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孝元皇帝劉奭，是宣帝的嫡長子，元帝的母親是恭哀許皇後。宣帝身份卑微時，在民間生下劉奭。劉奭在二歲時，宣帝繼承大統，登上皇位；劉奭在八歲時，被立為皇太子。待到劉奭長大成人，性格顯得柔弱而好儒學。劉奭看到宣帝重用的大臣，均是一些精通法律的文吏，以刑名來治理國家，大臣楊惲、蓋寬饒等人，因為說了一些不合時宜的話，被判為有罪而殺頭。於是在家宴間隙，劉奭向宣帝進言：“陛下持刑太重，應該多用些儒生。”宣帝聽了此番話，勃然變色，宣帝說：“漢家治理國家有自己的一套製度，霸道與王道兼而用之，怎麼可以僅采用儒家的仁德，以周禮來治理國家！況且俗儒不通時務，喜歡以古非今，用名實來迷惑世人。等到處理具體問題時，需要臨機應變，卻不知道該如何應對，對他們怎麼能委以重任！”宣帝歎道：“將來亂我漢家天下的，一定是太子！”因此就有了疏遠太子、親近淮陽王劉欽的想法。宣帝說：“淮陽王劉欽明察事理，好法家學說，做事情像我。”淮陽王母親張倢伃在當時也正在受到宣帝的寵幸。宣帝有了讓淮陽王劉欽代替太子的想法，但是又想到自己在年少時得到過許家很多照顧，宣帝是在卑微時繼承帝位，最終沒有為此而改變主意。
黃龍元年（公元前49年）十二月，宣帝駕崩。癸巳，太子劉奭繼承皇帝位，謁高廟。尊上官皇太後為太皇太後，尊邛成王皇後為皇太後。
元帝初元元年（公元前48年）春天正月辛醜，元帝將孝宣皇帝安葬在杜陵。賞賜諸侯王、公主、列侯黃金，賞賜二千石以下官吏錢帛，多少不等。而後大赦天下。三月，元帝封邛成皇太後的哥哥侍中中郎將王舜為安平侯。丙午，元帝立王氏為皇後。將三輔、太常、郡、諸侯國掌握的國家公田和苑囿拿出來，幫助貧苦農民發展生產，對家產不足千錢的貧民，由政府貸給種子、糧食。元帝封外祖父平恩戴侯許廣漢同父異母弟的兒子中常侍許嘉為平恩侯，奉祀戴侯的家廟。
元帝初元元年夏天四月，元帝下詔說：“朕繼承先帝的偉業，得以奉祀宗廟，常有戰戰兢兢之感。近些時，地震多次發生，這是上天在向朕提出警示，要找一下原因。現在正是農忙時節，朕擔心百姓失業，當麵囑托光祿大夫褒等十二人到各郡、諸侯國巡查，慰問老年人，慰問鰥寡孤獨者，慰問生活無著的貧苦百姓，招賢納士，舉薦賢良，留意風俗教化。諸侯國相、郡太守與二千石官吏要兢兢業業，恪盡職守，向百姓宣明教化，親近百姓，天地間的關係和諧了，就不會再有值得煩憂的事情。《尚書》中不是說‘股肱大臣得力，諸事不必擔心！’布告天下，讓百姓知道朕的心意。”又下詔說：“崤山以東各郡、諸侯國今年的糧食收成不好，百姓中多有饑困者。詔令郡、諸侯國受災嚴重的地區免除今年賦稅。屬於少府管轄的江海湖沼園池，開放給平民百姓，不要收取賦稅。賞賜宗室有屬籍的成員一匹到八匹馬，賞賜三老、孝子布帛五匹，悌者、力田布帛三匹，賞賜鰥寡孤獨者布帛二匹，官吏、百姓，每五十戶，賞賜牛酒。”
元帝初元元年六月，百姓因為瘟疫，有很多人患病，元帝詔令太官令減少膳食用費，減少樂府中的冗員，減少苑囿中的馬匹，用以賑濟貧苦百姓。
元帝初元元年秋天八月，朝廷在上郡屬國安置的匈奴，有一萬餘人重新逃回匈奴。
九月，崤山以東有十一個郡、諸侯國發生洪災，出現大麵積饑荒，有人吃人的情況出現，元帝調集其他郡縣的錢、糧進行賑濟。元帝下詔說：“近日陰陽不調，黎民百姓遭遇饑寒，民不聊生，是朕的德能不夠，不應該住在先帝宮室。詔令不常用的皇家宮館，不要再進行維護，太仆令減少糧食喂馬，水衡令減省上林苑中猛獸的食肉量。”
元帝初元二年（公元前47年）春天正月，元帝巡幸抵達甘泉宮，郊祀泰一廟。賞賜雲陽縣的百姓民爵一級，女子每百戶，賞賜牛酒。
二月立弟弟劉竟為清河王。
三月，立廣陵國厲王劉胥的太子劉霸為諸侯王。
元帝下詔黃門令不再管轄乘輿狗馬，將水衡令管轄的苑囿、宜春下苑、少府佽飛令管轄的外池、嚴蘌（yù）池、田地交於貧民耕種、使用。元帝下詔說：“人們常說，賢聖的君王在位，陰陽協調，風調雨順，日月光明，星辰安靜，天下安寧，百姓得以享受天年。現在朕繼承帝位，位在諸侯王、列侯之上，明不能燭，德不能綏，災禍連年不斷。二月戊午，隴西郡發生地震，震毀太上皇祭廟中的殿宇牆壁和木器飾品，毀壞豲道城中的官府和百姓的房屋，地震壓死了人。山崩地裂，水泉湧出。天降災禍，朕和大臣們對此非常震驚。國家出了問題，才會有這樣的災禍。朕日夜戰戰兢兢，思慮災禍發生的原因，內心哀痛，問題究竟出在哪裏？近幾年糧食連年歉收，百姓饑困，啼饑號寒，有些人觸犯法律，朕深感哀傷。震災嚴重的地區，免除今年賦稅。大赦天下。有可以取消、或者減省、以及對百姓有利的措施，要提出來，不要隱瞞。丞相、禦史大夫、中二千石官員舉薦茂材，舉薦考核政績優秀，敢於直言，提出諫言的士人，朕還要親自考查。”