哀帝剛即位，哀帝的祖母傅太後、母親丁太後還在，傅氏、丁氏兩家很快尊貴。傅太後的堂弟傅喜擔任大司馬，在朝中輔政，多次勸諫哀帝，失去傅太後信任，被免官。哀帝的舅舅丁明代替傅喜擔任大司馬，剛上任，也很痛恨董賢在朝中受寵專權，丞相王嘉去世後，丁明很同情王嘉的遭遇。哀帝反而更加器重董賢，打算給予董賢更高的職務，又恨丁明阻攔，遂製冊書，免去丁明的職務，說：“此前東平王劉雲貪婪，妄圖篡奪皇位，在祭祀時詛咒皇帝，劉雲王後的舅舅伍宏以懂得醫術，在宮中擔任待詔，與校書郎楊閎勾結，企圖謀逆，陰謀禍亂皇室。幸虧得到祖宗神靈的護佑，董賢等人及時揭發，將他們逮捕法辦。丁將軍的堂弟侍中奉車都尉丁吳、本族叔父左曹屯騎校尉丁宣，知道伍宏和栩丹、諸侯王後關係親密，而丁宣任用栩丹為宮中官屬，丁吳與伍宏相互勾結，關係很好，多次稱讚推薦伍宏。伍宏靠著丁吳的推薦，得以實施邪行，通過醫術，幾乎危及社稷，朕因為恭皇後的原因，不忍加以懲治。丁將軍位尊任重，在朝中不能樹立威信，倡導義行，消除隱藏的禍患，又不能疾惡如仇，與劉雲、伍宏劃清界限，卻處處非難君王，阿諛丁宣、丁吳，甚至替劉雲辯護，說劉雲遭到朝中群臣誣陷，又親自告訴朕，說：伍宏懂得醫術，死了可惜，董賢等人獲得封侯，受到的賞賜太過分。丁將軍妒嫉忠良，誹謗有功，鳴呼，令人痛心！人們常說‘君的身邊不能有謀逆的人，一旦有，一定要懲治。’因此在春秋時，魯國的季友毒死叔牙，《春秋》中認為季友做得對；趙盾沒有討賊，被認為是弑君。朕不願意讓將軍陷於重刑，所以以敕書形式告知將軍。將軍仍然執迷不悟，又與丞相王嘉相互勾結，使得王嘉有所依靠，得以欺君罔上。有關官員奏請，按照法律將將軍送進監獄治罪，朕想到肌膚至親，不願意懲治將軍，請交還驃騎將軍印綬，免官回家休息。”哀帝遂以董賢代替丁明為大司馬衛將軍，哀帝製冊書：“朕接受天命，按照古製，封你為三公，作為漢室的輔弼大臣。要盡心竭力，統領百官，綏服遠方，匡正政事，處事公平。天下百姓，受製於朕，以將為命，以兵為威，要慎重行事！”當年董賢才二十二歲，雖然身為三公，卻隻是在宮中活動，負責尚書事務，百官通過董賢向哀帝奏事。董賢的父親董恭不宜再擔任九卿，此後轉任為光祿大夫，俸祿為中二千石。董賢的弟弟董寬信代替董賢擔任附馬都尉。董氏家族中的親屬，都在宮中擔任侍從或者諸曹，參加朝會，其受寵程度在丁氏、傅氏上麵。
第二年，匈奴烏珠留單於來長安拜謁皇帝，哀帝舉行宴會招待，群臣在左右伺候。烏珠留單於很奇怪，大司馬董賢怎麼會這麼年輕，問翻譯，哀帝讓翻譯解釋：“大司馬（太尉）年少，以賢能居於高位。”烏珠留單於起身再拜，祝賀漢室獲得賢臣。
當初，丞相孔光擔任禦史大夫，而董賢的父親董恭是侍禦史，在禦史大夫府服侍孔光。董賢擔任大司馬後，與孔光一樣並列三公，哀帝示意讓董賢拜訪孔光。孔光儒雅謙讓，知道哀帝想讓董賢在朝中尊貴，聽到董賢要來，孔光穿戴整齊，走出府門在門外迎候，看見董賢的車子，孔光向後倒退著迎接。董賢的車子抵達中門，孔光退入閣中，董賢下車，孔光再出來拜謁，迎送都非常謹慎恭敬，不敢以對待普通賓客的禮儀來對待董賢。董賢回來後告訴哀帝，哀帝聽到後很高興，隨後任命孔光哥哥的兩個兒子為諫議大夫兼任宮中常侍。董賢在朝中的權勢可以與君王相埒。
在當時，成帝的外戚王氏在朝中已經衰落，隻有平阿侯王譚的兒子王去疾，因為在哀帝還是太子時，作為太子家中庶子得到信任，哀帝即位之後，王去疾擔任宮中侍從兼任騎都尉。哀帝認為王氏在朝中已經沒有在位的人，遂以舊恩親近王去疾，又將王去疾的弟弟王閎任命為中常侍。王閎的嶽父蕭鹹，是前將軍蕭望之的兒子，做了很長時間郡太守，因病免職。後來王閎擔任中郎將，兄弟在朝中並列。董賢的父親董恭很仰慕，想與王去疾家族結為兒女親家。王閎為董賢的弟弟駙馬都尉董寬信，向蕭鹹請求結為姻親，娶蕭鹹的女兒為妻子，蕭鹹惶恐不敢當，私下裏對王閎講：“董公是當朝大司馬，哀帝冊書中講‘允執其中’，這是堯帝禪位予舜時的用語，不是授命三公時的用語，朝中的老人們看到了，莫不心驚膽戰。普通人家的孩子那裏敢高攀！”王閎是何等樣聰明，聽了蕭鹹的答話，內心已經會意。回去後報告董恭，向他轉達蕭鹹的謙卑之意。董恭歎道：“我董家有什麼對不起天下人的，被人畏懼成這樣！”心中怏怏不樂。後來哀帝在麒麟殿置酒，董賢父子還有董家的親屬陪宴，王閎的兄弟還有宮中侍從中常侍等人，均在旁邊陪侍。哀帝喝得有些醉意，看著董賢從容地笑著說：“我要效法堯帝禪位予舜，怎麼樣？”王閎上前奏道：“天下是高皇帝打下的天下，不是陛下私有的。陛下繼承皇位，奉祀宗廟，應當將皇位傳予子孫直到無窮。繼承問題是一個重大問題，天子無戲言！”哀帝默然，很不高興，左右在座的人，莫不驚恐萬狀，於是將王閎支了出去，以後就不再讓王閎到宮中來侍宴。
董賢的新宅邸落成，高大穩固，外大門卻無緣無故地損毀，董賢知道後，心中忽忽不樂。又過了幾個月，哀帝駕崩。太皇太後遂詔命大司馬董賢到宮中來，在宮中的東廂召見董賢，問董賢如何安排喪事。董賢內心恐懼，不知該如何應答，免冠謝罪。太後說：“新都侯王莽此前以大司馬職務為先帝安排過喪事，熟悉這些舊例，我讓王莽來幫助你。”董賢叩頭謝過。太後派使者召來王莽。王莽來之後，按照太後的旨意，讓尚書彈劾董賢，在哀帝生病時，董賢不能親自侍奉醫藥，禁止董賢再進入宮中的司馬門。董賢一時不知該如何是好，竟然光著腳，摘下帽子在闕門前謝恩。王莽讓謁者以太後名義下詔，在闕門下製冊書予董賢，說：“這一段時間，陰陽不調，災害叢生，百姓蒙受痛苦。作為三公，朝廷的鼎輔大臣，高安侯董賢不能處理政事，身為大司馬已經不合眾心，不能發揮折衝綏遠的作用。收回董賢大司馬印綬，免官回家休息。”當天董賢與妻子在家中自殺，家中人惶恐，在半夜裏將董賢悄悄安葬。王莽還懷疑董賢是假死，有關官員奏請挖掘董賢的棺槨，交予獄吏驗屍。王莽又暗示大司徒（丞相）孔光上奏：“董賢質性佞巧，依靠奸詐得以受封為列侯，父子在朝中專權，兄弟一起受到寵幸，多次得到賞賜，修建宅邸，預造墓塚，僭越製度，仿效天子，窮奢極欲，與諸侯王沒有區別，所花費達億萬萬計，國庫為此而空虛。董賢父子驕橫恣肆，對天子使者傲慢無禮，受賜不拜，罪惡昭彰。董賢自殺伏法，死後董賢的父親董恭等人不知悔過，還以朱砂在棺槨上畫滿四季顏色，左蒼龍，右白虎，上麵塗上金銀日月，在棺內，給屍體穿上皇家使用的金縷玉衣，其至尊程度無以複加。董恭等人幸得以活命，免受刑誅，不宜再在中原生活。臣奏請沒收董氏的全部家產充公。那些因為董賢而獲得官職的官員，全部罷免。”董賢的父親董恭、弟弟董寬信和家屬，全部被流放至合浦縣，董賢的母親被貶回到故鄉巨鹿郡。長安城中的百姓一時嘩然，到董賢的宅邸來嚎哭，妄圖趁亂竊取財物。官府將董氏的家產變賣，獲得四十三億萬錢。董賢的墳墓被挖掘，裸體驗屍，而後埋葬在獄中。
董賢生前所厚愛的官吏朱詡，自我領罪，來到大司馬府，重新購買棺木、葬衣收斂了董賢的屍骸，重新安葬。王莽知道後大怒，以其它罪名殺了朱詡。朱詡的兒子朱浮在（東漢）建武年間（公元25-57年）顯貴，官至大司馬，大司空，受封為列侯。王閎後來擔任了州牧、郡太守，在任上有政績，王莽敗亡後，王閎辭官回家。世祖（劉秀）下詔，說：“武王克殷後，在閭巷樹表敬仰商容。王閎注重品行修養，為官期間實施仁政，行事謹慎，在戰亂中，官吏百姓沒有殺害王閎。詔命補授王閎的兒子為官吏。”以墨綬授予王閎的兒子官職，後來王閎的兒子在任上去世，這是蕭鹹的外孫講的。
讚辭如下：曼妙溫柔，令人賞心悅目，這不僅是女子具有的品性，男色嬌媚也同樣如此。回過頭來看籍儒、閎儒、鄧通、韓嫣之流，所受到的寵幸各有不同，董賢受到帝王的寵幸更是登峰造極，父子在朝中同為公卿，可謂是位尊權重，人臣無二。然而受到重用，並非是靠自身的能力，不是從正道得到的官職，所處的位置又超越了具有的本領，這些人沒有一個獲得善終，所謂愛之過分，其實是在戕害他們。漢朝在元帝、成帝朝衰落，在哀帝、平帝朝頹敗。哀帝、平帝年間，國家政治已經出現問題。君王有病，又沒有兒子，斷了皇位繼承人，皇帝重用弄臣，作為治理天下的輔弼大臣，鼎足不穩固，棟梁傾斜。一朝帝崩，奸臣擅權，董賢自殺身亡，丁氏、傅氏遭到流放，也殃及到母後，母後被幽禁在後宮，最終被王莽篡漢奪位，責任就在於皇帝過於親近嬖臣，任用的官員不是仁者、賢者。孔子說：“損者三友。”帝王不能將官職當作禮物，私授親近的人，就是這個道理。