崇禎大喝道：“給我拿了！如此狂悖，拿下去著實打！”
登時上來幾個錦衣力士將黃道周從地上拖起來，推了出去。崇禎拍著禦案咆哮：
“著實打！著實打！”
滿朝文武都震驚失色，戰栗不止，連平日與黃道周毫無來往的人們也害怕他今天會死於廷杖之下。黃道周被拖出午門，摘掉朝冠，扒掉朝服，推倒在地。他想著自己死於廷杖之下不足惜，可惜的是大明的國運不可挽回了。於是他掙紮著抬起頭來，向午門望一眼，沒有說別的話，隻是喘著氣呼喊兩聲：
“天乎！天乎！”
從文班中慌忙走出一人，年約四十多歲，中等身材，身穿六品文官的鷺鷥補服，到禦案前一丈多遠的地方跪下，叩個頭，呼吸急促地說：
“乞皇上姑念黃道周的學問、操守為海內所欽，今日在皇上麵前犯顏直諫，純出於忠君愛國赤誠，寬饒了他。倘若黃道周死於杖下，反而成就了他的敢諫之名，垂之史冊，亦將為陛下聖德之累。”
崇禎認得他是戶部主事葉廷秀，厲聲說：“黃道周對君父狂悖無禮，殺之不足蔽其辜。你竟敢替他求情，定是他的一黨！”
葉廷秀叩頭說：“臣與黃道周素不相識。”
“胡說！既敢為他求情，必是一黨。拿下去著實打！”
不容分辯，葉廷秀登時被錦衣拿了，拖往午門外邊。葉廷秀因在戶部做官，對於農村崩潰情形知道較深，平日較一般朝臣頭腦清醒。本來他想趁機向皇上陳述他對國事的看法，竟然連一點意見也沒有來得及說出口來。
左都禦史劉宗周由於職掌都察院，對朝廷弊政知道得較多且深，又因不久前從故鄉紹興來京複職，沿途見聞真切，常懷著危亡之感。現在文武百官都嚇得不敢做聲，他一則不願坐視大明江山不保，二則想著自己是左都禦史，不應該緘口不言，於是邁著老年人的蹣跚步子走出班來，跪下叩頭。他還沒有來得及張嘴說話，崇禎憤憤地問：
“你是想替他們求情麼？”
劉宗周說：“葉廷秀雖然無罪，但因為他是臣的門生，臣不敢替他求情。臣要救的是黃道周。道周於學問無所不通，且極清貧，操守極嚴，實為後學師表。臣知陛下對道周並無積恨在心，隻是因他過於憨直，惹陛下震怒，交付廷杖。一旦聖意回轉而道周已死於廷杖之下，悔之何及！”
“黃道周狂悖欺君，理應論死！”
“按國法，大臣論死不外三種罪：一是謀逆，二是失封疆，三是貪酷。道周無此三罪。此外，皇上平日所深惡痛絕者是臣工結黨，而道周無黨。道周今日犯顏直諫，是出自一片是非之心，絲毫無結黨之事。”
“今日不打黃道周，無法整肅朝綱。你不必多說，下去！”
“臣今年已六十三歲，在世之日無多……”
“下去！”
“願陛下……”
“下去！”
“願陛下為堯舜之主，不願陛下有殺賢之名。陛下即位以來，旰食宵衣，為國憂勤，至今已十三年了。然天下事愈來愈壞，幾至不可收拾，原因何在？臣以為陛下求治太急，用法太嚴，頒布詔令太繁，進退天下士太輕。大臣畏罪飾非，不肯盡職；一二敢言之臣，輒蒙重譴；故朝廷之上，正氣不伸，皇上孤立。”
“胡說！朕何嚐孤立？從萬曆以來，士大夫喜好結黨，互相傾軋，已成風氣。朕對此深惡痛絕，不稍寬容。這正是要伸正氣，正士風。汝素有清直之名，豈能不知？顯係與黃道周一鼻孔出氣！……下去！”
“臣今日不將話說出來，死也不退。”
“你還要嘮叨些什麼？”
“臣以為黃道周適才所奏，雖過於憨直，然實為救國良藥。古人雲，良藥苦口利於病，忠言逆耳利於行。陛下若想收已失之人心，必須以堯舜之心行堯舜之政。若仍嚴刑峻法，使直言者常獲重譴；日日講聚斂，使百姓生機愈困，則天下事不堪問矣！”停了停，咽下去一股熱淚，他抬起頭繼續說，“陛下痛憤時艱，銳意求治，而二帝三王之道未暇講求。”
“非是朕不講求，而是諸臣負朕。”崇禎忽然轉向內侍問，“黃道周打了沒有？”
王德化跪下回奏：“現在就要行刑。”
“快打！不要姑息！”崇禎回頭來望著劉宗周，氣呼呼地說，“你們這班有名望的儒臣，隻會把錯誤歸給朝廷，博取高名。今日朕不責你，你也莫再囉嗦。下去！”
“臣話未說完，死不起去。”
“那你就跪著等候。”
雷聲在紫禁城的上空隆隆響著。
作為崇禎的心腹和耳目，曹化淳坐在午門前的西墀上，監視行刑。吳孟明坐在他的右邊，指揮行刑。在西墀下邊站著一百名錦衣旗校，穿著有很多褶兒的猩紅衣服，手執朱紅大棍。黃道周被臉朝下按在地上。他的手和腳都被綁牢。有四個人用繩子從四麵牽拽，使他的身子不能轉動。當崇禎在金台上說出來“快打，不要姑息”的話以後，立刻就由隨侍太監將這句話傳出午門。吳孟明知道劉宗周求情不準，便對眾旗校厲聲吩咐：
“擱棍！”
“擱棍！”站在下邊的一百名旗校同聲呼喊，聲震午門。
喊聲剛住，一個大漢從錦衣旗校隊中走出，將一根紅漆大棍擱在黃道周的大腿上。吳孟明喝一聲“打！”下邊一百名旗校齊聲喝“打！”開始打起來。打了三下，吳孟明為著怕曹化淳在皇上麵前說他壞話，大聲喝：“著實打！”一百名旗校齊聲喝：“著實打！”每打五下換一個行刑的人，仍像從前一樣地吆喝一次“著實打”。吳孟明深知黃道周是當代大儒，不忍心使黃道周立刻死於杖下，所以總不喝出“用心打”三個字。如果他喝出這三個字，行刑的旗校隻須幾棍子就會結果道周的性命。曹化淳明白吳孟明的意思，他自己同黃道周也素無積怨，並不說話。
黃道周的臉碰在地上，鼻子和嘴唇碰破，斑白的胡須上染著鮮血。他有時呼喊“蒼天！蒼天！”有時呼喊“太祖高皇帝”或“二祖列宗”，卻沒有一句哀憐求饒的話。他的叫聲逐漸衰弱。被打到四十棍以後，便不省人事，隻仿佛聽見遠遠的什麼地方有微弱的吆喝聲。又過片刻，他的感覺全失了。
錦衣旗校用涼水將黃道周噴醒，因皇帝尚無恩旨赦免，隻好再打。打到六十棍時，監刑太監曹化淳吩咐停刑，走到皇帝麵前請旨，意思是想為黃道周留下來一條性命。崇禎的怒火絲毫未消。他隻向曹化淳瞟了一眼，冷冷地說：
“再打二十！”
廷杖又開始了。吳孟明有意關照，所以這後來的二十棍打得較輕。打過之後，黃道周的呼吸隻剩下一股遊絲般的幽幽氣兒。人們按照廷杖老例，將他抬起來向地上摔了三次，然後往旁邊一扔。雖然吳孟明使眼色叫大家輕輕摔，但是摔過之後，他第三次死了過去。
葉廷秀被打了一百棍子。虧他正在壯年，身體結實，隻死去一次。等曹化淳報告兩個罪臣都已經打畢，崇禎隻輕輕說了兩個字：“下獄！”然後把憤怒的眼睛轉向劉宗周。這個老臣在地上跪有半個多時辰了。
“你還有什麼話說？”崇禎用威脅的口氣問。
劉宗周抬起頭來說：“今日對二臣行刑，天暗雲愁，雷聲不歇，豈非天有鬱結之氣不能泄耶？黃道周學養淵深，並世無二；立身行事，不愧古人；今以垂老之年蒙此重責，故天地為之愁慘。臣不為道周惜，而為陛下惜，為國法惜，也為天下萬世惜！”說到這裏，他覺得鼻子很酸，喉嚨變塞，幾乎哽咽起來，隻好略停片刻，然後接著說，“昔魏征麵斥唐太宗，太宗恨之，曾想殺之而終不肯殺，反且寵之，重之。漢武帝惡汲黯直諫，將汲黯貶出長安，實則予以優容。陛下既然想效法堯舜，奈何行事反在漢、唐二主之下？這是老臣所惶惑不解的……”
崇禎不等他說完就大聲喝道：“盡是胡說！聽說汝平日講學以誠敬為主。對君父如此肆意指責，誠敬何在？”
“臣在朝事君之日不多，平日歲月大半在讀書講學，也確實以誠敬為主。臣向來不以麵從為忠，故今日不避斧鉞，直言苦諫。在君父麵前當言不言，既是不誠，亦是不敬。臣今生餘日無多，願趁此為陛下痛陳時弊……”
崇禎將禦案一拍，喝道：“不準多說！爾與黃道周同惡共濟，膽敢當麵責備君父，實在可惡之極！著即革職，交刑部從重議罪。給我拉下去！”
劉宗周被拖出午門以後，崇禎在心中悻悻地說：“唉，沒想到朝綱與士風竟然如此敗壞！大臣目無君父，不加嚴處，如何了得！”他向內臣們瞟一眼，無力地低聲吩咐：
“宣諸臣近前來，聽朕麵諭。”
文武百官聽了宣召，無聲地走到欄杆前邊。崇禎向大家低垂著的臉孔上看了看，沒有馬上說話。剛才他眼睛裏憤怒得好像要冒出火來，現在多了些痛苦和憂鬱。他心中明白，盡管如今恭立在他麵前的文武百官大部分嚇得臉色灰白，連大氣兒也不敢出，但是自己的雷霆之威並沒有懾服黃道周等三個人，也沒有使百官誠心畏服。他從大家的神色上感覺到自己是孤立的。
他喝了一口茶，以比較平和的口氣戒諭百官不要受黃道周和劉宗周二人劫持，同他們一樣目無君父，誹謗朝廷，阻撓加征練餉，致幹重譴。最後，他問道：
“你們諸臣還有什麼話說？”
幾位閣臣趁機會跪下去為劉宗周求情，說他多年住在紹興蕺山講學，隻是書生氣重，與黃道周原非一黨，請皇上對他寬宥。崇禎說：
“自從萬曆以來，士大夫多有利用講學以樹立黨羽與朝廷對抗，形成風氣，殊為可恨。這劉宗周多年在蕺山講學，是否也有結黨情形？”
一位閣臣奏道：“劉宗周雖在蕺山講學多年，天下學者尊為蕺山先生，尚未聞有結黨情形。”
崇禎想了想，說：“念他老耄昏聵，姑從諸先生之請，暫緩議罪。他身居都憲，對君父如此無禮，頓忘平生所學。著他好生回話。如仍不知罪，定要加重議處，決不寬容！”
他還要對葉廷秀的事說幾句話，但是剛剛開口，一陣狂風夾著稀疏的大雨點和冰雹，突然來到。五鳳樓上，雷電交加。一個炸雷將皇極門的鴟吻擊落，震得門窗亂動。那個叫做金台的禦座猛烈一晃，同時狂風將擎在禦座上的黃羅傘向後吹倒。崇禎臉色一變，趕快站起，在太監們的簇擁中乘輦跑回乾清宮。群臣亂了班次，慌張地奔出午門。那威嚴肅穆的儀仗隊也在風、雨、冰雹、雷電中一哄跑散。
回到乾清宮以後，崇禎對於剛才雷震皇極門，動搖禦座，以及狂風吹倒黃羅傘這些偶然現象，都看做大不吉利。他的心情十分灰暗，沉重，隻好去奉先殿向祖宗的神靈祈禱。