撤銷州牧名稱，將名稱恢複為州部刺史。
哀帝建平二年六月庚申，帝太後丁氏駕崩。哀帝說：“人們常說夫婦一體。《詩經》中說‘生則異室，死則同穴。’古時候季武子修建墳墓，先去世的杜氏靈柩停放在西階下，請求合葬，得到準許。合葬的禮儀，從周代開始。‘鬱鬱乎文哉！吾從周。’孝子事死如事生。應該為帝太後修建皇陵和陵園。”此後哀帝將帝太後安葬在定陶國。征調陳留郡、濟陰郡附近郡、諸侯國的五萬多百姓修建陵墓。
待詔夏賀良等人談到赤精子的讖言，漢家運數在中途衰落，而後會有新皇帝重新出現，應該更改紀元年號。哀帝下詔說：“漢朝建國二百年，數次開元。得到皇天護佑，漢室再傳符命於朕，朕的德能不夠，不敢漠視天命！繼承帝業完成使命，要讓天下更新，大赦天下。將建平二年更改為太初元將元年。將皇帝稱號更改為陳聖劉太平皇帝。報時的漏刻以一百二十度為準。”
哀帝太初元將元年（公元前5年）七月，在渭城西北的土塬上，永陵亭的高坡上修建初陵。詔令郡、諸侯國不要遷徙百姓，讓百姓不要受到驚擾。
哀帝太初元將元年八月，哀帝下詔說：“待詔夏賀良等人建議朕更改紀元年號，增加計時漏刻，以為這樣做可以永保國家安寧。朕誤聽誤信夏賀良等人的話，以為這樣做可以使得天下百姓獲得福祉，結果毫無效應。而且違背古製，不合時宜，六月甲子的製書，不是大赦令，所改變的紀元年號及相關規定一律作廢。夏賀良等人妖言惑眾，交予有關部門審理。”夏賀良等人被判處有罪，殺頭。
丞相朱博、禦史大夫趙玄、孔鄉侯傅晏有罪。朱博自殺，趙玄按照減死罪三等論處，削去傅晏四分之一封國（詳情記載在《博晏傳》中）。
哀帝建平三年（公元前4年）春天正月，哀帝立廣德夷王的弟弟劉廣漢為廣平王。
癸卯，帝太太後居住的桂宮正殿發生火災。
哀帝建平三年三月己酉，丞相平當去世。有彗星在河鼓星方向出現。
哀帝建平三年夏天六月，哀帝立魯國頃王劉勁的兒子郚鄉侯劉閔為諸侯王。
哀帝建平三年冬天十一月壬子，恢複甘泉宮泰一廟郊祀，恢複汾陰縣後土廟祭祀，撤銷長安城南北郊的祭祀。
東平王劉雲、劉雲的王後謁、安成恭侯夫人放有罪。劉雲自殺，謁、放被殺頭示眾。
哀帝建平四年（公元前3年）春天，大旱。崤山以東各郡國百姓傳遞西王母行籌，謠言在郡、諸侯國間流傳，百姓向西將行籌一直傳遞到關中，最後抵達京師。百姓彙聚在一起，祭祀西王母。在夜間，有人舉著火把攀上屋頂，擊鼓嚎叫，驚恐萬狀。
哀帝建平四年二月，哀帝封帝太太後的表弟侍中傅商為汝昌侯，封太後同胞妹妹的兒子侍中鄭業為陽信侯。
哀帝建平四年三月，侍中附馬都尉董賢、光祿大夫息夫躬、南陽太守孫寵，以告發東平王犯罪案被封為列侯（詳情記載在《董賢傳》中）。
哀帝建平四年夏天五月，賜中二千石至六百石官吏和天下男子爵位。
哀帝建平四年六月，哀帝尊傅帝太太後為傅皇太太後。
哀帝建平四年秋天八月，恭皇陵寢園的北門發生火災。
哀帝建平四年冬天，哀帝詔令將軍、中二千石官員舉薦懂得兵法，有謀略的人才。
哀帝元壽元年（公元前2年）春天正月辛醜朔，天上出現日蝕。哀帝下詔說：“朕得以奉祀宗廟，不敏不明，日夜操勞，沒有一刻的安寧。仍然擔心陰陽不能協調，百姓生活無著，還有什麼缺失沒有被發覺。朕屢次詔命公卿，希望他們能夠勵精圖治。現在有關部門執法，不能按照要求執行，或者是為官暴虐，竊取功名，或者是用法過寬，使得問題遲遲不能解決。盜賊猖獗，祥和氣氛日衰，百姓哀愁，無從安身。前些時，在正月初一時，天上出現日蝕，上天降罪，由朕一人承擔。公卿大夫們要齊心協力，率領百官，要重用賢者，罷黜殘暴苛刻之徒，讓百姓安下心來。要向朕提出諫言，指出過失，不要隱瞞。詔命將軍、列侯、中二千石官員為朕舉薦賢良、方正、直言士人，每人舉薦一人。大赦天下。”
丁巳，皇太太後傅氏駕崩。
哀帝元壽元年三月，丞相王嘉有罪，被逮捕下獄，死在獄中。
哀帝元壽元年秋天九月，哀帝免去大司馬驃騎將軍丁明的官職。
孝元帝廟門前的銅龜蛇鋪首發出鳴叫聲。
哀帝元壽二年（公元前1年）春天正月，匈奴單於、烏孫國大昆彌前來朝見大漢皇帝。二月，歸國，單於走的時候不高興。（詳情記載在《匈奴傳》中）。
哀帝元壽二年夏天四月壬辰晦，天上出現日蝕。
哀帝元壽二年五月，重新確定三公官員的職責（大司馬掌握兵事，大司徒掌握民事，大司空掌握水土事）。大司馬衛將軍董賢為大司馬（太尉），丞相孔光的官職名稱更改為大司徒，禦史大夫彭宣的官職名稱更改為大司空，哀帝封彭宣為長平侯。確定司直、司隸的工作職責，新設置司寇職務，具體工作未定。
哀帝元壽二年六月戊午，哀帝在未央宮駕崩。秋天九月壬寅，哀帝葬在義陵（漢哀帝終年二十五歲）。
讚辭如下：孝哀皇帝原來為藩王，被孝成帝立為皇太子，哀帝文辭敏捷，幼年時即有傳聞。看到在成帝朝，朝廷疏遠王室成員，朝廷的權柄轉移至外戚手中，哀帝繼承帝位後，屢次誅殺大臣，以加強中央皇權，欲效法武帝、宣帝朝的治國理政方式。哀帝淡雅不喜歡聲色，閑暇時隻觀看徒手博鬥和角力。繼位後因為患有痿痹病，而且病情不斷地加重，享國時間不長，哀哉！