香港特別行政區仍設立廉政公署這一機構，堅持懲處行政長官和公務員中的貪汙賄賂行為。《基本法》第57條規定：“香港特別行政區設立廉政公署，獨立工作，對行政長官負責。”由於香港原有法律和條例除與《基本法》相抵觸者外予以保留，因此香港原有關於防止賄賂的條例仍然可以用於對觸犯條例的公務員的檢控及治罪。《基本法》第73條規定了立法機關對行政長官的彈劾程序。
香港特別行政區的司法機關與內地司法機關互不隸屬，但卻要互相合作。《基本法》第95條規定：“香港特別行政區可與全國其他地區的司法機關通過協商依法進行司法方麵的聯係和相互提供協助。”另外，《基本法》第96條還規定：“在中央人民政府協助或授權下，香港特別行政區政府可與外國就司法互助關係作出適當安排。”
香港特別行政區的區域組織是依《基本法》設立的非政權性質的組織。區域組織是指市政局、區域市政局、區議會等地區組織。《基本法》第97條規定：“香港特別行政區可設立非政權性的區域組織，接受香港特別行政區政府就有關地區管理和其他事務的谘詢，或負責提供文化、康樂、環境衛生等服務。”《基本法》第98條又規定：“區域組織的職權和組成方法由法律規定。”
（3）香港特別行政區公務人員的組成。
關於香港特別行政區政府公務人員的任職資格，《基本法》第99條作了明確規定：“在香港特別行政區政府各部門任職的公務人員必須是香港特別行政區永久性居民。本法第101條對外籍公務人員另有規定者或法律規定某一職級以下者不在此限。公務人員必須盡忠職守，對香港特別行政區政府負責。”《基本法》第101條規定更加詳細：“香港特別行政區政府可任用原香港公務人員中的或持有香港特別行政區永久性居民身分證的英籍和其他外籍人士擔任政府部門的各級公務人員，但下列各職級的官員必須由在外國無居留權的香港特別行政區永久性居民中的中國公民擔任：各司司長、副司長，各局局長，廉政專員，審計署署長，警務處處長，入境事務處處長，海關關長。”
對於香港原有的公務人員采取了基本留用的政策。《基本法》第100條規定：“香港特別行政區成立前在香港政府各部門，包括警察部門任職的公務人員均可留用，其年資予以保留，薪金、津貼、福利待遇和服務條件不低於原來的標準。”對於香港原有的關於公務人員的招聘、雇用、考核、紀律、培訓和管理的製度及其服務辦事機構，也由《基本法》規定予以保留。根據公務人員的上述任職資格和有關製度，非香港特別行政區永久性居民，如內地人，是不能擔任香港公務人員的。香港特別行政區永久性居民中的外籍人，也不能擔任司、局長等高級公務員，隻有在香港通常居住連續滿15年並在外國無居留權的永久性居民中的中國公民才能擔任。
對於港英政府一般公務員，無須具備什麼條件，均可擔任特別行政區政府的公務人員，直接由港英政府公務員過渡為特別行政區公務員。但是，司、局長等職務必須有特定條件。
對香港特別行政區公務人員的任職，《基本法》規定了體現中國主權和中國公民尊嚴的新要求。《基本法》第104條規定：“香港特別行政區行政長官、主要官員、行政會議成員、立法會議員、各級法院法官和其他司法人員在就職時必須依法宣誓擁護中華人民共和國香港特別行政區基本法，效忠中華人民共和國香港特別行政區。”
香港地區的全國人大代表不能自動成為香港特別行政區公務人員。人大代表隻有在以普通身分受政府聘任後才能成為公務人員。
香港特別行政區成立前後退休或符合規定離職的公務人員，香港特別行政區政府都依法支付他們及其家屬退休金、酬金、津貼和福利費，並且不低於原來的標準。