在崇禎朝，錦衣衛和東廠都直接對皇帝負責。但吳孟明認為曹化淳畢竟是皇上的家奴，所以對曹處處表示尊敬。遇到有油水的大案子，他受賄多了，也不惜分給東廠太監。另外，東廠的把柄很多，瞞不住吳孟明，所以曹化淳也怕得罪了他。現在聽吳孟明談了情況以後，曹化淳答應親自進宮去探一探，如果皇上對吳不滿，他就設法相救。
吳孟明的密奏打中了崇禎的忌諱。崇禎一心要讓後世稱他為聖君，為英明之主，像這樣命錦衣衛暗中害死兩個儒臣，載之史冊，確實不算光彩。可是昨天黃道周廷爭的倔強勁兒，實在使他痛恨，而葉廷秀竟敢替他說話，也不可饒。他正在沉吟，曹化淳進宮來了。崇禎問他：
“曹伴伴，你同吳孟明常來往麼？”
“隻有公事來往，並無私人來往。”
“朕想問你，吳孟明這個人辦事如何？”
“俗話說，知子莫若父，知臣莫若君。陛下天縱英明，燭照幽隱，自然對吳孟明十分清楚。據奴婢看來，吳孟明倒是個小心謹慎、肯替陛下做事的人。”
“你知道吳孟明受賄麼？”
曹化淳心中吃驚，說道：“曆朝錦衣衛使，不受賄的極少。自陛下登極以來，曆任錦衣衛使尚不敢幹犯法紀。奴婢也曾密飭偵事人暗中訪查，尚未聽到吳孟明貪賄情節。既然皇爺問起，奴婢再多方密查就是。”
崇禎沒有做聲。曹化淳也不敢多說一個字。他一走，崇禎就派親信太監去把密旨要回，由他親自燒毀。
他決定把黃道周和葉廷秀的案子暫且撂下，讓他們在鎮撫司獄中吃苦，不殺也不放。想著近來自己肝火很旺，上朝時容易暴怒，有時對臣工拍案喝責，還有些事處置時不暇三思，事過不免後悔，所有這些傳到後世都會是“聖德之玷”，他就把王德化叫到麵前，說道：
“你派人到翰林院去，把近兩年的《起居注》取進宮來，替朕好生看看。倘有記得不實之處，務必仔細改正，以存信史。”
王德化完全懂得他的意思，奏道：“皇爺是堯舜之君，敬天法祖，勤政愛民，可為萬世人君楷模。倘史臣有記載不實之處，奴婢自當謹遵欽命，細心改正。”
崇禎又想了想，說：“你替我傳諭史官們，國家大政，有內閣紅本及詔諭在，日後修實錄可為依據。從今日起，這《起居注》不用記了。”
王德化走後不久，劉宗周的奏疏就送到了崇禎麵前。他拿起奏本，在心中說：
“哼，這個本到如今才送進宮來！我倒要看看你怎樣回話！”
崇禎沒有料到，劉宗周在疏中不但不引罪自責，反而批評了朝廷的許多弊政，甚至直接批評了君父。他批評皇上經常用詔獄對待臣民，失去了“好生之德”。在政事上不顧大體，苛求瑣屑末節，使政體挫傷。對地方官吏不問別的，隻看完不成錢糧的就予以治罪，於是做官的越發貪汙，為吏的越發橫暴，逃避田賦的情況越發嚴重。對百姓“敲撲”繁多，使民生越發凋敝。用嚴刑峻法和沉重聚斂苦害百姓，所以盜賊一天比一天多。在軍事上，他批評皇上派太監監視軍務，使封疆之臣沒法負起職責。總督和巡撫無權，而武將一天比一天怯懦。朝廷勒限平賊，而軍中每日殺良冒功，老百姓越發遭受屠戮。他最後懇求說：
速旌死事督臣盧象升而戮誤國奸臣楊嗣昌以振紀綱。釋直臣黃道周以開言路。逮一貫殺良冒功之跋扈悍將左良玉以慰中原之民心。停練餉之征，下罪己之詔，以示皇上維新之誠。斷和議之念以示有敵無我。防關以備反攻。防通、津、臨、德以備虜騎南下。
崇禎看完奏疏，不覺罵了一句：“該死！”這一段奏疏中最刺痛他的話是要求他“下罪己之詔”。他想，國勢如此，都是文武諸臣誤國，他有什麼不是？難道十三年來他不是辛辛苦苦地經營天下，總想勵精圖治，而大小臣工辜負了他的期望？另一刺傷他的話是關於同滿洲議和的問題。劉宗周像黃道周一樣竟然使用“和議”二字，這是有意刺他，而且不但替已死的盧象升說話，還想阻撓今後再同滿洲進行“議撫”，反對他的謀國大計。盛怒之下，他提起朱筆，在劉的奏疏後邊批道：
劉宗周回話不惟無絲毫悔罪之意，且對朝廷狂肆抨擊，對黃道周稱為直臣，為之申救。如此偏黨，豈堪憲職？著將劉宗周先行革職，交刑部從重議罪！
閣臣們和刑部尚書、侍郎等進宮去替劉宗周懇求從寬處分，情辭懇切。隨後輔臣們也一起進宮求情，反複勸諫。崇禎的氣慢慢消了，隻將他“從輕”處分。
經大臣們盡力營救，次日早飯過後，劉宗周接到了削籍的“聖旨”。大臣削籍，本來可以一走了事，用不著去午門前叩辭皇帝，稱做“辭闕”。但是劉宗周盡管對朝政十分失望，對皇帝卻懷著無限忠心。他想著以後很難再回朝廷，擔心生前會遭逢“黍離之悲”，於是就換上青衣小帽，到午門前邊謝恩。他畢恭畢敬地跪在濕地上，向北五拜三叩頭，兩行熱淚奪眶而出。
朝中的同僚、屬吏、門生和故舊，紛紛趕到公館看他，還要為他餞行。他一概不見，避免任何招搖。在他去午門謝恩時，已經吩咐家人雇了一輛轎車在公館後門等候。這時他同夫人暗暗地走出後門，上了車，出朝陽門趕往通州上船。
運河上黃水暴漲，濁浪滔滔。幸喜新雨之後，炎熱頓消，清風徐來。他穿一件半舊的湖縐圓領藍色長袍，戴一頂玄色紗巾，像一般寒士打扮，坐在一隻小船上，悠然看著兩岸景色，對夫人說：“我常想回蕺山書院，今日蒙恩削籍，方得如願！”紹興北鄉蕺山一帶秀麗的山光水色，那些古老的寺院和王羲之的遺跡，從前師徒們讀書論道的生活，曆曆浮現眼前。過了一刻，他想起來黃道周和葉廷秀尚在獄中，又想著自己一片忠心報主，竟然削籍而歸，憂國憂民的心願付之東流，不禁心中刺疼。在離開午門時，他曾經於感懷萬端中想了幾句詩，現在他就磨墨展紙，提筆足成七律一首：
望闕辭君淚滿祛，
孤臣九死罪何如！
常思報主憂懷切，
深愧匡時計慮疏。
白發蕭蕭清禁外，
丹心耿耿夢魂餘。
蕺山去國三千裏，
秋雨寒窗理舊書。
他把這首詩琅琅地讀了兩遍，加上一個《謝恩口占》的題目，交給夫人去看。他心中明白：各地民變絕無辦法撲滅，楊嗣昌必將失敗，以後局麵更難收拾，他回家鄉後未必能過著書講學的安靜生活，說不定會做亡國之臣。他也明白：倘若不幸國破君亡，他素為“綱常名教”表率，到時候隻能為國盡節。於是他手扶竹杖，獨立船頭，向著昌平十二陵一帶的山色凝望。
崇禎常常疑心臣下結黨。當劉宗周走的這天，東廠和錦衣衛的偵事番子布滿在劉宅附近以及運河碼頭上。劉宗周從通州開船之後，曹化淳和吳孟明分別將他出京的情況麵奏崇禎。崇禎這才放了心。他向吳孟明問：
“薛國觀離京了麼？”
吳孟明回奏：“薛國觀今天早晨離京，回他的韓城原籍，攜帶行李很多。他係因貪賄罪削職回籍，所以朝中同僚無人敢去送行，隻有內閣中書王陛彥前去他的住宅，在後門口被守候的錦衣旗校抓到，下到鎮撫司獄中。”
崇禎說：“要將這個王陛彥嚴刑拷問，叫他供出薛國觀的納賄實情。凡平日與薛國觀來往較多的朝臣，都須暗中偵明他們是不是也通賄了。”
吳孟明退出後，他重新考慮著軍餉問題，繞著乾清宮的柱子不停走動，自言自語地說：
“軍餉，還得用借助辦法。李國瑞的家產已經抄沒了，下一次叫哪一家皇親開頭呢？”