所謂“二六轟炸”，是指1950年2月6日美蔣飛機突然對上海楊樹浦發電廠進行轟炸。楊樹浦發電廠是當時上海電力主要供應源，這次轟炸對上海的工業生產和市民生活造成很大損失。
陳雲的首要任務，是深入進行調查，弄清潘漢年究竟是中國共產黨的高級情報幹部，還是在為國民黨或日本人搞情報。
陳雲找長期擔任地下黨上海市委書記的劉曉了解情況，找到潘漢年的老戰友夏衍和史永（沙文威）調查，還找到長期在上海做地下工作的劉人壽夫婦談話，請當年從事地下工作的廖承誌、胡立教證明。大量的人證、物證表明，凡是潘漢年主管的上海地下黨的人和事，聯絡機關都沒有遭到破壞，這有力地否定了潘漢年是“內奸”的指控。
其中，特別是廖承誌，非常堅決地說：“我認為應當給潘漢年平反！……我記得，1946年我從南京返回延安後，曾問過康生關於潘漢年所說中央批準了要情報工作打入敵偽的方針。此事，我記憶得很清楚，康生是肯定了的。因此，我後來一貫懷疑這件公案。如果潘漢年是漢奸，他在太平洋戰爭爆發前後，完全可以將上海、香港的組織出賣幹淨。但是，直到全國解放，我們了解的，潘所知道的香港電台、組織，一概毫無損失。如果潘漢年所進行的‘打入敵偽取得情報’這個方針是毛主席、康生所批準的話，那麼執行這個方針的潘漢年不能說是漢奸，應予平反。而且潘漢年一案有關人員已差不多全部平反了，可見潘漢年不會是漢奸。如果潘漢年是當了漢奸，哪有不出賣自己部下來染紅帽頂子的漢奸？潘漢年據說見過汪精衛，這詳情我不知道，我也不曾聽潘給我講過。據說是潘向毛主席報告了，而毛就把潘逮捕了。當時康生為何不講一句話？在什麼情況下見的？情況怎樣？都應分析。大概是康生內裏墨黑，慣於落井下石，聽到毛主席勃然大怒，就順帶地把他弄了一下，漢年就倒黴透了。這事如有，也無非是一個錯誤，夠不上戴上漢奸、叛徒的帽子，何況有一連串事實證明，上海、香港組織紋絲不動，哪來‘叛徒’罪名？”
就在仔細調查潘漢年案件時，陳雲得了直腸癌。1979年10月在手術之前，陳雲為了預防不測，本著實事求是的精神，特地為潘漢年一案給胡耀邦寫了信，說明了有關情況。陳雲說，雖然這次手術是小刀，但人老了為防萬一，希望有生之年能看到潘漢年問題的解決。他鄭重提及，1936年中共駐共產國際代表團派潘漢年回國去進行國共談判，是由王明、康生和他3人決定的，現在王、康都已去世，隻有他能為潘漢年作證明了。
1980年12月23日上午，陳雲指示辦公室的秘書給公安部打電話，說他要調閱潘漢年案件的材料，請公安部當天下午就將潘案最後定案的全部材料送到他那裏去。
1981年3月1日，陳雲親筆致函鄧小平、李先念、胡耀邦、趙紫陽：“我建議中央對潘漢年一案正式予以複查，如中央同意，可交中央紀律檢查委員會辦理。”
中共中央紀律檢查委員會根據陳雲的提議和鄧小平、胡耀邦、李先念的讚同，複查了潘漢年案件。其中最為可貴的是，查到中共情報工作主要負責人之一李克農上將在1955年就潘漢年案件所寫的意見：
1.太平洋戰爭爆發前後，中央、中情部均有打入敵偽組織利用叛徒特務進行情報工作的批示（因之，潘與敵偽特務係統的接觸，是根據中共中央的指示，不應成為罪行，而且潘的這些接觸都向中央報告過）。
2.潘利用某些人開展敵偽方麵的情報工作是有正式報告的（這是指潘接觸敵偽特務頭子李士群事，不應當成為罪行）。
3.太平洋戰爭爆發前，敵對上海租界控製不嚴，有空隙可以利用，潘的麵目有所暴露，但仍有存在條件（潘在上海一直未被捕，成為潘與敵特有勾結的罪證。所以這點作了相反的解釋）。
4.在太平洋戰爭前，潘向中央報告過關於日特、偽軍及日美談判的情況。
中共中央紀律檢查委員會經過周密的調查，否定了原定的潘漢年“內奸”的結論。
1982年8月23日，中共中央發出《關於為潘漢年同誌平反昭雪、恢複名譽的通知》，終於為潘漢年平反。
陳雲出任中共中央紀律檢查委員會第一書記之後，所抓的另一件事情就是嚴肅黨風。
1980年11月，陳雲鮮明地提出：“執政黨的黨風問題是有關黨的生死存亡的問題。因此，黨風問題必須抓緊搞，永遠搞。”
關於黨風，陳雲提出兩個論點：
一是黨的領導機關要堅持和貫徹黨章所規定的民主集中製。陳雲說：“不怕人家講錯話，就怕人家不說話。講錯話不要緊，要是開起會來，大家都不說話，那就天下不妙。”
二是“黨性原則和黨的紀律不存在‘鬆綁’的問題”。陳雲指出：“對嚴重的經濟犯罪分子，我主張要嚴辦幾個，判刑幾個，以至殺幾個罪大惡極的。要雷厲風行，抓住不放，並且登報，否則黨風無法整頓。”
“我要有自知之明”
自中共十一屆三中全會上陳雲當選中共中央副主席之後，籲請陳雲出任國務院財政經濟委員會主任、主持全國財經工作的呼聲甚高。
這不難理解，因為陳雲曾長期主持中國的財經工作，一向務實，富有經驗。毛澤東曾幾度“甩”掉陳雲，而事實表明，一旦“甩”掉了陳雲，毛澤東便在經濟戰線上打敗仗。
中共已決定把全黨的工作重點轉向經濟，於是，財經領導工作愈發顯得重要。“老馬識途”，陳雲可以說是眾望所歸。