治抱負和遠見；另一方麵也顯示了不諳世故，直道而行的書生本色。幾篇諫疏使他在朝野內外贏得敢於直諫、忠誠為國的政治聲名。
從清廷到湖南老家，有許多人稱讚曾國藩的這種做法。就在上疏不久，好友胡大任給曾國藩來信，盛讚他不顧個人安危，上疏朝廷，並具體談了自己的想法。曾國藩讀信十分感佩，回信說：
今天才知老朋友的心。你能為民眾的痛苦而傷心，想拯桑梓於水火，起瘡痍而沐浴之，我表示欽佩。
當曾國藩沒有上書鹹豐的缺失前，他的同鄉好友羅澤南去信責怪曾國藩隻上言枝葉，不講求根本，其中有“有所畏而不敢言者，人臣貪位之私心也；不務其本而徒言其末者，後世苟且之學也”四句話，曾國藩讀後，感觸很深。
實際上，當時曾國藩己上書鹹豐，但羅澤南還不知此事。當曾國藩接到好友的信後，說“與我上疏的意見相符，萬裏神交，真是不可思議”，立即將上書摘錄全文，請羅澤南閱讀並指教。並請山中老朋友如劉蓉、郭嵩燾、江岷樵、彭筱房、朱堯階、歐曉嶺等人，一一閱看。果然，老朋友得知真實情況後，對曾國藩更加刮目相看，曾國藩的名氣確實大了許多。
曾國藩在京師為官時以敢言著稱，經曆許多世變後，人變得聰明起來，即對不關己的事有時裝糊塗。其中有兩個人例子比較典型。
一是同治時太監安德海因慈禧寵信而肆無忌裨，貪婪成性。朝野之人早有欲殺之而謝國人之心。適逢安德海出京，經直隸時，曾國藩作為直隸總督完全可以按“本朝家法”將安太監捉拿，但他知道事情輕重，不敢造次。同時，他為免與太監相交結之嫌，對這位權勢炙手可熱的人避而不見。這充分說明曾國藩處世之圓通。後來安德海入山東境，終被處死。晚清人說，這一“令名本可得之曾公”，即是說曾國藩可以以此成名。但曾國藩處世一向謹慎，尤其是晚年，唯恐跌蹶，因而慎之又慎。
另一例是曾國藩對清廷處理苗沛霖一案的態度。
苗沛霖本是文生員，後為團練首領，以布政使銜任川北道員，後舉兵圍攻壽州城，曾國藩把這看成是“天下之變也”。事情發生後，壽州富紳孫家泰、練總徐立壯為抗苗沛霖，竟引撚軍相助，曾國藩說這是“變中之變也”。清廷得報後，又令李世忠秘設圈套，設法將苗殲滅，曾國藩稱之為“變中之又一變也”。
一方麵，看準時機，冒著生命危險犯顏直諫，另一方麵，在小利小惠的情況下，明知不對，少說為佳，其中除了年紀經曆不同使人變得謹慎的因素之外，恐怕與曾國藩入局與避局的方圓之道不無關係吧。
五、不拘泥於僵化的規則與方法
若想做事做大做強，求得發展，非一日之功，而是個逐步積累的過程，需要與時代的節奏同步。也就是說在時勢變化時，要跟得上“節拍”，以變應變，尋找出路，不然自己會處於被動地位。所以，曾國藩在做事上又有了“變”字功夫。他說，必須順應時勢善於變化，及時調整自己的行動方案，這是成大事者適應現實的一種方法。
曾國藩知道自己想要成功就應審時度勢，順勢而變才行。他的處世之道，實際上是一種靈活辯證的處世態度和方法。因此，雖然他處世中勤於功名，以儒家思想為核心，恪守仁義的宗旨未改，但在做事為人的“形”上，卻是一生三變。正是這“三變”，引來了人們對他的褒貶。但不管怎樣，沒有這適時的“三變”，便不會有他更大的成功和成名。
有些人這樣評價曾國藩：“其一生善變，書字初學柳宗元，中年學黃山穀，晚年學李黃海，而參以劉石，故挺健之中，愈饒嫵媚。”這是說曾國藩習字善變。“其學問初為翰林詞賦，即與庸鏡海太常遊，究心儒先語錄，後又為六書之學，博覽乾嘉訓詁諸書，而不以宋人注經為然。在京為官時以程朱為依歸，至出而辦理團練軍務，義變而為申韓。嚐自欲著《挺經》，言其剛也。”這裏說的是他學問上善變。
曾國藩的同鄉好友歐陽北熊認是這麼評價曾國藩的：曾國藩早年在京城時信奉儒家，治理湘軍、鎮壓太平天國時采用法家，晚年功成名就後則轉向了老莊的道家。這個說法大體上描繪了曾國藩一生三個時期的“變”字功夫。
縱觀曾國藩一生的處世之道。他是以儒家為本，雜以百家為用，各家思想幾乎在他的每個時期都有所體現。隨著形勢、處境和地位的變化，各家學說在他思想中體現的強弱程度又有所不同，這些都反映了他深諳各家學說的“變”字功夫。
曾國藩紮實的儒家功底，是道光十八年（1838年）至鹹豐二年（1852年）做京官這個時期打下的。他對程朱理學進行了深入研究，又受到唐鑒、倭仁等理學大家的指點，以致在理學素養上有了巨大的進展，進行了理學所重視的身心修養的係統訓練，建立起為人處世的各種“功夫”，包括“變”字功夫。
儒家所說的“身心修養”是一種“內聖”的功夫，通過這種克己的“內聖”功夫，最終達到處世（治國平天下）的目的。曾國藩還發揮了儒家的“外王”之道，主張經世致用。唐鑒曾對他說，經濟，即經世致用包括在義理之中。曾國藩完全讚成，並大大地加以發揮。他非常重視對現實問題的考察，重視研究解決的辦法，提出了不少改革措施，是洋務運動的促進派。
儒家的“自強不息”是一種“變”與“化”的過程，但曾國藩意識到如果隻信奉儒家，思想一定會有所缺失，“變”與“化”也仍舊是僵死的，所以，他在對待太平軍和撚軍的鎮壓上，以及湘軍管理的問題上，作出的一係列主張措施，表現為對法家“嚴峻刑法”思想的“時用”。他提出要“純用重典”，認為非采取“狠”的手段不能為治。而且他還向朝廷表示，即使由此而得殘忍嚴酷之名也在所不辭。他確實是這樣做的，他設立審案局，對所捕的土匪嚴刑拷打，任意殺戮。他還規定，不納糧者一經抓獲，就地正法。在他看來，儒家的“中庸”之道，在這個時候得讓位於“嚴峻刑法”的法家思想。
曾國藩的“變”字功夫，好像是對他其他功夫的反動，其實不然，儒道兩家都提倡“變化”，荀子有“逆取之法”，強調的就是“變”；莊子說：“化則無常。”即順應變化就不執滯常理。做事如果不善變化，是很難成功的。變化是權宜之計，也是應對之策。
鹹豐三年（1853年），曾國藩寫信給魁聯，說：“我在公寓內設立了審案局，十天之內已處斬了五個人。世風不厚之後，人們各自都懷有不安分的心思，一些惡人造謠惑眾，希望天下大亂而去作惡為害，稍微對他們寬大仁慈些，他們就更加囂張放肆，光天化日之下竟敢在都市搶劫，將官府君子視同無物。不拿嚴厲的刑法處治他們，那麼，壞人就會紛紛而起，釀成大禍就無法收拾了。因此，哪怕隻能起一丁點的作用，也要用殘酷的措施來挽回這敗壞已久的社會風氣。讀書人哪裏喜歡大開殺戒，關鍵是被眼下的形勢所逼迫的，不這樣就無法鏟除強暴，從而安撫我們軟弱的人民。這一點，我與您的施政方針恐怕比較吻合吧！”
曾國藩在為官方麵，地位越高，越傾向於“清靜無為”的老莊思想。他常表示，於名利之處須存退讓之心。太平天國敗局已定，即將大功告成之時，這種思想愈加強烈，一種兔死狗烹的危機感時常縈繞在心頭。
他寫信給弟弟說，自古以來，權高名重之人沒有幾個能有善終，而要將權力推讓幾成才能保持晚節。天京攻陷之後，曾國藩便立即遣散湘軍，並作功成身退的打算，以免除清政府的疑忌。
不同的時期，曾國藩有不同的應對辦法，說明他善於從諸子百家中吸取養分充實“變”字功夫。後來容閎稱曾圉藩是“舊教育中之典型人物”。
在曾國藩身上，熔鑄了中國傳統文化的各種基因，正是這些基因，才使他成為中國古代社會“三不朽”（立德、立功、立言）人物之一和最後一個精神偶像。
凡是成大事者，均有識時務、謀深計的功夫，這是他們成功的兩大砝碼。初嚐成功的甜頭就忘乎所以，不栽跟頭才怪；一受打擊就沒勁了，摸著眼淚暗自歎息，這種人也成不了大業，因為淚眼朦朧，物象不清。