黃道周擔心朝政這樣下去，將有亡國之禍，所以才昧死直陳，希望有所挽救。他是寧死也不願看見大明亡國的。現在見皇上並不體諒他的忠心，又不許他繼續說話，他幾乎要痛哭起來，大聲說：
“陛下！臣句句話都是為君為國，不存半點私心。‘夫民猶水也，水能載舟，亦能覆舟’。臣恐陛下如此一意孤行，必將使人心盡失，四海鼎沸，國事更不可收拾！”
“出去候旨！”
“征練餉，禍國殃民。臣今日不言，臣負陛下，亦負天下萬民。陛下今日殺臣，陛下負臣！”
黃道周雖然沒有明言將會亡國，但是崇禎十分敏感，從“臣負陛下”四個字聽出來這種含意，不禁勃然大怒，動了殺他的心，拍案喝道：
“黃道周！爾如此胡攪蠻纏，爭辯不止，全失去臣子對君父體統，實在可惡！你自以為名望甚高，朕不能治你的罪麼？哼！少正卯也是聞人，徒以‘心逆而險，行僻而堅，言偽而辯，記醜而博，順非而澤’，不免孔子之誅。今之人多類此者！”
“臣平日忠孝居心，無一毫偏私，非少正卯一類人物。”
崇禎一想，黃道周是個大儒，確實不是少正卯一類人物，所以盡管十分震怒，卻是表現了破天荒的容忍，打算把道周喝退出朝，再議他一個罪名，貶他到幾千裏外去做個小官，永遠不叫他重回朝廷。他怒視著道周，厲聲喝道：
“黃道周出去！”
黃道周叩頭起來，兩腿酸麻，艱難地扭轉身，踉踉蹌蹌地向外走去。崇禎望著他的脊背，想著自己對國事萬般苦撐竟不能得他這樣的大臣諒解，不由地歎口氣，恨恨地說：
“黃道周一生學問，隻學會一個‘佞’字！”
道周立刻車轉身，重新跪下，雙手按地，花白的長須在胸前索索顫抖。他沉痛而倔強地說：
“皇上說臣隻學成一個‘佞’字，臣願把‘忠、佞’二字對皇上剖析一下。倘若說在君父前獨立敢言算是佞，難道在君父前讒諂麵諛為忠麼？忠佞不別，邪正淆矣，如何能做到政事清明！”
“你不顧國家急難，不思君父憂勞，徒事口舌之爭以博取敢諫之名，非‘佞’而何？”
“陛下所信者惟楊嗣昌。先增剿餉，繼增練餉，均嗣昌所建議。嗣昌對東虜不知整軍經武，大張撻伐，隻一味暗中求和。他舉薦陳新甲為本兵，實為繼續向東虜議和計。似此禍國殃民，欺君罔上之人，而陛下寵之，信之，不以彼為佞臣。臣讀書一生，隻學會犯顏直諫，並未學會逢迎阿諛，欺君罔上，竟被陛下目為佞臣。……”
崇禎大喝道：“給我拿了！如此狂悖，拿下去著實打！”
登時上來幾個錦衣力士將黃道周從地上拖起來，推了出去。崇禎拍著禦案咆哮說：
“著實打！著實打！”
滿朝文武都震驚失色，顫栗不止，連平日與黃道周毫無來往的人們也害怕他今天會死於廷杖之下。黃道周被踉蹌地拖出午門，摘掉朝冠，扒掉朝服，推倒在地。他想著自己死於廷杖之下不足惜，可惜的是大明的國運不可挽回了。於是他掙紮著抬起頭來，向午門望一眼，沒有說別的話，隻是喘著氣呼喊兩聲：
“天乎！天乎！”
從文班中慌忙走出一人，年約四十多歲，中等身材，身穿六品文官的鷺鷥補服，到禦案前一丈多遠的地方跪下，叩個頭，呼吸急促地說：
“乞皇上姑念黃道周的學問、操守為海內所欽，今日在皇上麵前犯顏直諫，純出於忠君愛國赤誠，寬饒了他。倘若黃道周死於杖下，反而成就了他的敢諫之名，垂之史冊亦將為陛下聖德之累。”
崇禎認得他是戶部主事葉廷秀，厲聲說：“黃道周對君父狂悖無禮，殺之不足蔽其辜。你竟敢替他求情，定是他的一黨！”
葉廷秀叩頭說：“臣與黃道周素不相識。”
“胡說！既敢為他求情，必是一黨。拿下去著實打！”
不容分辯，葉廷秀登時被錦衣拿了，拖往午門外邊。葉廷秀因在戶部做官，對於農村崩潰情形知道較深，平日較一般朝臣頭腦清醒。本來他想趁機向皇上陳述他對國事的看法，竟然連一點意見也沒有來得及說出口來。
左都禦史劉宗周由於職掌都察院，對朝廷弊政知道得較多且深，又因不久前從他的故鄉紹興來京複職，沿途見聞真切。處處災荒慘重，人心思亂，以及山東和江北各地農民起義勢如燎原，給他的震動很大，常懷著危亡之感。現在文武百官都嚇得不敢做聲，他一則不願坐視大明的江山不保，二則想著自己是左都禦史，不應該緘口不言，於是邁著老年人的蹣跚的步子走出班來，跪下叩頭。他還沒有來得及張嘴說話，崇禎憤憤地問：
“你是想替他們求情麼？”
劉宗周回答說：“葉廷秀雖然無罪，但因為他是臣的門生，臣不敢替他求情。臣要救的是黃道周。道周於學問無所不通，且極清貧，操守極嚴，實為後學師表。臣知陛下對道周並無積恨在心，隻是因他過於戇直，惹陛下震怒，交付廷杖。一旦聖意回轉而道周已死於廷杖之下，悔之何及！”
“黃道周狂悖欺君，理應論死！”
“按國法，大臣論死不外三種罪：一是謀逆，二是失封疆，三是貪酷。道周無此三罪。此外，皇上平日所深惡痛絕者是臣工結黨，而道周無黨。道周今日犯顏直諫，是出自一片是非之心，如鯁在喉，不得不吐，絲毫無結黨之事。如說道周有黨，三尺童子亦不肯信。臣與道周相識數十年，切知他實在無黨。”
“今日不打黃道周，無法整肅朝綱。你不必多說，下去！”
“臣今年已六十三歲，在世之日無多……”
“下去！”
“願陛下……”
“下去！”
“願陛下為堯、舜之主，不願陛下有殺賢之名。陛下即位以來，旰食宵衣，為國憂勤，至今已十三年了。然天下事愈來愈壞，幾至不可收拾，原因何在？臣以為陛下求治太急，用法太嚴，頒布詔令太繁，進退天下士太輕。大臣畏罪飾非，不肯盡職；一二敢言之臣，輒蒙重譴；故朝廷之上，正氣不伸，皇上孤立。”
“胡說！朕何嚐孤立？從萬曆以來，士大夫喜好結黨，互相傾軋，已成風氣。朕對此深惡痛絕，不稍寬容。這正是要伸正氣，正士風。汝素有清直之名，豈能不知？顯係與黃道周一鼻孔出氣！……下去！”
“臣今日不將話說出來，死也不退。”
“你還要嘮叨些什麼？”
“臣以為目前大局糜爛，其症結在正氣不伸，皇上孤立，故天下有人才而不得其用，用而不能盡其力；有餉而不能養兵，額多虛冒；有將而不能治兵，有兵而不能戰，常以殺良冒功為能事。黃道周適才所奏，雖過於戇直，然實為救國良藥。古人雲，良藥苦口利於病，忠言逆耳利於行。陛下若想收已失之人心，必須以堯、舜之心行堯、舜之政。若仍嚴刑峻法，使直言者常獲重譴；日日講聚斂，使百姓生機愈困；則天下事不堪問矣！”停了停，咽下去一股熱淚，他抬起頭繼續說：“陛下痛憤時艱，銳意求治，而二帝三王之道未暇講求。……”
“非是朕不講求，而是諸臣負朕。”崇禎忽然轉向內侍問：“黃道周打了沒有？”
王德化跪下回奏：“現在就要行刑。”
“快打！不要姑息！”崇禎回頭來望著劉宗周，氣呼呼地說：“你們這班有名望的儒臣，隻會把錯誤歸給朝廷，博取高名。今日朕不責你，你也莫再囉嗦。下去！”
“既然陛下重責黃道周，臣愈不能不將話說完。說出之後，雖死無憾。”
“你如此執拗，著實可惱！好吧，等打了黃道周、葉廷秀之後，再容你說。暫且起去！”
“臣話未說完，死不起去。”
“那你就跪著等候。”
雷聲在紫禁城的上空隆隆響著。午門外的西墀下早已做好了行刑的準備，隻是錦衣衛使吳孟明和監刑的東廠提督太監曹化淳想著皇上聽了左都禦史劉宗周的求情可能赦免黃、葉二人的廷杖，所以遲遲沒有動刑。如今一聲吆喝，廷杖就開始了。
作為崇禎的心腹和耳目，曹化淳坐在午門前的西墀上，監視行刑。吳孟明坐在他的右邊，指揮行刑。大約有三十名東廠太監和錦衣衛的官員侍立在他們左右。在西墀下邊站著一百名錦衣旗校，穿著有很多褶兒的猩紅衣服，手執朱紅大棍。黃道周被臉朝下按在地上。他的手和腳都被綁牢。有四個人用繩子從四麵牽拽，使他的身子不能轉動。當崇禎在金台上說出來“快打，不要姑息”的話以後，立刻就由隨侍太監將這句話傳出午門。吳孟明知道劉宗周求情不準，便對眾旗校厲聲吩咐：
“擱棍！”
“擱棍！”站在下邊的一百名旗校同聲呼喊，聲震午門。
喊聲剛住，一個大漢從錦衣旗校隊中走出，將一根紅漆大棍擱在黃道周的大腿上。吳孟明喝一聲“打！”下邊一百名旗校齊聲喝“打！”開始打起來。打了三下，吳孟明為著怕曹化淳在皇上麵前說他壞話，大聲喝：“著實打！”一百名旗校齊聲喝：“著實打！”每打五下換一個行刑的人，仍像從前一樣地吆喝一次“著實打”。吳孟明深知黃道周是當代大儒，不忍心使黃道周立刻死於杖下，所以總不喝出“用心打”三個字。如果他喝出這三個字，行刑的旗校隻須幾棍子就會結果道周的性命。曹化淳明白吳孟明的意思，他自己同黃道周也素無積怨，並不說話。
黃道周的臉碰在地上，鼻子和嘴唇碰破，斑白的胡須上染著鮮血。在受刑中他有時呼喊“蒼天！蒼天！”有時呼喊“太祖高皇帝”或“二宗列祖”，卻沒有一句哀憐求饒的話。他的叫聲逐漸衰弱。被打到四十棍以後，便不知道疼痛，不省人事，隻仿佛聽見遠遠的什麼地方有微弱的吆喝聲，同時仿佛覺得兩腿和身子隨著每一下打擊震動一下。又過片刻，他的感覺全失了。
錦衣旗校用涼水將黃道周噴醒，因皇帝尚無恩旨赦免，隻好再打。打到六十棍時，黃道周第二次死過去了。監刑太監曹化淳吩咐停刑，走到皇帝麵前請旨，意思是想為黃道周留下來一條性命。崇禎的怒火絲毫未消，決心要把黃道周處死，給那些敢觸犯“天威”的大小臣工做個樣子。他隻向曹化淳瞟了一眼，冷冷地說：
“再打二十！”
黃道周又一次被人用涼水噴醒，聽說還要受杖，他隻無力地呼叫一聲：
“皇天後土！……”
廷杖又開始了。黃道周咬緊牙關，不再做聲，心中但求速死。吳孟明有意關照，所以這後來的二十棍打得較輕。打過之後，黃道周的呼吸隻剩下一股遊絲般的幽幽氣兒。人們按照廷杖老例，將他抬起來向地上摔了三次，然後往旁邊一扔。雖然吳孟明使眼色叫大家輕輕摔，但是摔過之後，他第三次死了過去。一個旗校又替他噴了涼水，過了很久才看見他慢慢蘇醒。
葉廷秀被打了一百棍子。虧他正在壯年，身體結實，隻死去一次。等曹化淳報告兩個罪臣都已經打畢，崇禎隻輕輕說了兩個字：“下獄！”然後把憤怒的眼睛轉向劉宗周。這個老臣在地上跪有半個多時辰了。
“你還有什麼話說？”崇禎用威脅的口氣問。
劉宗周抬起頭來說：“方才午門外杖責二臣，喊聲動地，百官顫栗。今日對二臣行刑，天暗雲愁，雷聲不歇，豈非天有鬱結之氣不能泄耶？黃道周學養淵深，並世無二；立身行事，不愧古人；今以垂老之年蒙此重責，故天地為之愁慘。臣不為道周惜，而為陛下惜，為國法惜，也為天下萬世惜！”說到這裏，他覺得鼻子很酸，喉嚨壅塞，幾乎哽咽起來，隻好略停片刻，然後接著說：“昔魏征麵斥唐太宗，太宗恨之，曾想殺之而終不肯殺，反且寵之，重之。漢武帝惡汲黯直諫，將汲黯貶出長安，實則予以優容。陛下既然想效法堯、舜，奈何行事反在漢、唐二主之下？這是老臣所惶惑不解的！至於……”
崇禎不等他說完就大聲喝道：“盡是胡說！聽說汝平日講學以誠敬為主。對君父如此肆意指責，誠敬何在？”
宗周說：“臣在朝事君之日不多，平日歲月大半在讀書講學，也確實以誠敬為主，並著重慎獨功夫。數十年來身體力行，不敢有負所學。臣向來不以麵從為忠，故今日不避斧鉞，直言苦諫。在君父麵前當言不言，既是不誠，亦是不敬。臣今生餘日無多，願趁此為陛下痛陳時弊……”
崇禎將禦案一拍，喝道：“不準多說！爾與黃道周同惡共濟，膽敢當麵責備君父，實在可惡之極！著即革職，交刑部從重議罪。給我拉下去！”
劉宗周被拖出午門以後，崇禎在心中悻悻地說：“唉，沒想到朝綱與士風竟然如此敗壞！這些大臣們目無君父，不加嚴處，如何了得！”他向內臣們瞟一眼，無力地低聲吩咐：
“宣諸臣近前來，聽朕麵諭。”
文武百官聽了宣召，無聲地走到欄杆前邊。勳戚、內閣輔臣和六部尚書靠近欄杆立定，其餘百官依次而立，班次不免稍亂。禦史和鴻臚官股栗屏息，忘記糾儀。全體朝臣除寬大朝服的窸窣聲和極其輕微的靴底擦地聲，沒有任何別的聲音。崇禎向大家的低垂著的臉孔上看了看，沒有馬上說話。剛才他的眼睛裏憤怒得好像要冒出火來，現在雖然怒氣未消，但多了些痛苦和憂鬱神色。他心中明白，盡管他把黃道周和葉廷秀行了廷杖，把劉宗周交刑部議罪，盡管他也看得出如今恭立在他麵前的文武百官大部分嚇得臉色灰白，連大氣兒也不敢出，但是他知道自己的雷霆之威並沒有懾服黃道周等三個人，也沒有贏得百官的誠心畏服。他從大家的神色上感覺到自己是孤立的，似乎多數文武還不能真明白他的苦衷。在平日上朝時他說話往往口氣威嚴，現在他忽然一反往常，用一種很少有的軟弱和自責的口氣說：
“自朕登極以來，內外交訌，兵連禍結，水旱洊臻，災異迭見。朕夙夜自思：皆朕不才，不能感發諸臣公忠為國之心；不智，不能明辨是非邪正，忠奸賢愚；不武，不能早日削平叛亂，登吾民於衽席。此皆朕之德薄能寡，處事不明，上負神明，下愧百姓，故‘皇天現異，以戒朕躬’！”
百官很少聽到皇上在上朝時說過責備自己的話，很多人都心中感動。但是大家也都明白他此刻如此，另一個時候就會完全變個樣兒，所以隻有一個朝臣向崇禎說幾句阿諛解勸的話，別人都不做聲。
崇禎喝了一口茶，又說：“人心關係國運，故有時人心比天心更為可怕。有一等人，機詐存心，不能替君父分憂，專好黨同伐異，假公濟私。朝廷不得已才行一新政，他們全不替國家困難著想，百般阻撓，百般詆毀。像這等人，若論祖宗之法，當如何處？看來這賊寇卻是易治，衣冠之盜甚是難除。以後再有這等的，立置重典。諸臣各宜洗滌肺腸，消除異見，共修職掌，讚朕中興，同享太平之福。”
全體文武跪奏：“謹遵欽諭！”
崇禎叫大家起來，又戒諭他們不要受黃道周和劉宗周二人劫持，同他們一樣目無君父，誹謗朝廷，阻撓加征練餉，致幹重譴。最後，他問道：
“你們諸臣還有什麼話說？”
幾位閣臣趁機會跪下去為劉宗周求情，說他多年住在紹興蕺山講學，隻是書生氣重，與黃道周原非一黨，請皇上對他寬宥。崇禎說：
“自從萬曆以來，士大夫多有利用講學以樹立黨羽與朝廷對抗，形成風氣，殊為可恨。這劉宗周多年在蕺山講學，是否也有結黨情形？”
一位閣臣奏道：“劉宗周雖在蕺山講學多年，天下學者尊為蕺山先生，尚未聞有結黨情形。”
崇禎想了想，說：“念他老耄昏聵，姑從諸先生之請，暫緩議罪。他身居都憲，對君父如此無禮，頓忘平生所學。著他好生回話。如仍不知罪，定要加重議處，決不寬容！”
他還要對葉廷秀的事說幾句話，但是剛剛開口，一陣狂風夾著稀疏的大雨點和冰雹，突然來到。五鳳樓上，雷電交加。一個炸雷將皇極門的鴟吻擊落，震得門窗亂動。那個叫做金台的禦座猛烈一晃，同時狂風將擎在禦座上的黃羅傘向後吹倒。崇禎的臉色一變，趕快站起，在太監們的簇擁中乘輦跑回乾清宮。群臣亂了班次，慌張地奔出午門。那威嚴肅穆的儀仗隊也在風、雨、冰雹、雷電中一哄跑散。
回到乾清宮以後，崇禎對於剛才雷震皇極門，動搖禦座，以及狂風吹倒黃羅傘這些偶然現象，都看做大不吉利。他的心情十分灰暗，沉重，隻好去奉先殿向祖宗的神靈祈禱。