在十多年的農村教育綜合改革的實踐中，各地創造了各種各樣的經驗，出現了各種各樣的典型，綜合起來看農村教育綜合改革的主要做法有以下幾個方麵：
1.改革教育管理體製。1985年和1986年，在《中共中央關於教育體製改革的決定》和《義務教育法》中正式確立了“基礎教育實行地方負責，分級管理”的原則。之後又有其他一係列的規定對於城鄉各級人民政府在分級辦學、分工管理方麵的各種職責，企事業和社會力量辦學的管理等等，都作了較明確的闡述和規定。教育管理體製的改革，有力的調動了各級政府和企事業單位、廣大農民的辦學積極性，各級政府加強了對教育的領導。在這些文件精神的指導下，各地都有不同的做法，不少地方把教育納入了當地經濟和社會發展的總體規劃，為城鄉經濟和社會的發展培養了更多的有用人才，大大改善了辦學條件，促進了九年義務教育的實施。
2.轉變教育觀念，落實教育的戰略地位。轉變教育觀念，明確農村教育辦學方向是農村教育綜合改革工作的重點，因為它關係著我國農村教育的辦學方向的問題。轉變教育觀念包括兩個方麵的內容：一是要使各級政府重視教育，真正落實農村教育的戰略地位；二是要使社會各方麵明確如何辦好農村教育。
3.調整教育結構，促進各類教育協調發展。調整教育結構是指以九年義務教育為基礎，在大力加強基礎教育的同時，根據各地的實際需要，積極發展職業教育和成人教育，並對三類教育的規模進行調整，使他們能夠協調發展。這是我國整個教育改革工作中的重要任務，是進行農村教育綜合改革的突破口。
4.實行三教統籌，提高教育的整體效益。三教統籌指政府對基礎教育、職業教育和成人教育三類教育統籌管理，協調發展。三類教育各有其特點和作用，要根據其特點和當地的社會發展水平，使三類教育結構合理、協調發展；三類教育要在辦學條件、教學設施、師資等方麵因地製宜，互相溝通。在我國農村教育改革實踐中，各地實行三教統籌的形式又不完全相同。
5.農科教統籌結合，促進經濟發展。所謂農科教結合，是指農業和農村經濟的開發同科技開發、智力開發有機地結合起來，使“科技是第一生產力”和“教育的突出戰略地位”落到實處，形成農、科、教之間彼此促進，協調發展的機製。農科教結合既包含事業的結合，又包含部門的結合，即所有農業和農村經濟工作都有一個為農業和農民服務的問題；同時農、科、教各部門之間都要加強工作的配合協作，建立新型的部門工作關係，形成振興農村的強大合力。所謂農科教統籌，包括各級政府發揮總攬所屬地區經濟、社會整體發展的功能，加強對農、科、教事業發展的統籌規劃，加強對農、科、教部門工作的統籌協調，促進農村社會的全麵進步。