我國農業科技投入不僅總量不足，科研資源配製結構也不合理。
（1）農業基礎研究投入比重明顯偏低，美國等發達國家的基礎科研投資占科研總投資的比重均10%以上，而我國這一比重大部分年份在3%以下。
（2）農業科技財政投入在農業內部不同行業分配的比例也不合理，2001年我國種植業、畜牧業、水產業在農業總產值中的比重分別為55%，33%和12%，而農業科技投入分配比例分別為76%，14%
和10%。
（3）農業科技投資的區域結構差異很大，我國西部地區的農業科研投入強度為0.26%；中部地區為0.30%，而東部地區為0.43%。投入資金的不足對我國農業科學技術的研究和推廣是一個嚴重的製約因素。1978年的全國科學大會上，農業方麵的獲獎項目達380多個，1985年，全國首屆發明獎展覽會上，32項經濟效益億元以上發明獎中，22項為農業方麵的。此後，重大農業科研成果的數量不斷滑坡。1996年度的國家科技進步獎和發明獎中，農業方麵的已寥若晨星。
科研經費不足與地方政府也有關係。不少地方不但不能增加對農業科技研究和開發的投入，甚至把國家用於農業科技的投人也搞“農轉非”，致使大批基層科研單位麵臨“缺糧斷炊”的威脅。他們在科研上隻能是在低水平上重複。在這種情況下農業科技人員的流失便在所難免。建國初國家培養了160多萬農業技術人員，到1992年，我國整個農林牧漁水利業中的專業技術人員隻剩下88.8萬人，其中的科學研究人員隻有2000人。近年來，一大批年輕同誌在職稱和職務上得到破格提拔，這是重視農業、彌補文革“斷層”的需要。但是，整個農業科研環境並未從根本上改觀，自願或非自願離開農業科研戰線的優秀人才，仍然大有人在。目前，美、日、德等發達國家每萬名農業人口中，有40多名農業科技人員，而我國隻有4人。
（四）農業科技推廣機製效率偏低，不能將現有科技成果最大限度地轉化為現實生產力
我國農業科技推廣上存在著兩方麵的問題：
（1）農業科研成果轉化率低，大量的研究成果處於“冬眠”狀態。成果轉化率低主要是兩個問題，第一個是農業科技成果不實用，超過了農民的承受力和認知能力，缺乏可推廣性；第二個是我國現有的推廣網絡發生了“線斷、網破、人散”，甚至在有些地方已經出現了名存實亡的狀態，大量的科技人員養在機關，農業科研處於癱瘓狀態。
（2）已經得到利用的成果，其擴散力也不強，平均約占適用麵積的10%。這是因為存在四方麵的製約因素：
農業生產規模偏小。我國農村單家獨戶生產的現象還是比較普遍，這種耕作方法對於農業科技的吸收能力不強。我們看到，凡是農業適度規模經營搞得好的地方，農業科技的使用程度就比較高。而在相對貧困落後的地區，生產規模越小，農業科技也越難推廣。