（2）《進貨退出及索取折讓證明》的核銷
主要是對開具進貨退出及折讓證明的納稅人提交紅字發票聯進行錄入銷號等情況的管理。其目的在於監控納稅人是否按期將取得紅字發票入賬並銷號，為納稅評估、發票稽核、稅務稽查等環節提供有關信息。
2.代開增值稅專用發票管理
主要是對已辦理稅務登記證的增值稅小規模納稅人代開增值稅專用發票情況進行管理。其目的在於監控納稅人是否按期將代開增值稅專用發票取得的應稅收入申報納稅。
3.代開普通發票等的管理
主要是對未辦理稅務登記證的臨時經營納稅人代開普通發票情況進行管理。其目的在於監控納稅人是否按規定代開普通發票取得的應稅收入申報納稅。
第四、發票稽核管理
發票稽核管理包括發票協查函管理、增值稅專用發票稽核管理等。
1.發票協查函管理
2.增值稅專用發票稽核管理
增值稅專用發票稽核管理的主要內容包括數據采集、數據處理等。
（1）數據采集
主要是申報環節通過對納稅人報送的稅控IC卡、軟盤進行錄入、抄稅、及進項錄入、抄稅及進項發票認證手段，采集納稅人增值稅專用發票存根聯和抵扣聯數據及失控、作廢發票數據，為發票稽核、納稅評估、稅務稽查提供數據源。其目的是為數據比對，監控納稅人是否按期納稅、認證提供信息。
（2）數據處理
第五、發票繳銷、核銷管理
發票繳銷、核銷管理包括發票繳銷管理、發票核銷管理。具體來看:
1.發票繳銷管理
主要是對納稅人持有次票、換版、黴變、水浸、火燒、鼠咬、存根聯保管期滿、取消增值稅一般納稅人資格、注銷稅務登記證等情況進行處理，需繳銷發票的，報批後予以繳銷。其目的是監控納稅人發票使用、保管情況。
2.發票核銷管理
主要是對各級稅務部門持有次票、換版、黴變、水浸、火燒、鼠咬、納稅人交回發票存根聯保管期滿等情況進行處理，按規定報批後予以核銷。其目的是監控各級稅務部門發票使用、保管情況。
第六、丟失、被盜、流失發票管理
主要是對納稅人發生丟失、被盜、流失發票或稅務機關發生丟失、被盜、發票的，經報批後予以核準情況進行處理。同時對已采集的丟失、被盜、流失增值稅專用發票數據，導入“全國失控、作廢發票追加庫”。其目的是監控丟失、被盜、流失發票流向，為發票稽核、稅務稽查環節提供監控信息。
第七、發票擔保管理
發票擔保管理包括發票擔保人管理、發票保證金管理等。
外埠納稅人外出經營，在報驗登記後，需使用經營地發票，稅務機關對其提供的發票擔保人予以確認或收取發票保證金。納稅人經營結束，並按期繳銷發票且用票無問題的，稅務機關解除擔保或退還發票保證金。納稅人未按期繳銷發票或未按規定使用發票的，稅務機關按有關規定進行處理。其目的是監控用票人是否按規定取得發票，稅務部門是否按規定進行發票擔保管理及對用票人發生的違章行為是否及時做出違章處理。
第八、增值稅專用發票防偽稅控係統管理
主要是對已取得增值稅一般納稅人資格的納稅人，申請和取消使用增值稅專用發票防偽稅控係統進行的管理。其目的是監控增值稅一般納稅人使用和取消防偽稅控係統情況，確認納稅人是否具有使用電腦版增值稅專用發票的資格和為增值稅專用發票存根聯采集率提供依據。