佐渡本間家自從歸順以來格外恭順，羽茂城城主本間高信，雜太城城主本間泰高、太田城城主本間秀氏、久知城城主本間與十郎，等本間一族每人輪換一季長駐春日山城，作出一副十分恭順的態度。
事實上他們不恭順也不行，佐渡港掌握在吉良水軍的手裏，九鬼重隆一年的時間起碼有五個月駐守佐渡港，在吉良家的大力建設下，佐渡港比以前擴大兩倍有餘，佐渡港町內的純木製結構也換成土木式結構，敷上三合土的草葺木屋比原來更結實暖和。
吉良水軍的主力常駐新的佐渡港，把佐渡的本間家及國人眾壓的喘不過起來，出海的重要港口被捏住，佐渡水軍主力被剿滅殘部被收編，本間家以及佐渡國人已經無力反抗，隻要吉良義時願意，完全可以把他們全部抹去。
生存的壓力迫使本間家全體臣服春日山城，接受長尾家的軍役和稅賦厘定，接受檢地和農業改革，整個佐渡兩萬石土地需要負擔一千五百軍役，其中五百名常備被安排在新潟町的下越國人常備軍團內接受訓練。
根據弘治二年吉良家常備法度的要求，整個越後的軍役帳將進行新一輪改革，常備軍團的提議也在半年前被醞釀出來，以軍役帳的三分之一為常備軍團，接受長期專業化訓練，常備足輕並非世襲，而是以兩年為標準在軍役帳內進行輪換，在負擔常備軍役期間食宿由各家領主大名統一支付，具體費用在每一年的財政預算中單獨列出。
這個常備軍團的主要含義在於快速機動的職業軍團，確保在任何情況下都能有常備足輕隨時調用，各常備軍團的大將由長尾家譜代眾擔任，備隊大將根據軍役及國人眾分部情況統一確定，這個軍役體係完整的囊括整個越後各個階層，職業化常備軍團，職業化足輕，半職業化同心眾，預備役少年各梯次都有足夠的兵源，其主要戰力還是前兩者，後兩者暫時作用不大。
九鬼重隆的小兒子元服名為九鬼隆持，年紀雖小但廝混水上的行伍時間卻接近十年，甫一元服就擔任水軍組頭，作為吉良水軍的代表負責監督在建十艘的安宅船，以及八十艘關船的建造進度，很顯然他父親不單單想讓他做一個水軍大將。
佐渡島的金山開采對佐渡國人來說意義不大，金山開采的多寡與沒有他們一分錢關係，相比之下農業改革更讓人興奮，佐渡島受到北部日本海的海洋性氣候影響，農業發展一直缺乏建樹，諾大的一個島石高隻有兩萬石。
但佐渡島上實際耕地麵積卻有七千町步，初步探查實際可耕作的農田有一萬一千町步，其中沒有包括高山，森林以及沙灘，以及城池等不可耕作的土地，如佐渡海港附近的一千五百町步土地，半數以上是沙化嚴重的的極下田，通常這種土地耕作意義和價值太低是不作為耕地計算和使用的。
另外不到半數的土地裏仍有一半是沙土下田，一小半多才是中田，上田一共也才一百多町步，所以實際上給吉良家的土地有一大半不算耕地，隻有大約七百町步是真正意義的耕地，不過吉良家需要的是佐渡港以及重建港町，附近的這些耕地都屬於附送性質的到也無所謂。
那麼一萬一千町步是什麼概念呢？整個越後如今的耕地麵積還不到十萬町步，雖然這與越後農業開發有極大，但初步估計整個越後的耕地麵積大約有二十五萬町步，其中新潟地方就有十萬多町步的耕地，其耕作潛力是巨大的。
佐渡島上的耕地麵積相對狹小的島嶼來說是非常多的，七千町步就是七萬反耕地，在幾年前的越後怎麼也能產出七、八萬石糧食，但在佐渡島才隻有兩萬石糧食，這其中雖然有海洋氣候的因素影響農時，但更主要的原因還是佐渡不會耕作，甚至根本不怎麼耕作。
佐渡作為罪囚流放之地，曆來就不被人重視，鐮倉時代派駐地頭也是粗放式管理，到如今千年的時光，佐渡島還是停留在刀耕火種的水準上，有些國人撒上稻種就不管不顧了，到秋天有多少就收多少，一反土地秋收才能收到四五鬥糧食也是常有的事，有些憊懶的領主自家野草比稻子長的還旺盛，也不知道他們種的什麼田耕的什麼地。
吉良家的農業改革進入佐渡後做的很徹底，撤並新村，拆除支城，一個小小的佐渡島上密密麻麻的城砦有六七十個，能稱得上城堡的也就四座，其他大一些的算是土樓山寨的標準，更小的連強盜野伏的山寨都不如，一把火就能把小木寨給燒掉的水平。
這種破爛東西要他有何用？全部拆除成為必然之舉，整個佐渡島隻留下四座城堡，久知城因為太小最終也被拆毀，本間與十郎用部分領地換來河原田城，本間家的所有國人全部遷入新村內設置居館。