再後來朱博以政績突出，代理左馮翊，一年後正式任命。在治理左馮翊時，朱博文案處理方麵不如薛宣聰明，更多地是使用武力、權謀，布置網絡，對官民很少施以仁愛，敢於殺人。可是朱博對於屬下也比較寬容，能夠容忍他們的過錯，屬下官吏也願意效力。
高帝的陵寢地長陵縣人大姓尚方禁在年輕時，曾經與別人的妻子通奸，被人砍傷，傷在臉上。郡府中的功曹受賄，建議任命尚方禁擔任守尉。朱博知道後，以其它事情召見尚方禁，見麵後，看到尚方禁臉上果然有疤痕，朱博避開左右問尚方禁：“臉上的這個傷疤是怎麼回事？”尚方禁自知瞞不過去，叩頭招認。朱博笑了，說：“大丈夫做這種事情不足為怪。馮翊願意為卿洗去恥辱，重用你，你願意效力嗎？”尚方禁喜不自禁，回答：“願意以死效勞！”朱博於是吩咐尚方禁：“不要泄露我告訴你的話，有重要事情再安排你，要記住。”把尚方禁當作心腹來使用，充當爪牙。尚方禁早起晚睡，調查地方上的盜賊和其它罪案，很有成績。朱博提拔尚方禁擔任代理縣令。過了不久，朱博召見功曹，關上閣門，一件件地指出功曹受賄，還有推薦尚方禁的事情，朱博交給功曹筆劄，讓他記下來，“受賄一個錢，也要寫下來，不得隱瞞。有半句欺瞞，就殺你的頭！”功曹害怕極了，將自己受賄的贓款，大小都寫了出來。朱博核對詳實，讓功曹坐下來，責令他要改過自新。然後給功曹刀子，削去他所寫的內容，放他出去，繼續擔任職務。功曹此後謹慎小心，不敢再有任何閃失，朱博也隨後提拔了功曹的職務。
朱博後來擔任大司農。一年後，因為犯了一點小罪，被貶為犍為郡太守。在此前，南蠻的酋長若兒，在當地多次搶劫，殺人，朱博與他的兄弟結交，讓他作為內應，襲擊殺了若兒，郡中恢複太平。
朱博又改任為山陽郡太守，因病免官。再次被朝廷征召，任命為光祿大夫，轉任廷尉，掌管疑難案件，平反天下的冤假錯案。朱博擔心官署裏的官員有疑難案件不報，一上任，即召見獄正、獄監、典法掾史，對他們說：“我原來是一名武吏，不懂得法律，幸有眾位賢君幫助，才不會為斷案而發愁！然而在此前，我也在郡裏斷了二十幾年案，耳聞目睹的也有很多，三尺律令，斷案的人要起很大作用。掾史可以與獄正、獄監一起將此前斷過的疑案，再拿幾十件放在我的麵前，考試我，我為諸君再重新斷一次。”獄正、獄監以為朱博隻不過是要給大家一個下馬威，未必就真地懂得判案，於是一起擬出幾件疑案。朱博將掾史召到麵前，大家並排坐下，逐件應答，對於案情的處理，或輕或重，分析得八九不離十。下麵聽的官員莫不頷首點頭，佩服朱博對法律的理解，才能過人。朱博每擔任一個新職務，都會搞一些這種詭譎的名堂，以此來表明，自己不會受到下級的欺瞞。
再後來，朱博擔任後將軍，與紅陽侯王立的關係很好。王立有罪被貶回封國，有關部門上奏，列出王立的同黨、朋友，朱博也在其中，因為此而受到牽連，遭到免官。一年後，哀帝繼位，朱博以前朝名臣，受到哀帝召見，重新得到重用，擔任光祿大夫，又改任為京兆尹，幾個月後，被越級提升為大司空（禦史大夫）。
最初，漢建國之後沿用秦代官職，設置丞相、禦史大夫、太尉。到了武帝朝，撤銷太尉，設置大司馬，前邊冠以將軍稱號，不帶印綬。到了成帝朝，何武擔任九卿，向朝廷諫言：“在上古時，百姓淳樸，事情也少，輔佐國家治理的一定是賢聖，模仿天上的日月星三光，設置三公，各有分工，到了後世，風俗敗壞，政事繁多，宰相的才能趕不上古時的聖賢，一身兼任三公所有的職責，導致政治衰敗，國家不能得到很好地治理。朝廷應該重新設立三公，確定卿大夫的責任，按照權限，授以政事，同時考察他們的政績。”再後來，成帝就此事詢問自己的老師安昌侯張禹，張禹認為何武說得對。在當時，曲陽侯王根擔任大司馬驃騎將軍，何武擔任禦史大夫。成帝於是授予曲陽侯王根大司馬印綬，為其設置官屬，撤銷驃騎將軍職務，任命禦史大夫何武為大司空，封為列侯，將俸祿提升至與丞相一樣，這樣就具備了三公的雛形。但是朝中的大臣們廷議，均認為古今製度不同，漢代從天子往下，到最下級的佐史，均不同於古製，隻改三公，職務責權難以分得清楚，不利於國家治理。在當時，禦史大夫的府第，有一百多處官員使用的井水枯竭，府中的一行行柏樹，有數千隻野鳥晚上在樹上棲息，早去晚歸，叫做“朝夕鳥”，此後幾個月時間，鳥飛走後，不再飛回來了，老人們都感到奇怪。又過了二年多，朱博擔任大司空，上奏哀帝，朱博說：“帝王治國之道，沒有必要沿襲舊的製度，應該按照時移勢易，酌情改變。高皇帝以聖德接受天命，建立漢朝，設置禦史大夫，位置在丞相下麵，負責監察官員，以職務輔佐丞相，統領百官，上下相互監督，已經經曆了二百年時間，天下安寧。現在改為大司空，與丞相的位置一樣，沒有獲得皇天護佑。按照舊例，挑選郡、諸侯國的太守、國相、政績優異的中二千石官員，再從中選拔合適的，擔任禦史大夫，勝任的，再繼任為丞相，位次安排有序，還可以尊崇聖德，尊重丞相。而今，中二千石官員沒有禦史大夫的經曆，直接擔任丞相，權重太輕，對於國家治理，顯得威望不夠。臣愚以為，大司空的職務，可以撤銷，重新設置禦史大夫，按照舊時製度。臣願意率先垂範，擔任禦史大夫，為百官做出表率。”哀帝接受了朱博的諫言，於是任命朱博為禦史大夫。恰好大司馬傅喜遭到免職，哀帝以陽安侯丁明擔任大司馬衛將軍，撤去屬官，大司馬在將軍前麵隻是一個冠名，與過去一樣。又過了四年，哀帝重新改丞相為大司徒，又設置了大司空（禦史大夫）、大司馬（太尉）。
在此前，何武擔任大司空，與丞相翟方進一起上奏，說：“在古時，天子選拔諸侯賢者作為州伯，《尚書》中講：‘與十二個州牧商量’，通過這些，可以及時了解下情，避免受到蒙蔽。現在的州部刺史，即是當年的州伯，他們掌握著一州的綱紀，負責挑選推薦官員，他們推薦上來的官員，可以擔任朝中九卿，他們檢舉的不法官員，會遭到貶黜，刺史的責任重大。《春秋》大義，要用尊貴的人治理卑下的人，不能讓地位卑下的人去管理地位高的人。州部刺史的位置位於下大夫（六百石），讓他們麵對著二千石官員，這樣輕重倒置，失去了地位等級的排序，臣奏請撤銷州部刺史，重新設置州牧，以符合上古時的製度。”奏章得到批準。在朱博奏請恢複禦史大夫的同時，朱博又上奏，朱博說：“漢家立國，聖德廣大，宇內萬裏，設置郡縣。州部刺史，奉詔命監察官吏，督察郡、諸侯國，以此使得吏民安寧，按照舊例，在州部任職九年，即可以得到舉薦，擔任郡太守、國相，有特別才能、政績突出的，還可以越級提拔，雖然俸祿職務比較低（六百石），但是在朝中的位置卻非常重要，得到的賞賜也非常豐厚，任職的官員，均願意奮進立功。此前丞相翟方進奏言，撤銷州部刺史，將名稱更改為州牧，職務定為真二千石，位列九卿。九卿缺位，以政績突出的州牧來替補，政績一般的，則會苟且度日，渾渾噩噩地混日子，這樣，設置州牧的目的就難以達到，郡國中的奸邪，也難以得到製止。臣奏請撤銷州牧，仍然設置州部刺史。”奏請得到批準。
朱博為人廉潔、節儉，不喜歡酒色宴請。從卑微職務一直到後來做了高官，食不重味，案上擺放不過三杯酒。每天早起晚睡，妻子在家中很難看到朱博。朱博隻有一個女兒，沒有兒子。然而朱博喜歡與士大夫交遊，擔任郡太守和朝中九卿後，常常賓客滿門，想做官的，朱博就幫助他人走上仕途，有仇怨的，朱博也會鼎力襄助，解劍授人。朱博一貫的行事風格，待人接物就是這樣，朱博以此來標榜自己，也因為此而落敗。
在當初，哀帝的祖母定陶太後想讓哀帝為她上尊號，太後的堂弟高武侯傅喜在朝中擔任大司馬，與丞相孔光、大司空師丹一起堅持正議。孔鄉侯傅晏也是傅太後的堂弟，為人諂諛，順著定陶太後的意思行事，此時朱博剛被任命為京兆尹，與傅晏的關係很好，二人共謀為傅太後上尊號，以此來弘揚孝道。在當時，師丹被免職，朱博代替師丹擔任大司空。在哀帝閑暇時，朱博多次密封呈上奏章，說：“丞相孔光隻會考慮自己的官位，不能為國家分憂解難；大司馬傅喜是皇上的至親，在朝中尊貴，卻勾結大臣，結交朋黨，對朝中政治無益。”哀帝罷免了傅喜，將其貶回封國，將孔光貶為庶人，以朱博代替孔光擔任丞相，封為陽鄉侯，享受食邑二千戶。朱博上書謙讓，說：“按照舊例，封丞相的食邑不能超過千戶，臣的封邑超越製度，臣誠惶誠恐，願意向朝廷交還一千戶食邑。”哀帝批準奏請。傅太後對傅喜仍然怨恨不已，讓孔鄉侯傅晏暗示丞相，向哀帝上書，撤銷傅喜的侯爵。朱博受詔，與禦史大夫趙玄商議，趙玄說：“這件事情是過去定下來的，現在再重提，不知是否合適？”朱博說：“孔鄉侯有太後的旨意，我已經答應了他，匹夫相求，尚且言而有信，承諾了，就要去做，何況是至尊？朱博隻有拚死來做成此事！”趙玄隻好答應。朱博不願意單獨就傅喜的事情上奏，借原來大司空氾鄉侯何武，此前因為獲罪而遭到免職，回到封國，兩件事情有相似之處，就放在一起來上奏，朱博說：“傅喜、何武此前在任上，對朝廷治理國家，沒有幫助，既然已經免職回家，就不應該再繼續享受原來的封爵和食邑。奏請將他們貶為庶人。”哀帝知道傅太後一向怨恨傅喜，懷疑這是朱博、趙玄秉承太後的旨意，就召趙玄到尚書省調查此事。趙玄交待了事情的原委，哀帝下詔左將軍彭宣和內朝官員討論此事。彭宣等人提出彈劾意見，說：“朱博身為宰相，趙玄身為上卿，傅晏以外戚身份，在朝中享受特進，都是股肱大臣，皇上信任的官員，不考慮竭誠奉公，為國家廣施教化，做百官的表率，明明知道傅喜、何武此前已經蒙受了皇帝的厚恩，而且此事已經經過三次大赦，朱博還要用不道德的手段，辜負皇帝的聖恩，勾結取信於外戚，背叛皇上，擾亂法製，可謂是奸人之雄，欺下罔上，為臣不忠，毫無道德可言；趙玄知道朱博這樣做違法，卻不顧大義，妄自附合，實在是不敬；傅晏與朱博商議，要免去傅喜的侯爵，犯下大不敬罪。臣等奏請皇上下詔，讓謁者召朱博、趙玄、傅晏自行到廷尉署詔獄報到。”哀帝製詔書，說：“將軍、中二千石、二千石官員、各位大夫、博士、議郎，再討論一次。”右將軍蟜望等四十四人認為：“彭宣等人的奏議，臣等認為可行。”諫議大夫龔勝等十四人認為：“春秋》大義，大臣以奸詐服侍國君，國法不容。魯國大夫叔孫僑企圖在公室專權，在晉國譖毀自己的同族哥哥季孫行父，晉國將季孫行父羈押起來，使得魯國大亂，《春秋》中為此事，在書中有詳細的記載。傅晏背棄教令，譖毀同族兄弟，擾亂朝政，脅迫大臣，欺君罔上，是此案的禍首，是策劃此案的主謀，應該與朱博、趙玄同罪，都是大逆罪。”哀帝減趙玄死罪三等，削去傅晏四分之一的封邑，讓謁者持符節召丞相自行到廷尉署詔獄。朱博隨即自殺，撤銷封國。
在此前，朱博從禦史大夫職務升任為丞相，受封為陽鄉侯，趙玄以少府職務升任為禦史大夫，一起在前殿拜受官爵，二人一步步地登上台階，接受策命，此時有聲音如同洪鍾鳴響（詳情記載在《五行誌》中）。
讚辭如下：薛宣、朱博都是從佐史做起，後來逐級升上去，一直升到宰相位置。薛宣在所有的職務中，都能夠做到政治清明，有很好的政績和口碑，可謂是官員中的模範，等到身居高位，因為苛察，使得名譽受損，器物總是有它的局限性。朱博為官，敢做敢為，不考慮繁文縟節和道德說教，已經被儒家所非議，又看到在孝成帝朝，朝中的大臣，玩弄權術。皇帝改變了，對人的好惡，與此前已經有所不同，還想要依附於外戚丁氏、傅氏，阿諛孔鄉侯傅晏，最終落敗，受到詰難，陷入欺君罔上的罪名，罪證確鑿，難以辯駁，以服毒飲下鴆酒，結束了一生。孔子說：“日子久了，子路也會變得不老實！”朱博同樣如此！