《基本法》的主要內容之一就是中央政府與香港特別行政區的關係。
《基本法》第12條規定：“香港特別行政區是中華人民共和國的一個享有高度自治權的地方行政區域，直轄於中央人民政府。”《基本法》第1條規定：“香港特別行政區是中華人民共和國不可分離的部分。”這就是香港特別行政區同中央政府關係的法律基礎，也規定了香港特別行政區的法律地位。
香港特別行政區的這一法律地位有4個要點：一是香港特別行政區與祖國不可分離；二是香港特別行政區是我國的一個地方行政區域；三是香港特別行政區享有高度的自治權；四是香港特別行政區直轄於中央人民政府。
香港特別行政區法律地位所確定的與中央政府的關係，體現在以下兩個方麵：
第一，中央人民政府對香港特別行政區的權力。
香港的高度自治的前提是國家的統一，離開了國家的統一，香港就談不上高度自治。因此，《基本法》規定了中央人民政府對香港特別行政區的權力。
（1）從立法角度看，《基本法》是由全國人民代表大會製定並通過的。其解釋權在全國人大常委會。
正如《基本法》規定的：“根據中華人民共和國憲法，全國人民代表大會特製定中華人民共和國香港特別行政區基本法，規定香港特別行政區實行的製度，以保障國家對香港的基本方針政策的實施。”《基本法》第17條規定：“全國人民代表大會常務委員會在征詢其所屬的香港特別行政區基本法委員會後，如認為香港特別行政區立法機關製定的任何法律不符合本法關於中央管理的事務及中央和香港特別行政區的關係的條款，可將有關法律發回，但不作修改。經全國人民代表大會常務委員會發回的法律立即失效。”可見，《基本法》體現了最高立法權屬於全國人民代表大會這一原則。
另外，全國人大常委會還有權決定在香港實施的全國性法律的增減。《基本法》第18條規定：“全國人民代表大會常務委員會在征詢其所屬的香港特別行政區基本法委員會和香港特別行政區政府的意見後，可對列於本法附件三的法律作出增減……”“全國人民代表大會常務委員會決定宣布戰爭狀態或因香港特別行政區內發生香港特別行政區政府不能控製的危及國家統一或安全的動亂而決定香港特別行政區進入緊急狀態，中央人民政府可發布命令將有關全國性法律在香港特別行政區內實施。”
還有，《基本法》的解釋權在全國人民代表大會常務委員會。《基本法》第158條規定：“本法的解釋權屬於全國人民代表大會常務委員會。”“如香港特別行政區法院在審理案件時需要對本法關於中央人民政府管理的事務或中央和香港特別行政區關係的條款進行解釋，而該條款的解釋又影響到案件的判決，在對該案件作出不可上訴的終局判決前，應由香港特別行政區終審法院請全國人民代表大會常務委員會對有關條款作出解釋。如全國人民代表大會常務委員會作出解釋，香港特別行政區法院在引用該條款時，應以全國人民代表大會常務委員會的解釋為準。”這體現了解釋權與立法權的一致，體現了全國人大對香港立法權的領導權。
還有，《基本法》的修改權力也在全國人民代表大會。這也體現了最高立法主體對所屬行政區的權力。《基本法》第159條規定：“本法的修改權屬於全國人民代表大會。”“本法的任何修改，均不得同中華人民共和國對香港既定的基本方針政策相抵觸。”中央的基本方針政策，中央對《基本法》的修改權，規定了中央對香港的權力。
（2）從行政所屬關係的角度看，香港特別行政區直轄於中央人民政府。
香港特別行政區政府的行政長官，通過選舉或協商產生後，還要由中央人民政府加以任命。香港特別行政區政府的行政長官在向香港特別行政區負責的同時必須向中央人民政府負責。對行政長官的瀆職行為或違法行為的彈劾，也須報中央人民政府決定。
《基本法》第15條規定：“中央人民政府依照本法第四章的規定任命香港特別行政區行政長官和行政機關的主要官員。”《基本法》第43條規定：“香港特別行政區行政長官依照本法的規定對中央人民政府和香港特別行政區負責。”