港督雖然權力極大，但亦不能“朕即皇帝”。這主要受香港和英國之間的特殊關係的製約。就憲法上的限製而言，主要表現在以下三個方麵：其一，在外交國防方麵的限製。港督隻有處理香港內政的權力，外交與國防權力由宗主國操縱；其二，在人事方麵，政府部門首長、兩局非官守議員雖由港督提名，英政府仍持有否決權；其三，在政策上，《皇室訓令》規定了一些具體辦法限製港督在兩局中的特權。在香港，港督的權力除了憲法的限製外，還存在著事實上的限製，他需要順應傳統組織機構積澱在公務人員身上的固定的運行習慣，香港政府係統的公務員往往比較習慣於他們傳統的辦事方式，傳統政策的革新必須得到有關政府人員的積極合作。另外，港督在行使其權力時，還必須考慮到來自香港社會的各種可能性反應，其中尤其重要的是那些組織嚴密的利益團體的基本態度。如果港督失去他們的支持與合作，那麼其施政計劃就難以推行。
（3）行政局和立法局。
根據香港有關的基本法律文件規定，行政局是一個協助港督進行決策的參謀谘詢機構。它並不是一個名副其實的享有特定行政權力的行政組織實體。行政局，曆史上也叫“議事局”，其主要任務就是針對港府提出的有關治理香港事務的政策，與港督進行討論和審議，並在全麵協商與谘詢的基礎上，建議是否繼續進入立法的落實階段。行政局在香港政製中具有相當高的權力地位。港督盡管在行政局中擁有很多的法定權力，但在實際運用這些權力的過程中卻是以和議員們達成共識為基礎的。這一慣例就大大地加強了行政局議員們的谘詢意見對港督決策的影響。為了防止港督壟斷權力和濫用權力，香港憲法也賦予行政局一定權限。如港督要采取與行政局建議相反的措施，就必須向英王室報告並說明理由等。另外，香港憲法還規定，行政局的法定地位要高於立法局，立法局無權對行政局通過不信任案，更不能解散行政局。這些規定無疑都保證了行政局的法定地位。
行政局的組成是根據《英皇製誥》的要求建立的，其成員由三部分組成：當然官守議員，包括駐港英軍司令、布政司、律政司和財政司。官守議員，指在港府中擔任公務員的議員；非官守議員，指非政府雇員的議員。官守議員的議席與其公職是同步的，即官守議員若失去公職，議席也便告失，公職在，議席便在。非官守議員任期為5年，任滿退位，但也可連選連任多次，每次不超過5年。
行政局的運行規則是，基本上每星期開會一次，討論有關重要的香港政治、經濟、文化等方麵的事務，以便為港督進行決策提供具體的參考意見。
除了為港督提供谘詢意見以及製定政策的權限外，行政局還負責預審提交立法局的主體法例，負責製定各項條例的附屬法規、法例以及會同總督對市民提出的上訴、請願或反對進行裁決等事項。行政局作為香港政製架構的重要組成部分，在香港政治的運行過程中發揮著舉足輕重的作用。它會同港督構成了香港決策係統的核心。
立法局是香港政製中一個谘詢性的機構，協助港督進行具體立法。但是，香港的立法局不能和主權國家內製定法律的國會相提並論。它不具有最高立法權而且在憲法地位上低於行政局。因此，就行政係統與立法局的關係看，與其說立法局是對行政係統進行監督的機構，不如說立法局是在行政係統有效控製下，對行政政府進行有限度的監督和提醒的機構。在這種局勢下，立法局的工作主要起著賦予行政係統法律合法化的作用。具體來講，立法局的主要職責可概括為以下幾個方麵：首先，有限的立法權。立法局每年起碼要通過20—30項的法例使法律有比較實質的變更；同時，立法局還委托港督及行政機關立法，頒布一些一般性的法律原則。立法局在具體行使立法職權時，必須會同港督一起進行。立法局每星期舉行一次全體會議，立法事宜就在這些會議上完成。其次，立法局還兼有財政控製權，即控製政府的財政支出。這主要包括財政預算案的通過，以及立法局屬下的財務委員會對額外撥款要求的審批。第三，就是立法局的監督行政權。立法局對行政機關的監督權主要包括政府帳目委員會對政府收支報告的審核，非官守議員對政府責任範圍內香港各方麵問題進行提問和辯論的權力。但是，由於立法局的部分議員是由委任產生的，而委任權又是由英府和港督控製的，因此，立法局以民意機關身分發揮作用、履行職責就受到了限製。另外，立法局在香港政製中並不具有最高的權力地位，隻是一個谘詢性的立法機構，位居港督和行政局之下。
（4）司法部和廉政公署。
香港司法部是隻對法律負責的司法機構。它負責香港的司法事務，審訊一切檢控案件，判定市民之間、市民與政府之間的民事糾紛。其司法職責包括法例的釋義及判例原則的應用兩個方麵。法官的職責是：依照法例釋義的既定原則，確定法例的立法原意，並在有關情況下正確地引用習慣法或衡平法。
香港實行司法獨立製度，港督一般不幹預法院的司法權，司法人員在執行審判權力時，受到免受起訴的保護。司法人員在執行司法工作時，不受政府行政機關和立法機關的影響。政府行使管製權力時，必須遵守法律。政府如越權或濫用權力，任何人都可向法庭申訴。獨立的司法機關隻對法律負責，而非對港府負責。但另一方麵，港督作為英皇在港的權力代表和象征，可以運用權力對經法庭判罪的人實行赦免或減刑。司法部最高負責人為首席按察司，由英皇委任。香港法院可分為5個層級：最高法院上訴庭、最高法院原訴法庭、地方法院、裁判署（附設兒童法庭）、各種專責法庭和審判處（包括死因研究法庭、租務法庭、勞資審判處、土地審裁處和小額錢債審裁處）。香港法院的終審權掌握在英國樞密院司法委員手裏。