曾國藩第二次投水自盡則完全是由於湘軍的驕傲造成的。1855年湘軍由於幾個月在嶽州、城陵磯、武昌、羅家墩等地連戰連勝，很有一股驕氣和銳氣，水勇赤膊短衩，手持刀槍，露立船頭，急流東下。
鹹豐四年九月（公元1855年11月）水陸兩師先後從武昌等地拔營起行，一路攻克大治、興國，九月二十九日（11月15日）水師在薊州獲勝；十月初一、初四、初五（11月20日、23日、24日）陸師在半壁山大獲勝仗，逼太平軍移屯下遊之富池口。半壁山對岸為田家鎮，在長江之北。太平軍在此駐有重兵，約四萬多人，且在江麵上橫亙鐵鎖鏈四道，鐵鎖鏈係在船、排之上，船上置槍，排上安炮，同時鋪沙貯水，以防火彈延燒。鐵鎖鏈上遊有戰船三四十隻，鐵鎖鏈下遊約六十裏處，則屯集各類大小船隻。田家鎮沿岸上下六七裏，都安有炮台，統由燕王秦日綱管帶。
湘軍根據“先攻南岸，次攻江西，然後合攻北麵”的戰略部署，十月初在半壁山獲勝後，於十月十三日（12月1日）發起了新的進攻，斬斷了江上鐵鎖鏈，焚燒了太平軍船四千多隻，其所奪船五百多隻，也一並燒毀。駐田家鎮的太平軍因而下撤。與此同時，在田家鎮上遊的蘄州，由檢點曾鳳傳、陳玉成率領的太平軍，本與魁玉、楊昌泗尚相持不下，聞田家鎮失守，也於次日深夜棄城東撤。
此次田家鎮之役，湘軍的屠殺極其殘忍，曾國藩自供道：僅僅南岸，“自半壁山以至富池口，中間沙州數裏，前此初四、初五之戰，尚有千餘賊屍未收，至於焚溺半死之賊，複混雜於沙際水濱，殘骸堆積，斷肢漂流。”至於江麵上，“申酉之際，追至三十餘裏之武穴地方，乃縱火大燒，煙焰蔽天”，“又三十裏至龍岸，時已三更，凡燒船約四千餘號，百裏內外火光燭天，皆該逆曆年聽擄民船，同歸浩劫”。
田家鎮之役，使太平軍於九江、安慶之上遊頓失屏障，水師損耗殆盡，西征的計劃再次受挫。而在湘軍方麵，“自有此軍以來，陸路殺賊之多，無有過於初四之戰，水路燒船之多，無有過於十三之役”；加上，北路桂明之綠營雖被朝廷明令歸曾國藩節製，但行動遲緩，節節逗留，軍功無幾，屢遭上諭譴責，故湘軍營哨弁勇此時更多驕慢之氣，幾有不可一世之概。正因為如此，它的挫敗必然接踵而來。
十二月十二日（公元1855年1月29日）水師在小勝之後冒險突進，一百二十多隻輕便戰船載著兩千多水勇，盡除鄱陽湖口障礙，駛入湖內。當時，隻聽一陣鑼響，湖口兩側的太平軍奮勇齊出，飛速設壘設卡，斷了這大隊水師的退路，使實力雄厚，一時所向無敵的湘軍水師從此被截為外江和內湖兩部分。其在長江者，“多笨重船隻，運掉不靈，如鳥去翼，如蟲去足，實覺無以自立”，李孟群、彭玉麟隻得放棄這些笨重船隻，退逃上遊。
鹹豐四年十二月二十五日（公元1855年2月11日），曾國藩因田家鎮之勝，奉到上諭，“著賞穿黃馬褂”。然而，就在這天晚上，大敗於長江水麵上。三更，九江林啟容與小池口羅大綱的太平軍，各抬數十隻小船入江，乘月黑地暗，衝入湘軍船幫，進行火攻。湘軍大亂，紛紛掛帆上駛，“自九江以上之隆坪、武穴、田家鎮，直至蘄州，處處皆有戰船，且有棄船而逃者，糧台各所之船，水手盡行逃竄。”
曾國藩坐上舢板督陣，號令不許開船，可是令不行禁不止。倉卒不及逃亡的戰船被焚百餘條，曾國藩的坐船也被俘虜，“文案全失”，連皇帝獎賞他的黃馬褂、白玉四喜搬指、白玉巴圖魯翎管、玉靶小刀、火鐮等件，均成為了太平軍的戰利品，曾國藩見自己手中的賭注已失，痛心疾首，再次投水自盡，又被幕客派人救起，送入羅澤南陸軍營內。他還欲效春秋時晉國先軫之例，策馬赴敵以死，被羅澤南、劉蓉等力勸乃止。事隔四年，至鹹豐八年十二月，他猶餘悸未定，感歎“吉凶同域，憂喜並時，殊不可解！”
正是因為這兩次自殺經曆，讓曾國藩得出了“死生由命”、“吉凶同域”、“憂喜並時”等宿命論觀點，既然一切由命，又有什麼可怕的呢！所以此後曾國藩無論遇到什麼挫折，再也沒有想過去一死了之。也正是由於他的這一認識，才促成了他最後的成功。自曾國藩兩次自殺以後，他接下遇到的最大的逆境是湘軍三河之敗。
1858年，太平天國重整朝綱，各路軍師在樅陽大會之後，陳玉成、李秀成指揮的大軍於8月收複皖北重鎮廬州（今合肥市），9月25日在滁州烏衣鎮殲清軍江北大營三四千人，9月26日在江浦縣小店殲清軍江南大營援師五千人，進而在浦口向江北大營進擊，殲敵一萬多人，使江北大營潰不成軍；又乘勝克複江浦、六合、揚州、天長等重鎮，使金陵與大江以北的交通得以恢複。
同時，陳玉成部由潛山指向武漢，石達開大軍進入湖南省境。在太平軍擊破江北大營前後，湘軍李續賓曾率部從湖北猛攻安徽，連陷太湖、潛山、桐城、舒城等縣，其勢洶洶。但當他進攻太平天國的後勤基地三河鎮時，陳玉成、李秀成、吳如孝會同撚軍張樂行共十餘萬人，揮師馳援，切斷了湘軍的退路，被譽為“所向無敵，立於不敗之地”的李續賓部六千多人於十月十日（11月5日）全部被殲，曾國藩的弟弟曾國華也被擊斃。胡林翼哀歎道：“三河潰敗之後，元氣盡傷，四年糾合之精銳，覆於一旦！”
曾國藩日夜憂傷，九月二十八日（11月3日），給在鄉間的弟弟們寫信說：“金陵大營去冬即有克複之望，今年六七月間賊勢尤極窮蹙。八月間，逆匪忽破浦口，德欽差營盤失陷。又破江浦、天長、儀征三縣。揚州被圍，並有失守之說。南京之賊接濟已通，氣勢複旺。天下事誠有非意料所及者！”
與此同時，江西建昌、寧都一帶由於戰爭仍頻，千裏赤地，疫病流行，傳染到了兵勇。先行入閩的張運蘭部三千多人便“留八百人在建昌養病”，蕭啟江部病者一千三百五十六人，吳國佐部病者不下八百人，劉長佑部“患病尤眾，幾於十人而九，不複能以成軍”，“行軍數日，長夫病困，鍋、帳、彈藥、沿途拋棄”。這就大大減弱了江西省內湘軍的戰鬥力。
凡此種種，使曾國藩異常鬱悶。十月二十九日（12月3日），他寫信給兒子說：“軍情變幻不測，春夏間方冀北賊指日可平，不圖七月有廬州之變，八九月有江浦、六合之變、又有三河之大變，全局破壞，與鹹豐四年冬間相似，情懷難堪！但願爾專心讀書，……則餘在軍中，心常常自慰。”
從此，曾國藩再不唱一年內肅清太平軍的高調了，而且“公憤私戚，意緒瞀亂”。他“因久住建昌，無所作為，欲拔赴湖口，又恐閩賊來竄撫建，進退兩難，寸心終日紛擾，屢次占卦，亦智略不足”。
但是，曾國藩仍然是鎮定的，頭腦是清醒的。鹹豐八年十一月二十六日，他分析了建昌東麵的福建連城一帶、南麵江西信豐一帶與北麵景德德一帶的太平軍的情況。三處雖均距建昌在五百裏以外，但連城太平軍人數少，“閩事不足深慮”，贛南太平軍則“尚有畏避官兵之意”，且有開赴湘南的趨勢，隻有“景德鎮之賊，無論東犯廣信，西犯湖口，皆為莫大之患”。患在哪裏？他認為，在江北三河潰敗、安慶撤圍的情況下，“若使南岸彭澤、湖口複有蹉跌，則九江亦且岌岌可危”，湘軍在整個戰場上很可能毀於一旦。因此，他強調，“就大局而論，景德鎮情形又較重於南路”。於是他立即將自福建折回的張運蘭部調至景德鎮，與統帶饒防兵勇的劉於淳彙合。舍東舍南而圖北，是曾國藩的很重要的一著棋，為他後來進軍安徽，包圍金陵開辟了前進的道路。
2.拂逆麵前做到“聖賢之用心”
曾國藩一生大半時間是身處官場之中，遭受的拂逆可謂數不勝數，這些拂逆有來自同僚的，有來自部下的，而更多的則是來自上司的。那麼，在這眾多的拂逆麵前，曾國藩是否真的做到了“聖賢之用心呢”？在此，我們舉出三個例子來加以說明：
第一個是曾國藩兵陷江西的例子。
鹹豐六年，在江西戰場上，雖然先後有三支從湖北、湖南趕來的援軍，但曾國藩部已被強大的太平軍打得暈頭轉向，在軍事上始終處於被動挨打的局麵，昔日陷嶽州，奪武昌，連帆東下的軍威蕩然無存。時過一年多，曾國藩在給友人的信中仍不無遺憾地說：“前在珂鄉二年，毫無功效”。
在政治上，曾國藩在江西的兩年也處於相當困窘憂鬱的境地。鹹豐帝既要利用他，又不信任他。大臣的進讒與譏評，固不待言，即使以江西巡撫陳啟邁為代表的地方官吏也認為曾國藩越權侵官，故意與之傾軋，多處掣肘。曾國藩要在江西重建水師，陳啟邁卻說江西本省毋庸設立；曾國藩請河南候補知府劉於潯設立船廠，陳啟邁一會兒寫信說，江西要在廠內取去若幹船隻，一會兒又寫信說，不複需用。曾國藩調羅澤南部會攻湖口，陳啟邁卻調他防景德鎮，旋又調他西往義寧，回頭又調往湖口，曾國藩幾次都複信屈從。
當時太平軍已占領義寧，江西官軍往援，被太平軍打敗。知州葉濟英、糧儲道鄧仁坤請求羅澤南率眾援助，陳啟邁“以澤南客軍，當還攻九江，又與曾不能相能，不肯言用。客軍固請，乃許，然中止者數”。最令曾國藩難堪的是，萬載縣舉人彭壽頤在縣內辦團練與太平軍為敵，被曾國藩看中，曾兩次與陳麵商，擬帶他至軍營效力，陳啟邁當麵含糊其辭，背後卻命按察使惲光宸以彭壽頤正與彭才三打官司為由，將彭壽頤投入監獄，嚴刑淩虐。曾陳兩人針鋒相對，幾至不能容止。
曾國藩氣急敗壞，再也不顧自己與陳啟邁同鄉、同年、同官翰林的情分，於鹹豐五年六月二十日（7月23日）上了一本《參奏江西巡撫陳啟邁折》，指控他有虛報戰績、欺君罔上，朝令夕更、反複無常，保舉不公、練團解體，徇庇下屬、紀綱廢弛等四大罪伏。於是鹹豐帝將陳啟邁和惲光宸革職查辦。雖然曾國藩出了一口氣，但是接手的江西巡撫文俊並不因此與曾國藩和衷共濟，依然對他排擠歧視。王定安評論說“曾文正以客軍羈江西，外逼石達開、韋昌輝諸劇寇，內與地方官相抵牾，其艱危窘辱，殆非人所堪。”這還是僅就曾國藩與地方主要長官的惡劣關係說的，即使與省中一般的文武官僚、紳士、良民（地主階級代表人物），曾國藩也是不敢親近、不能親近、隔閡重重，以致處於孤立困厄的境地。他丁憂回籍後，仍然對此不能忘懷，給正在吉安前線的曾國荃寫信說：“餘前在江西，所以鬱鬱不得意者：第一不能幹預民事，有剝民之權，無澤民之位，滿腹誠心無處施展；第二不能接見官員，凡省中文武官僚晉接有稽，語言有察；第三不能聯絡紳士，凡紳士與我營款愜，則或因吃醋而獲咎。若是數者，方寸鬱鬱，無以自伸。”曾國藩的一腔衷情，娓娓訴來，想曾國荃讀了，一定曾為阿兄暗拋憐憫之淚。
糧餉是軍隊的大事。無餉則勇潰，有錢便賣命，這是湘軍的特點。而曾國藩駐江西兩年，在籌餉這件事上也是困窘憂鬱的。湘軍的餉需原先完全由湖南供應。在出征鄂、贛之後，後方越來越遠，轉運艱難，常有無以為繼之虞。因此曾國藩在兵敗湖口，退守江西後，立即於二月二十七日（4月13日）上奏朝廷道：“今賊匪占據漢口，臣軍遠隔下遊，糧道已斷，四川、湖南之餉，不能遠解來營，即去歲準陝西餉下欠二十萬兩，亦不複能解至臣軍矣。僅恃江西捐項，臣等水陸萬餘人，殊不足以資接濟。相應請旨飭下江西撫臣陳啟邁於四年漕折項下，每月酌撥銀兩以濟臣軍。”朝廷批準了他的這一請求。據曾國藩自己估計，他在江西的兩支陸師和一支水師每月需銀九萬兩，但是陳啟邁總共隻給他數萬兩漕折銀，而且“借此挾製，三次谘文，迭次信函，皆雲不肯給餉，以此掣人之肘而示己之恩”。
欠餉、缺餉給曾國藩所帶來的不止是個人的苦惱，更主要的是軍事上的惡果。鹹豐七年初，畢金科部駐饒州，因久未領糧餉，麵有菜色，多次素餉亦無結果。後來，“有司者責君，能破景德鎮，軍食可圖也”。魯莽的畢金科於是率領饑疲之勇千餘人，貿然驟攻景德鎮，陷於太平軍的包圍圈中，死於陣前，全軍亦隨之覆沒。這件事對曾國藩的刺激很大。鹹豐九年六月十四日曾國荃攻占景德鎮後，到畢金科戰死的地方去憑吊，並令人立碑。後來，曾國藩又特作《畢君殉難碑記》，其碑銘說：“人心之賊，一矢或傷。內畏娼嫉，外逼強寇。進退靡依，忍尤叢詬。鬱極思伸，矯首砥天。徒飛無翼，或墜於淵。淵則有底，憤無已！”這與其說是追悼畢金科，不如說是曾國藩在江西兩年的自傷自歎。
可見，在嚴峻的挑戰麵前，曾國藩那種“動心忍性，委曲求金”的聖賢用心是無法發揮的，因為，糧餉是軍隊的生命，豈可一忍了之。
第二個例子是天京攻破後來自上司甚至朝廷的猜忌、懷疑、防範甚至威逼。金陵攻克以後，太平天國忠王李秀成，被方山居民於城外逮住，解交曾國荃軍中。部將蕭孚泗等為了冒功，卻呈報是他們派兵拿獲的，並且把解送李秀成的鄉民們綁起來拷問，勒索李秀成隨身所帶金銀珠寶。與這事有關的將領兵弁，不是曾家的親戚，便是鄰裏鄉親；曾國藩兄弟明知蕭孚泗等人的胡作非為，大損湘軍聲譽，也隻好眼睜眼閉，置之不問。而這事傳到外麵，眾口喧騰，曾國藩兄弟又成為眾矢之的了。
當時朝野都以為李秀成是太平軍高級將領，理應獻俘京師。而曾國藩兄弟卻因為李秀成知道的事情太多了，解到北京，湘軍一切不太合法的事跡，勢難掩飾，又將貽人攻擊口實，生出無數波瀾來。因此不顧朝旨的勒令，同僚的勸阻，毅然“先斬後奏”，迅雷不及掩耳地先把李秀成殺了，然後再向清廷解釋原因，清廷也隻好承認既成事實，然而攻訐曾國藩兄弟的流言滿天飛，諸如“殺人滅口”、“專橫跋扈”之類的指摘，不一而足。甚至有人認為李秀成並沒有死，曾國藩所殺的隻是替身而已。清朝為此還特地派大員到南京進行過明查暗訪。