由於楊嗣昌的督師，明朝政府在對農民起義的軍事上有了一些起色，暫時還居於優勢。到崇禎十三年夏秋之間，將張獻忠和羅汝才為首的幾支農民軍逼到川東，四麵圍堵，大部分已經投降，羅汝才也正在準備投降，被張獻忠及時阻止。張獻忠為擺脫明軍壓力，拉著羅汝才奔往四川腹地。李自成銷聲匿跡，不再為人注意。然而這隻是局部的表麵現象。實際上，明朝政權從來沒有像在崇禎十三年夏秋間陷入全麵的深刻危機。從軍事上來看，十三年來崇禎一直陷於既要對付大規模農民起義，又要對付日趨強大的清朝的軍事壓力。到了目前階段，四川戰事勝負未決，前途變化莫測，而山東、蘇北、皖北、河北南部、四川北部和河南、陝西各地，到處有農民戰爭。山東西部、南部和徐州一帶的農民大起義，嚴重威脅著明朝中央政權賴以生存的南北漕運。在山海關外，崇禎為防備清兵再次南下，催促洪承疇指揮十幾萬大軍向鬆山、杏山和塔山一帶進兵，謀解錦州之圍，但是軍心不齊，糧餉補給困難，幾乎等於是孤注一擲。從財政經濟來看，長江以北的半個中國，尤其是黃河流域各省，由於長期戰亂，官軍紀律敗壞，燒殺淫掠，官府橫征暴斂，加上各種天災人禍，農業生產受到極大破壞，人民死亡流離，往往村落為墟，人煙斷絕。到了十三年夏秋之間，不但黃河中下遊和淮河流域各省的旱災和蝗災特別慘重，而且朝廷所依賴的江南也發生了旱災和蝗災，蘇州府等地糧價飛漲，城市中發生了多起搶糧風潮。在這種情況下，朝廷的軍費開支反而增加，所以財政方麵確實快到了山窮水盡地步。軍事和財政經濟兩方麵的嚴重危機，加深了朝廷上的政治危機，一方麵表現為崇禎皇帝因借助軍餉問題同皇親、勳舊展開的明爭暗鬥，另一方麵因對拯救危亡的看法不同，崇禎同一些朝臣發生直接交鋒。
對於當時明王朝所麵臨的空前危機，皇親和勳舊這一個隻講究養尊處優的階層感受最淺，而在朝臣中卻有很多人比較清楚，有些人深為國事擔憂。受全麵危機的壓力最大的是崇禎皇帝。現在他正在為克服這一可怕的危機而拚命掙紮，不過有時他還在幻想做一個“中興之主”，口頭上也時常這麼說。盡管他不敢想，更不肯說有亡國可能，但這種深藏在心中的無限憂慮和時常泛起的悲觀情緒使他更變得剛愎任性，心狠手辣，決不允許任何朝臣批評和阻礙他的行事。
抄家的上諭下了以後，錦衣衛和東廠自然是雷厲風行，趁機發財。住在京城的所有皇親、勳舊越發兔死狐悲，人人自危。大地主官僚們也擔心將來輪到向他們借助，都覺得皇帝未免太任性行事。但廷臣們都害怕皇上震怒，不敢進諫，隻是冷眼看這事將如何結局。皇親們卻不能等待，趕快聯名上了一封奏疏，懇乞皇上開恩，念李國瑞已死獄中，停止抄家，使其子存善襲爵，以慰孝定太後在天之靈。崇禎一向迷信鬼神，想到孝定太後，心中不免猶豫，打算借著十幾家皇親聯名上疏求情的機會趕快轉圜，暫停抄家。但過了半天，他想不出另外的措餉辦法，各地軍事形勢又逼得他坐立不安，想來想去，還是決定寸步不讓，非將這第一炮打響不可。他在奏疏上用朱筆批“留中”二字，扔向一旁，心中歎息說：“唉，你們這班皇親國戚、勳舊世家，真是糊塗！你們的富貴自何而來？倘若朕的江山不保，你們不是也跟著家破人亡？皮之不存，毛將焉附！”他又暗恨薛國觀，倘若不是他當時讚同向李國瑞頭上開刀，另外想一個籌餉辦法，何至於今日進退兩難！
又過三天，他正在乾清宮中發悶，秉筆太監王承恩送來了一疊文書。他先看了幾封奏疏，都是攻擊楊嗣昌的，說了一些楊嗣昌的短處，認為他督師剿賊很難成功。其中有詹事府少詹事黃道周的一封奏疏，措詞特別激烈。他抨擊楊嗣昌加征練餉，引薦陳新甲做兵部尚書是為暗中同滿洲議和準備，又攻擊楊嗣昌繼母死後沒有回原籍奔喪守孝，而是“奪情視事”。崇禎看了前幾封奏疏已經很生氣，看了黃道周的奏疏更加憤怒，在心中恨恨地說：
“這個黃道周，才回京不久，竟敢上疏胡言，阻撓大計，博取清直敢言之名，殊為可惡！”
他沒有批語，也沒有心情再看別的奏疏，站起來來回走動，腳步特別沉重。忽然，他忍不住歎口氣，說出一句話：
“朕的為國苦心，黃道周這班人何曾知道！”
黃道周和崇禎一樣，一心要維護搖搖欲倒的明朝江山，但是他堅決反對崇禎的幾項重大措施。他不敢直接批評皇帝，隻好激烈地批評楊嗣昌的誤國。他反對加征練餉，在一定程度上代表了中小地主階級的利益，但中心目的是害怕朝廷為此而失盡人心，將廣大沒有造反的百姓逼迫到造反的路上。崇禎為同意加征練餉的事，在去年已引起朝議嘩然，但這是出於形勢所迫，好比明知是一杯鴆酒，也隻好飲鴆止渴。崇禎在心裏說：“你們這班朝臣，隻會放空炮，沒有一個人能想出更好的辦法！”關於同清朝秘密議和的事，崇禎最忌諱有人說出，而偏偏黃道周在疏中公然抨擊。崇禎一直認為：滿洲人原是大明臣民，隻是到了萬曆中葉以後，因邊臣“撫馭”失策，才有努爾哈赤之叛，逐漸釀成近二十年來之禍。如今同滿洲暗中議和實是萬不得已。宋與金的曆史，對崇禎說來，殷鑒不遠，而他絕不願在臣民心目和後代史書中被看成是懦弱無能的君主。自從前年由楊嗣昌和高起潛主持，開始暗中同清方議和，他就不許用“議和”一詞，隻許用“議撫”一詞。黃道周在疏中直然不諱地批評楊嗣昌同滿洲議和，深深地刺傷了他這個自認為“天下共主”和“千古英主”的自尊心，何況他迫切希望趕快能夠同滿洲休兵罷戰，暫時擺脫兩麵用兵的困境，以便專力圍剿農民起義軍。這是他的至關重要的救急方略，不料黃道周竟然如此不達事理，不明白他的苦心！他看得很清楚，滿朝大臣中沒有一個人在做事幹練和通權達變上能夠比得上楊嗣昌的。他不允許任何人借彈劾楊嗣昌的題目幹擾加征練餉和對滿方略，更不許在目前川、鄂一帶軍事勝利在望的關鍵時刻，有誰肆無忌憚地攻訐楊嗣昌，要將他趕下台去。他回到禦案前重新坐下，又向黃道周的奏疏望了一眼，偏偏看到了抨擊楊嗣昌“奪情”的幾句話，不禁從鼻孔冷笑一聲，心中說：
“朕以孝治天下，這樣事何用你妄肆攻訐！自古大臣死了父母，因國事鞅掌，出於皇帝詔旨，不守三年之喪，‘奪情視事’或‘奪情起複’的例子，曆朝皆有，連盧象升也是‘奪情’！倘若楊嗣昌和陳新甲都去守三年之喪，你黃道周能夠代朕督師麼？能夠任兵部尚書麼？……可笑！”
他又從禦案上拿起來一封奏疏，是禮部主事吳昌時訐奏薛國觀納賄的事。吳昌時原是行人司的一個行人，這行人是正九品的低級閑官兒，沒有什麼大的出息。朝廷遇到頒行詔敕，冊封宗藩，慰問，祭祀，出使藩夷等事，派行人前往或參加。去年，吳昌時趁著京官考選的機會，托人向薛國觀說情，要求幫助他升轉為吏科給事中。薛國觀收下他的禮物，口頭答應幫忙，但心中很輕視他這個人。考選結果，吳昌時升轉為禮部主事，大失所望。吏部是一個熱衙門，全國官員的除授、調任、升遷、降職和罷免，都歸吏部職掌。吏科給事中雖然按品級隻是從七品，卻在朝廷上較被重視，是所謂“言官”和侍從之臣，不但對吏部的工作有權監督，且對朝政有較多的發言機會，納賄、敲詐、勒索的機會較多，前程也寬。禮部主事雖然是正六品，但禮部是個冷衙門，而主事是“部曹”，即事務官，所以反不如從七品的給事中受人重視。吳昌時沒得到他所理想的職位，認為是薛國觀出賣了他，懷恨在心，伺機發泄。近來他風聞皇上因李國瑞的事對薛國觀心懷不滿，並且皇戚們同幾個大太監暗中合謀，要將薛國觀逐出朝廷，他認為時機到來，上疏揭發薛國觀的一件納賄的事，盡量誇大，進行報複。崇禎正想借一個公開題目將薛國觀逐出內閣，看了這封彈章，不待審查清楚，也不待薛國觀自己奏辯，便決定從嚴處分。他立刻提起朱筆，寫了一道手諭：
薛國觀身任首輔，貪瀆營私，成何話說！著五府、九卿、科、道官即速議處奏聞！
崇禎命一個太監立刻將手諭送出宮去，又繼續批閱文書。有十來封奏疏都是畿輔、山東、河南、陝西、湖廣和江南各省地方官籲請減免錢糧和陳報災情的奏疏，其中有一本是畿輔和山東士民一千多人來到京城上的，痛陳這兩省地方連年災荒，加上清兵焚掠和官軍供應浩繁的情況。他們說：“百姓生計，已瀕絕境；倘不速降皇恩，蠲免新舊征賦，杜絕苛派，撥款賑濟，則弱者輾轉死於道路，而強者勢將群起而走險，大亂將愈不堪收拾矣。”崇禎看完了這個奏本，才知道畿輔和山東士民有千餘人來到京城上書，一時不知道應如何處理。恰巧東廠提督太監曹化淳來乾清宮奏事，崇禎就向他問道：
“曹伴伴，畿輔和山東有千餘士民伏闕上書，你可知道？”
曹化淳躬身回奏：“奴婢知道。這一千多士民在三天前已經陸續來京，第一次向通政司衙門遞本，因有的奏本不合格式，有的有違礙字句，通政司沒有收下。他們重新聯名寫了一本，今日才送到禦前。”
“都是真的良民麼？”
“東廠和錦衣衛偵事番子隨時偵察，尚未見這些百姓們有何軌外言行。他們白天有人在街上乞食，夜間就在前門外露宿街頭。五城禦史與五城兵馬司隨時派人盤查，亦未聞有不法之事。”
崇禎向站在身邊伺候的秉筆太監王承恩問：“朕不是在幾個月前就降旨恩免山東和畿輔的錢糧了麼？”
秉筆太監回奏：“皇爺確實免過兩省受災州、縣錢糧，不過他們的本上說‘黃紙雖免，白紙猶催’。看起來小民未蒙實惠。”
崇禎不再問下去，揮手使曹化淳和王承恩退出。他知道百姓們所奏的情形都是真的，然而他想：目前軍餉無著，如何能豁免征派？國庫如洗，如何有錢賑濟？他提起朱筆，遲疑一陣，在這個本上批道：
覽百姓每所奏，朕心甚憫。著戶、兵衙門知道，究應如何豁免，如何賑濟，妥議奏聞。百姓每毋庸在京逗留，以免滋事，致幹法紀。
欽此！
他下的這一道禦批隻是想把老百姓敷衍出京，以免“滋事”。他深感樣樣事都不順心，無數的困難包圍著他，不覺歎口長氣。為圖得心中片刻安靜，他竭力不再想各省災荒慘重的問題，略微遲疑一下，另外拿起一封洪承疇從山海關上的奏本。每次洪承疇的奏疏來到，不是要餉，就是要兵，使他既不願看，又不能不看。現在他懷著惴惴不安的心情看完引黃，知道是專為請求解除吃煙的禁令，並沒有提兵、餉的事，才放心地打開奏疏去看。原來在半年以前，他認為“煙”和“燕”讀音相同，“吃煙”二字聽起來就是“吃燕”，對他在北京坐江山很不吉利，便一時心血來潮，下令禁止吃煙，凡再吃煙和種植煙草的殺頭。但煙草從呂宋傳進中國閩、廣沿海一帶已經有八十年以上曆史，由戚繼光的部隊將這種嗜好帶到長城內外，也有七十年的曆史，所以他的上諭不但行不通，反而引起駐紮在遼東的將士不滿。現在洪承疇上疏說“遼東戍卒，嗜此若命”，請求他解除禁煙之令，仍許北直和山東民間種植，並許商人自浙、閩販運。崇禎將這封奏疏放下，心中歎道：
“吃煙，吃煙！難道真有人來吃燕京？唉，禁又禁不住，不禁又很不吉利！”
兩天以後的一個早晨，五鳳樓上傳出來第一通鼓聲。文武百官陸續進入端門，都到朝房等候。有些人在竊竊私語，議論著新增的練餉所引起的全國輿論嘩然，百姓更加同朝廷離心的情況；有的在閑談著湖廣和四川等地的戰爭消息；還有人在談論著近來的滿洲動靜。但人們今天最關心的是練餉。盡管許多人嘴裏不談，心上卻掛著這件大事。他們避而不談，隻是怕惹禍罷了。
今天是常朝，比每天“禦門決事”的儀製隆重。早在五更之前，六隻大象就已經由錦衣官押著身穿彩衣的象奴從宣武門內西城根的象房牽到，在午門前的禦道兩側悠閑地走動著。午門上二通鼓響過之後，六隻大象自動地走到午門的前邊，站好自己位置，每一對左右相同，同錦衣旗校一起肅立不動。三通鼓響過以後，午門的左右偏門掖門一齊打開了（中門是禦道，平時不開）。一隊錦衣將軍、校尉和旗手走進午門，在內金水橋南邊，夾著禦道，分兩行整齊排列，肅立不動。校尉手執儀仗，旗手專執旗幟。同時擔任儀仗的一群太監從宮中出來，在丹墀下邊排班站定。班尾是兩對仗馬，金鞍、金鐙、黃絲轡頭、赤金嚼環。盡管崇禎在上朝前總是乘輦，從不騎馬，但是四匹漂亮而馴順的禦馬總是在三六九上朝前按時牽到伺候，成為儀仗的組成部分。另外四個太監拿紫檀木雕花馬凳，以備皇帝上馬時踏腳，站在仗馬旁邊。夾著丹陛左右，肅立著兩行扈駕侍朝的錦衣將軍，穿鐵甲，佩弓、矢、刀、劍，戴紅纓鐵盔帽。又過片刻，午門上鍾聲響了。文武百官匆匆地從朝房中走出，從左右掖門入內。當最後一個官員進去以後，一對一對大象都把鼻子互相搭起來，不許再有人隨便進去。
文武百官到了皇極門外，按照文東武西，再按照衙門和品級區別，排成兩班，恭立在丹墀之上。四個禦史官分班麵向北立，負責糾儀。
當文武百官在五更入朝時候，一千多畿輔和山東士民由二十幾位老人率領，來到長安右門外邊。曾經率領鄉裏子弟打過清兵的姚東照老先生也參加了。他們絕大部分是瀕於破產的中小地主，但他們所代表的利益大大超出了他們所屬的階級，也反映了農民、中小商人和手工業主的利益。昨天上午他們見到了皇上的禦批，使他們大為失望。他們這一群老人當即又寫了一封痛陳苦情的奏本，送往通政司。通政司因皇上已有旨叫他們“毋庸逗留”京城，且見奏本中有些話說得過於激切，不肯收下。他們不管如何懇求，都無用處。他們無奈，便趁著今天是常朝的日子，頭頂奏本，“伏闕上書”。古代的所謂闕就是宮門。拿明朝說，就是午門。但如今老百姓向皇帝“伏闕上書”，不惟望不見午門，連承天門也無法走近，隻能跪伏在長安右門以外。明代的文武官員多住西城，從長安右門入朝。百姓們原希望有哪位內閣輔臣、都察院左右都禦史或哪位尚書、侍郎大人憐念小民，收下他們的奏本帶進宮去，呈給皇上，誰知守門的錦衣官兵壓根兒不許他們走近長安右門，用水火棍和刀、劍將他們趕散。一見大官來到，把他們趕得更遠。長安右門外有一座登聞鼓院，小廳三間向東，旁有一小樓懸鼓，有科、道官員在此輪流值日。按照明朝法律規定：百姓有冤，該管的衙門不替申理，通政司又不為轉達，百姓一擊登聞鼓，值日官員就得如實上報皇帝。但是今天，登聞鼓院附近站立的錦衣旗校特別多，一個個如狼似虎，打得百姓們不能走近。百姓們見長安右門不行，就從棋盤街轉過大明門，來到長安左門。在這裏，他們遇到的情形一樣。有些老人已經完全絕望，但有些老人仍不死心。他們率領大家避開中間的路，跪得離東長安門稍遠一點，見從東城上朝的官員過盡，隻好懇求守門的錦衣官員收下他們的奏本送進宮中。錦衣官員惟有斥罵，並不肯收。他們想，就這樣跪下去，遲早會有人憐憫他們，將他們“伏闕上書”的事上奏皇帝。他們跪得很亂。有人過於饑餓，跪不穩，倒了下去。有人身體虛弱得很，發出呻吟。
在紫禁城內，文武百官排班站定以後，有一個太監走出皇極門，手中拿一把黃絲靜鞭，鞭身一丈三尺，梢長三尺，闊有三寸，用蠟漬過，安著一尺長的朱漆木柄，上刻龍頭，塗以金漆。他走至丹墀一角站定，揮起靜鞭在空中盤旋幾下，用力一抽。鞭聲清脆，響徹雲霄。連著揮響三次，太監收起靜鞭，走下丹墀站定。於是，午門內寂靜無聲，儀仗森森，氣象肅穆。
過了片刻，內官傳呼“駕到！”崇禎頭戴翼善冠，身穿圓領繡龍黃羅袍，麵帶憂容，在一大群服飾華美的太監們的簇擁中乘輦出來。由翰林、中書、科、道各四人組成的導駕官員，從皇極門導駕而出，步步後退，將龍輦導向禦座。文武百官躬身低頭，不敢仰視。崇禎下了輦，升入禦座，這禦座在當時俗稱金台。在他的麵前是一張有黃緞繡龍圍幛的禦案。離禦案三尺遠有一道朱漆小欄杆，以防某一個官員正跪在地上奏事時突然撲近禦座行刺。當崇禎坐下以後，有三個太監，一人擎著黃緞傘蓋，兩人擎著兩把黃羅扇，從東西兩邊陛下上來，站在崇禎背後。他們將黃傘蓋擎在禦座上邊，那兩把黃羅扇交叉著擎在他的身後，警惕地保衛著他的安全。如果看見哪一個臣工在禦案前奏事時妄想行刺，兩個執黃羅扇的太監隻須手一動，一道鐵線圈會自動落下，從扇柄上露出利刃。原來還有九個錦衣力士手執五把傘蓋和四把團扇，立在禦座背後和左右。後來因為皇帝對錦衣力士也不放心，叫他們都立在丹陛下邊。在“金台”背後和左右侍立的，如今隻有最親信的各種執事太監了。
儀表堂堂、聲音洪亮的鴻臚寺官高唱：“入班行禮！”隨即文武百官麵向金台，依照鴻臚寺官的唱讚，有節奏地行了一拜三叩頭的常朝禮，然後分班侍立。一位糾儀禦史跪下奏道：