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陳雲重新主管中國經濟，他也踱起方步來，成為專門考慮“戰略性問題”的人。【比奇中文網首發www.biqi.me】陳雲依據過去的教訓，再三告誡人們，在經濟建設上務必防“左”，務必吸取“左”的教訓。
出任中紀委第一書記
中共十一屆三中全會把陳雲選為中共中央紀律檢查委員會第一書記，這可能出於以下的考慮：
一是陳雲擔任過7年中共中央組織部部長，熟悉中共幹部情況；
二是陳雲1978年11月12日在中共中央工作會議上的“爆炸性”發言，一口氣提到的5樁案件，即薄一波等“六十一人叛徒集團”冤案、陶鑄冤案、彭德懷冤案、平反“天安門事件”、批判康生，全都屬於中共中央紀律檢查委員會的工作範圍；
三是陳雲本人作風正派，生活儉樸，向來遵守黨的組織紀律。陳雲走馬上任中共中央紀律檢查委員會第一書記，便於1979年1月4日在中共中央紀律檢查委員會第一次會議上，開宗明義，這樣說道：黨的中央紀律檢查委員會的基本任務，就是要維護黨規黨法，整頓黨風。我們這次會議就是要為實現這個基本任務做必要的準備工作。
陳雲在講話中列舉了黨內生活在過去極不正常的情況：
十多年來，林彪、“四人幫”的破壞是很大的。那時候開會就是翻語錄本，“萬壽無疆”還要喊三次，什麼早請示晚彙報，打電話先要念語錄。這些東西都是周恩來同誌製止住的。沒有周恩來同誌，“文化大革命”的後果不堪設想。他保了很多同誌下來，我們這些人都是他保的嘛！由於林彪、“四人幫”的破壞，正像葉劍英同誌在1977年中央工作會議上講的，我們黨出現了很不正常的情況。到了1975年冬，來了個聯絡員，一個娃娃，毛主席的意見由他傳達，政治局開會由他向毛主席彙報。葉劍英同誌對我講過，那時像他那樣的黨中央副主席也見不到毛主席。去年12月10日我曾問過華國鋒同誌，你那時能不能見到毛主席？他說，見不到，隻能在接見外賓時講幾句話。連中央副主席都見不到毛主席，這是黨內極不正常的狀態。
陳雲出任中共中央紀律檢查委員會第一書記之後，抓了兩件大事：
一是平反假案，糾正錯案，昭雪冤案；
二是嚴肅黨風黨紀。
那時，正值“文革”剛剛結束，大批冤假錯案亟待平反。1979年1月，中共中央紀律檢查委員會第一次全會通告就明明白白指出：
冤案、假案、錯案一經發現，就要堅決糾正。一切不實之詞，一切不正確的結論，一切錯誤的處理，不論是什麼時候、什麼情況下做出的，不論是哪一級組織、哪個領導人批準的，都要糾正過來。
以陳雲為首的中共中央紀律檢查委員會會同中共中央組織部，做了大量的平反工作。
在1979年2月，陳雲就著手對“文革”中最大的冤案——劉少奇案件——進行複查。
陳雲說：“劉少奇是人不是鬼，康生是鬼不是人！”陳雲的這句話，曾經在中共高層廣為流傳。
一年之後——1980年2月——召開的中共十一屆五中全會，審議並通過了為劉少奇平反昭雪的決議。這樣，使這“‘文革’第一冤案”終於得以平反。
陳雲在1978年中共中央工作會議上所提到的薄一波等“六十一人叛徒集團”冤案、陶鑄冤案、彭德懷冤案，中共中央也逐一予以平反。
此外，在中共中央紀律檢查委員會的推動之下，中共中央還為彭真、陸定一、張聞天、譚震林、羅瑞卿、蕭華、黃克誠、鄧子恢、賀龍等平反，為“中宣部閻王殿”、“總政閻王殿”、“譚政反黨宗派集團”、“楊（成武）、餘（立金）、傅（崇碧）事件”、《科研十四條》、“廣州會議”、“華北山頭主義”、“習仲勳反黨集團”、“紅旗黨”等一係列冤假錯案平反。
“文革”中震撼全國的“天安門事件”，也得以平反。
陳雲所提出的關於康生的問題，經過審查，中共中央於1980年10月16日決定：
由於康生以及謝富治政治品質惡劣，在“文革”中直接參與林彪、江青兩個反革命集團的陰謀活動，犯下嚴重罪行，證據確鑿，決定開除他們的黨籍，撤銷對他們的悼詞，並把他們的反革命罪行向全黨公布。
陳雲為平反潘漢年冤案，做了極其認真、細致的工作。
陳雲跟潘漢年曾經三度共同工作：
一是1929年，陳雲與潘漢年在上海共同負責中央特科的工作；
二是1935年，陳雲與潘漢年奉中共中央之命，從長征途中前往上海，然後去蘇聯莫斯科；
三是上海解放之初，陳雲來上海解決“兩白一黑”問題，當時潘漢年是上海市副市長，跟陳雲有許多工作上的接觸。
應當說，陳雲對潘漢年有著相當的了解。然而潘漢年一案，不是在“文革”，而是在1955年經毛澤東同意定案的。按照華國鋒的“兩個凡是”，“凡是”毛澤東定的案子，是不允許翻案的。陳雲卻認為，即便是毛澤東所定的案子，如果是冤案，也一定要平反。
然而潘漢年的案情錯綜複雜，主要罪名是“內奸”。
第一，1936年在國共談判中“投降國民黨”。
第二，“投靠日本特務機關”。
第三，“掩護大批特務、反革命分子”。
第四，“供給敵人情報，導致二六轟炸”。