同年12月，南京淪陷。王昆侖隨國民黨政府的遷移，來到了武漢。
第二年年初，他同沈鈞儒、鄒韜奮、陶行知等聯名發起創辦《全民抗戰》三日刊，特別是為徐州突圍和武漢保衛戰編寫了不少宣傳鼓動的文章。8月，他同抗戰中從事婦女、兒童工作的曹孟君女士結婚。10月，武漢三鎮淪陷．他又從武漢到了重慶，在重慶王昆侖除繼續擔任原職外，還兼任了中山文化教育館總幹事，中蘇文化協會常務理事等職，並同侯外廬、翦伯讚等主編了《中蘇文化》雜誌。他以自己的合法身份、社會交往和曆史關係，為爭取和團結國民黨上層人士和其他愛國民主分子，為掩護和營救被捕的中共地下黨員以及進步青年做了大量工作。
1941年皖南事變後，王昆侖在中共代表周恩來的支持下，與王炳南、屈武等在重慶發起組織“中國民主革命同盟”（簡稱“小民革”），在國民黨內部堅決主張抗戰到底，反對倒退，反對分裂。1943年，他又與譚平山等發起組織“三民主義同誌聯合會”，積極進行抗日民主活動。
1945年5月5日至21日，國民黨第六次全國代表大會在重慶複興關（現名浮圖關）舉行，會上，王昆侖揭露了國民黨頑固派勾結日偽，製造分裂，策劃內戰的陰謀，引起了很大的震動，蔣介石很惱火，立即把他的名字從候補中央執行委員候選人的名單中勾去。
同年8月28日，毛澤東、周恩來、王若飛、秦邦憲等代表中共中央赴重慶同國民黨談判，8月30日，王昆侖等人積極組織中蘇文化協會成員對毛澤東的到來進行了熱烈的歡迎。那天上午，毛澤東從林園返回桂園，然後分別和宋慶齡、赫爾利交換了意見。下午，柳亞子、沈鈞儒、陳銘樞、王昆侖、黃炎培、左舜生、章伯鈞、冷遒、傅斯年、王雲五等便以最快的速度前往桂園拜訪。當時，柳亞子、陳銘樞是三民主義同誌聯合會的負責人；沈鈞儒、黃炎培、左舜生、章伯鈞是中國民主同盟的領導人；王昆侖是中國民主革命同盟的領導人之一；冷通、傅斯年、王雲五是國民參政員。可以說這些人代表了重慶民主革命的主要力量，大家在一起暢談抗戰勝利之後的革命形勢，表示了對毛澤東的歡迎和關心。
8月31日，毛澤東在桂園與王昆侖等人又暢談了三個小時。
那是下午三時左右，王昆侖與許寶駒、屈武、侯外廬、曹孟君、譚惕吾等六人剛剛來到張公館桂園的門外，毛澤東老遠地就從裏麵迎了出來。這時，王炳南在中共內部負責統戰工作，因為他曾經和屈武共同組織民主革命同盟，和王昆侖一行人都特別熟悉，因此王炳南作為引見人，對來人進行了一一介紹。
毛澤東與主昆侖一行人握手之後幽默地說：“你們都是些著名的英雄啊！”王昆侖等人都愉快地笑了起來。
當時，王昆侖就坐在毛澤東的身邊。王昆侖問毛澤東，這次談判能否成功，還說蔣介石邀請毛澤東來重慶談判是不懷好意。接著還說：
“依我看，這次和談是談不成的；即使談成了，國民黨當權派也不會給共產黨實權的。”毛澤東接著對王昆侖的話作了回答：“明知這次和談困難很大，還是要談，因為人民需要和平人民需要團結。所以，中共應該盡力地爭取和平，為人民利益必須這樣做。”隨後，王昆侖又問到毛澤東的安全問題，毛澤東笑了，非常輕鬆地說：“這一點大家可以放心，至於蔣介石要違反人民意誌而可能進行加害，我料想蔣還不敢。”大家就當前形勢交換意見，暢談未來，不知不覺就到了下午五點多鍾，這才起身向毛澤東告別。
全國解放之後，王昆侖曾任政務院政務委員、北京市副市長。可見，王昆侖並不是等閑之人，這是一位一身兼兩黨的特殊人物。
可以說，王昆侖也是《沁園春·雪》在重慶發表過程中的一位關鍵人物。
六、首發之功