（一）我國主要農業科技領域與國際先進水平差距明顯
我國農業科技不但研究水平方麵存在著明顯的差距，而且在技術推廣應用方麵存在更大的差距。
我國主要農業科技領域與國際先進水平差距
農業科技研究開發的總體水平與國際先進水平相差10～15年。
農業生產的技術水平與國外的差距在1520年。
農業產前領域，農業機械、農機具的研究開發與製造技術，農機具性能、質量技術水平，隻相當於20世紀80年代的世界先進水平，落後近20年。
新型化學肥料、新型農藥的創製與生產技術，與國際先進水平相比落後10～15年。
在優異種子的貯存、篩選、創新、利用方麵，同世界先進水平相比落後10年。
在種子產業化方麵，我國與發達國家的差距為25～30年。
農作物病蟲害綜合防治技術已達到世界先進水平，應用基礎研究與發達國家相比較，則至少相差15年以上。
農田灌溉技術、設備、基礎等領域方麵，落後世界先進水平20～25年。
農業主要生物技術研究與產業化方麵落後10～15年。
信息技術在農業上應用，相差約20年的時間。
畜、禽、草種質資源創新隻相當先進國家20世紀70年代末的水平。
在配合飼料種類、質量和非營養性飼料添加劑研製上，落後於國外10～15年。
畜禽病毒學和免疫學診斷方法的研究以及診斷試劑商品化，差距為10～15年。
（二）農業科研體製陳舊，不能最大限度地促進農業科技事業的發展
我國現有的各級農業科研機構都隸屬於同級政府部門，並形成依附關係。在當前市場經濟形勢下，其弊端有四：
（1）不符合農業科研機構應當按自然經濟區域布局的客觀規律。我國的行政區域不是按自然經濟區域來劃分的，而農業科研在同一自然經濟區域內是一個共同行為。按行政區域設置科研機構，必然造成同一項目的多重研究，造成人力、物力和財力上的浪費。
（2）造成學科與專業設置上的模式化，調整困難。農業經濟的發展要求農業科研機構不斷地進行學科與專業設置的調整，以適應變化了的經濟形勢。但行政管理的審批程序和專款專用的經費管理往往跟不上形勢發展的需要。目前，我國大多數農業科研機構仍以傳統學科和專業為主，無論在研究方法還是測試手段上都跟不上國際農業科技發展的進程。由於學科與專業設置的限製，使我們的研究人員思路難以開闊，專業交叉與快調乏力。
（3）導致政府財力負擔過重，研究機構又經費不足的雙重困難。我國政府每年財政撥出的農業科研經費已逾10億元，但由於需要撥款的農業科研機構超過1200個，職工超過13萬人，因而仍然是僧多粥少，造成課題經費嚴重不足，科研設施難以升級換代的局麵。
（4）不利於科技成果的推廣應用和優秀科技人才的脫穎而出。我國的科技成果轉化率，長期低於40%，大量的科技成果可開發應用性不大。加之農業科研經費、人事管理製度和學術職稱評定等諸多方麵不良條件的限製，優秀人才難以成批地脫穎而出。
（三）國家在資金投入上對農業科技研究與推廣的支持強度不足，農業科技後勁乏力
國際上衡量政府對農業研究支持強度的方法，通常是國家用於農業科研的公共撥款占農業國內生產總值的比重。目前，發達國家的這個數字已達到2%以上，大多數發展中國家也超過0.4%，而我國農業科技投入長期不足，從政府對農業科研撥款來看，我國的農業科研政府投資強度已經從1985年的0.4%下降到了20世紀90年代後期的0.2%～0.3%，不到發達國家平均水平（2.37%）的1/10.