立法會行使的職權，《基本法》將其規定為10項：1）根據《基本法》規定並依照法定程序製定、修改和廢除法律；2）根據政府的提案，審核、通過財政預算；3）批準稅收和公共開支；4）聽取行政長官的施政報告並進行辯論；5）對政府的工作提出質詢；6）就任何有關公共利益問題進行辯論；7）同意終審法院法官和高等法院首席法官的任免；8）接受香港居民申訴並作出處理；9）如立法會全體議員的1/4聯合動議，指控行政長官有嚴重違法或瀆職行為而不辭職，經立法會通過進行調查，立法會可委托終審法院首席法官負責組成獨立的調查委員會，並擔任主席。調查委員會負責進行調查，並向立法會提出報告。如該調查委員會認為有足夠證據構成上述指控，立法會以全體議員2/3多數通過，可提出彈劾案，報請中央人民政府決定；10）在行使上述各項職權時，如有需要，可傳召有關人士出席作證和提供證據。
香港特別行政區的立法會與港英立法局有本質的不同。港英立法局是依據《英皇製誥》和《皇室訓令》設立，隻是港督立法的谘詢機構；香港特別行政區立法會是依據《基本法》和全國人大有關決定產生，是名副其實的立法機關，可依法製定、修改及廢除法律。
香港特別行政區各級法院是該區的司法機關，行使審判權。香港特別行政區設立終審法院、高等法院、區域法院、裁判署法庭和其他專門法庭。高等法院設上訴法庭和原訴法庭。原在香港實行的司法體製，除因設立香港特別行政區終審法院而產生變化外，予以保留。香港特別行政區終審法院和高等法院的首席法官，應由在外國無居留權的香港特別行政區永久性居民中的中國公民擔任。終審法院的法官和高等法院首席法官的任命和免職，由行政長官征得立法會同意後執行，並報全國人民代表大會常務委員會備案。法官以外的其他司法人員原有的任免製度繼續保持。
根據《基本法》新設立的香港特別行政區終審法院，行使終審權。這是香港特別行政區與以往的香港司法體製不同的一個突出特征。在100多年的港英殖民統治下，香港自身從來沒有終審權，終審權在英國樞密院。1997年香港回歸祖國後，由香港特別行政區終審法院行使終審權，這既消除了殖民統治色彩的司法體製，又體現了在中國主權下的高度自治。
香港特別行政區的司法權極為廣泛。《基本法》規定，除了關於國家領土完整、涉及國防和外交，以及中央與特別行政區關係的案件之外，香港特別行政區都享有終審權。在香港特別行政區的法律訴訟案件，可由香港特別行政區終審法院作最終裁決。這體現了香港特別行政區享有高度自治、完整、獨立的司法權。
（2）香港特別行政區主要機構的相互關係。
香港特別行政區的政治體製的顯著特點是以行政機關為政府運作的主導，立法機構起監督製衡作用。行政主導的政製能使政府快速決策和實施，是香港成功的因素之一，也是繼續保持香港為世界經濟中心之一地位的條件。香港不是一個國家，而是一個國際經濟大都會，所以《基本法》規定了香港在1997年後仍體現行政主導的特點。
香港特別行政區的司法機關同行政、立法機構之間的關係，體現司法獨立的原則。《基本法》第85條規定：“香港特別行政區法院獨立進行審判，不受任何幹涉，司法人員履行審判職責的行為不受法律追究。”這說明香港特別行政區的司法機關獨立於行政、立法機構，進行獨立審判活動，不受任何個人和團體的幹涉，以達司法公正的目的。法律保護司法人員履行審判職責的活動。
香港特別行政區的行政機關對立法機關負責。這是政治學和法學的通則，行政權要向立法權負責。香港特別行政區也體現了這一點，這就改變了港英政府無真正立法權的那種狀況。《基本法》第64條規定：“香港特別行政區政府必須遵守法律，對香港特別行政區立法會負責：執行立法會通過並已生效的法律；定期向立法會作施政報告；答複立法會議員的質詢；征稅和公共開支須經立法會批準。”