宣帝於是將雙方的意見交予丞相、禦史大夫兩府討論，丞相、禦史大夫就蕭望之提出的問題詰問張敞。張敞回答：“少府、左馮翊所說的，隻是人們通常的想法。當年武帝征伐四夷，戰爭持續三十餘年，百姓沒有加賦，而軍事行動所需要的開支，均得到滿足。而今羌虜不過是一隅的小蠻夷，是在山穀間跳梁的小醜，國家隻是讓犯罪的人拿出一些財產，來贖免他們的罪行，這種措施，遠勝於煩擾百姓，增加賦稅。並且強盜和殺人犯是大逆不道的罪人，是百姓最痛恨的惡賊，他們不能贖罪，隻是對於那些因為藏匿、知情不報、貪取不義之財而犯法的人，因為受到懲罰，可以實施這種政策。朝中的大臣們在討論時，均認為他們的罪可以得到寬免，現在讓他們以財產來贖罪，其法律實施的寬嚴，政策掌握的尺度，顯而易見，怎麼會影響到教化？在上古時，《甫刑》的懲罰，也是小過可以赦免，輕罪允許交錢，以錢來贖罪，還有以錢贖罪的不同標準，這種措施由來已久，怎麼就放縱了罪犯，讓罪惡漫延？張敞在朝廷任職二十餘年，隻聽說過罪人可以以錢贖罪，沒有聽說過因為贖罪，而造成更多的犯罪。現在涼州軍情緊急，秋天莊稼正是收獲的季節，百姓中還有饑困的，有些甚至因病而死在路上，更何況明年春天，青黃不接之際！不早一點為賑災做足準備，在百姓需要時給予賑濟，卻在那裏引用迂腐的經學，加以詰難，以後恐怕還會有更嚴重的情況出現。儒生們可以抱著經書，高談闊論，沒有必要與他們去爭論。張敞作為朝廷大臣，位居列卿，把輔佐丞相、禦史大夫兩府作為自己的職責，不敢不表達愚意。”
蕭望之、李強又爭辯：“先帝聖明、仁德，朝中的賢良在位，製定製度、法令，為後世所垂範，考慮到邊郡百姓困苦，因此製定了《金布令甲》，說‘邊郡的百姓多次遭受兵災，饑寒交迫，很多百姓在壯年時即不幸去世，家中失去年輕的父、子，詔令天下其它郡縣，為邊郡供給糧食以及生活用品。’這是因為戰爭頻繁，而做出的應急措施。在當時，武帝天漢四年（公元前97年），詔令犯下死罪的人，每人可以捐獻五十萬錢，減輕死罪一等，因此在當時，地方豪強、官吏、百姓紛紛借貸，甚至有人為此而淪為強盜，為的是湊足贖罪的錢。再後來，奸邪並起，群盜蜂擁，甚至攻打郡縣，殺害郡太守，犯罪的案件此起彼伏，官吏不能製止，武帝隻好再次頒發詔令，派遣繡衣使者以軍興罪，嚴加懲治，為此殺了很多人，最終才將混亂製止下去。臣愚以為，這即是花錢贖罪的教訓，因此才說不應該施行這種政策。”在當時，丞相魏相、禦史大夫丙吉，也認為羌虜很快就會被剿滅，轉輸的軍糧基本上能夠滿足戰時需要，遂沒有采納張敞的建議。蕭望之擔任左馮翊三年，京師的百姓稱讚蕭望之在任上做得很好，此後蕭望之升任為大鴻臚。
在此前，烏孫國昆彌翁歸靡通過長羅侯常惠上書，希望以漢朝的外孫元貴靡作為繼承人，再娶漢朝公主，通過婚姻而內附，脫離匈奴控製。宣帝下詔，將上書交予朝中的公卿們討論，蕭望之認為烏孫國遠在遙遠的西域，假若相信他們的好話，將公主遠嫁於萬裏之外，這不是長久之策。這一次，宣帝沒有采納蕭望之的建議。神爵二年（公元前60年），宣帝派遣長羅侯常惠出使西域，護送公主下嫁元貴靡。還沒有出塞，翁歸靡去世，翁歸靡哥哥的兒子狂王，違背與漢朝的約定，自立為昆彌。常惠在塞下上書，希望將少公主暫時留在敦煌郡。常惠到烏孫國去，指責烏孫國負約，還是應該立元貴靡，而後再迎娶少公主。宣帝再次下詔，將建議交予朝中公卿們廷議，蕭望之認為：“這個建議不好。烏孫國首鼠兩端，遠在異域，觀望漢朝與匈奴的強弱，不遵守約定，從這件事情上，已經看得很清楚。此前嫁出去的公主，在烏孫國四十餘年，與烏孫王的感情並不好，邊境也沒有因此而安定下來，這些足已說明問題。這一次，漢朝送往烏孫國的公主，因為元貴靡不能被立為烏孫國昆彌，而中途返回，並沒有失信於蠻夷，其實還是中國的福氣。不斷地向蠻夷送去皇室公主，為此而征發大量徭役，這也是原因之一。”宣帝這次采納了蕭望之的建議，讓少公主返回，再後來烏孫國分為兩部分，元貴靡被立為大昆彌，漢朝此後不再與烏孫國和親。
神爵三年（公元前59年），蕭望之代替丙吉擔任禦史大夫。宣帝五鳳年間（公元前57-前54年），匈奴國內大亂，朝廷為此事而討論，大多數人認為，匈奴為害漢朝邊郡已久，可以趁著匈奴內亂之機，將其一舉蕩平。宣帝下詔，派內朝大司馬車騎將軍韓增、諸吏富平侯張延壽、光祿勳楊惲、太仆戴長樂，向蕭望之征詢意見，蕭望之說：“春秋》中記載，春秋時晉國大夫範宣子率領晉軍討伐齊國，中途聽到齊國國君去世的消息，遂引軍返回，君子為此事而稱讚，範宣子沒有在其它國家居喪期間，趁亂討伐它國，認為這種行為，恩德足以勸勉孝子，義舉足以感動諸侯。此前單於仰慕漢朝的恩義，向漢朝稱弟，派遣使者到漢朝來請求和親，在當時，海內百姓非常高興，夷狄也都聽說了此事。約定並沒有終止，單於不幸被匈奴國內的賊臣殺害，趁此機會，漢朝討伐匈奴，這是乘人之危、幸災樂禍，他們一定會遠遁。不是以義討伐，出動軍隊，擔心會勞而無功。此時應該做的，是派出使者慰問，給予匈奴必要的幫助，以幫助他們度過當前困難，四方的蠻夷，知道漢朝這樣對待匈奴，也會被中國的仁義所感動。如果能夠幫助新的匈奴單於複位，新單於一定會感恩戴德，向朝廷稱臣，這是盛德之事。”宣帝采納了蕭望之的建議，此後派遣漢軍護送呼韓邪單於返回匈奴，重新安定了匈奴國。
在當時，大司農中丞耿壽昌，奏言朝廷應該建造常平倉，宣帝認為這個想法很好，蕭望之卻提出反對意見。丞相丙吉年紀老了，宣帝非常敬重丞相，蕭望之提出奏言：“百姓現在困苦，盜賊仍然猖獗，二千石官員很多不能勝任。在位的三公大臣不能盡到責任，三光（日月星）暗淡無光，今年的日月暗淡，責任全在他們身上。”宣帝認為蕭望之出言不遜，輕視丞相，將蕭望之的奏言交予宮中侍從建章宮衛尉金安上、光祿勳楊惲、禦史中丞王忠，讓他們一起前去責問蕭望之。蕭望之免冠，與朝廷派來的官員爭論起來，宣帝為此更加不高興。
再後來，丞相司直繁延壽上奏：“侍中謁者良奉旨下詔書予蕭望之，蕭望之隻是拜了兩拜。良代表朝廷與蕭望之談話，蕭望之跪在地上不起來，謁者良不得已，隻好也跪下，對禦史大夫說：‘良失禮了。’按照慣例，丞相生病，第二天禦史大夫就要前往家中探病；在朝堂聚會奏事時，禦史大夫要站在丞相身後，丞相致謝，禦史大夫還要趨步向前，作揖回禮。現在丞相病了很久，蕭望之卻不聞不問，也不探視病情；在朝堂聚會，與丞相抗禮，倨傲不遜。在朝堂議事時，意見有衝突，蕭望之竟然會說出：‘君侯不就是大了我幾歲嗎，你還能當我的爹！’蕭望之明知，作為禦史大夫，不能擅自安排官吏為自己做事，蕭望之卻多次指使禦史大夫府中的守史動用公家車馬，到杜陵去料理家事。少史戴著官員的法冠，為蕭望之的妻子作為前導引路，還私下裏違犯規定，做買賣牟利，蕭望之的屬下為蕭望之牟利十萬零三千錢。蕭望之作為朝中大臣，通曉經術，身居尊位，在九卿之上，應該作為官員的表率，卻不能守法，嚴格要求自己，倨傲無禮，接受賄賂達二百五十金以上，請求將蕭望之逮捕，按照法律治罪。”宣帝於是以詔書形式，告訴蕭望之：“有關部門上奏，君無禮苛求朝廷派來的使者，對待丞相桀驁不馴，居官不夠清廉，態度驕橫，難以在朝中輔政，成為官員們的表率。作為朝廷三公，做事情本來應該謹慎，君卻陷入各種醜聞之中，朕不忍將君交予執法官員懲治，派光祿勳楊惲送予君冊書，轉任太子太傅，授予君印綬。將原來的禦史大夫印綬交還使者，不須再到宮中辭謝。君應當遵守道義，懂得孝行，走正路，不要再犯錯誤，也不要為此事再申訴。”
蕭望之被貶，由黃霸代替，擔任禦史大夫。幾個月後，丙吉去世，黃霸接替丞相職務。黃霸去世後，於定國接任。蕭望之終於被廢黜，沒有按照過去的慣例，在禦史大夫任上，繼任丞相。一直擔任太子太傅，用《論語》、《禮服》教導皇太子。
在當時，匈奴呼韓邪單於要來長安朝見皇帝，宣帝下詔，讓朝中公卿們討論，用什麼樣的方式接見，丞相黃霸、禦史大夫於定國均認為：“聖王的製度，施行德政，崇尚禮製，先京師而後諸夏，先諸夏而後夷狄。《詩經》中說：‘循禮不越，環顧四方；威望雄壯，蠻夷來降。’陛下的聖德充塞天地，光耀四方，匈奴單於仰慕漢朝的德政、教化，攜帶寶物來朝貢，這還是自古以來，從來沒有過的盛事。接待單於的禮儀應該按照諸侯王，位置在諸侯王下麵。”蕭望之認為：“單於的位置不是朝廷封的，過去我們還是把他們當作敵國來看待，對他們不能以臣子禮要求，單於的位置應該在諸侯王上麵。現在蠻夷向我們稽首，自稱藩國，中國也應該表示謙讓，不把他們當作臣子來對待，這是一種羈縻策略，可以表示出漢的禮儀，以謙遜作為美德，無所不通。《尚書》中講：‘戎狄荒服。’意思是戎狄來歸附，他們的態度隨時會發生改變，並無常態。假若以後的匈奴單於，有鳥竄鼠伏的行為，不再來朝廷朝賀、貢獻，也不把他們當作叛臣來看待。對待他們的禮讓，是把他們當作蠻貉，這樣做才會福祚無窮，是萬世長策。”宣帝采納了蕭望之的建議，下詔說：“人們常說三皇五帝，對於戎狄不實施教化，不對他們施以管理。而今匈奴單於，自稱要作為漢朝北邊的藩國，要服從漢朝的正朔，朕的德能不夠，德也不能覆蓋到如此遙遠的地方。以客禮對待單於的來訪，單於的位置在諸侯王上麵，讚禮拜謁稱臣，不呼名字。”
宣帝在病重時，要挑選可以托付的大臣，召外戚宮中侍從樂陵侯史高、太子太傅蕭望之、少傅周堪到宮中，拜史高為大司馬車騎將軍，蕭望之為前將軍光祿勳，周堪為光祿大夫，讓他們共同接受遺詔，輔佐新皇帝繼位，負責宮中的尚書事務。宣帝駕崩，太子劉奭繼位，這是孝元帝。蕭望之、周堪原來是太子老師，受到敬重，元帝繼位後，多次在宮中單獨召見他們，談論治國理政的措施，還有以王道治理國家的方式。蕭望之推薦劉氏宗室、通曉經學的、散騎諫議大夫劉更生兼任給事中，與侍中金敞一起在皇上左右拾遺補缺。四人同心協力，勸元帝要遵循古製，以此來匡正元帝的思想，元帝很欣賞他們的諫言，大部分諫言，也能夠接受。
在此前，宣帝對儒術不感興趣，強調法律的作用，宮中的中書宦官受到重用。中書令弘恭、石顯在宮中長時間負責中樞機要，熟悉法律條文，他們與車騎將軍史高相互勾結，常在一起按照舊例處理朝政，將蕭望之等人的意見棄之一旁。弘恭、石顯時常因為意見偏頗，被蕭望之等人以義理加以駁斥。蕭望之認為中書省，是國家的機要中樞，應該選擇賢明的官員，自從武帝在後庭注重享樂，在內朝開始重用宦官，這種做法，從一開始就違背古時的製度，而且自古以來，帝王不能過於親近宦官，蕭望之他們建議皇帝重用士人，因此與史高、弘恭、石顯間常發生衝突。元帝剛繼位，認為弘恭、石顯等人是前朝老臣，為了表示謙虛，不想馬上更換，這個建議久拖不決，隨後元帝又將劉更生調出宮廷，擔任宗正。