是年十月，極少參與政事的趙普向太宗上疏，請求辭去宰相之職。太宗喜出望外，手捧趙普的奏疏便要批準，提筆之時卻突然頓住，若是自己此刻便準予趙普的請辭，難免有卸磨殺驢之嫌，與自己聲名不利。思慮良久，太宗親書手詔一封，告知趙普莫要再提請辭之事。
淳化元年（990）四月，距趙普上疏請辭宰相之職已過去半年。這幾日，太宗接連收到趙普的三封奏疏，封封皆言自己年邁多病，請太宗準許自己辭去宰相之職。三封奏疏，一封比一封措辭強烈，情緒激動。早欲罷免趙普的太宗連接趙普三封奏疏之後，不再挽留，批準趙普請辭，免去他的宰相之職。但是，為了向世人展示自己的廣闊胸懷，太宗雖然恨不得趙普無官一身輕，但依然保留其本官，同時任他為西京留守兼中書令，即宰相級別的西京留守。
趙普離開開封之日，太宗率百官親自送行，並且特命趙普長子趙承宗隨從護送，次子趙承煦隨行護理。而且，考慮到趙普年邁體弱，精力不足，太宗特意任命西京通判協助趙普，減輕趙普的壓力。
君臣相別，二人皆心情沉重，寒暄叮囑間潸然淚下。
“愛卿，此去保重！”太宗接過王臨機端來的酒，感慨道，隨即一飲而盡。
“陛下隆恩，臣感激不盡！”
趙普取酒亦一飲而盡，老淚橫流，屈膝就要跪下去，太宗連忙阻攔，趙普卻固執地跪地而拜。
“陛下，臣此生得遇陛下與太祖，乃臣畢生之福，請陛下受臣三拜！”
三拜結束，太宗連忙攙扶起趙普，拱手道：“愛卿為大宋江山嘔心瀝血，朕代天下百姓，謝愛卿！”
趙普激動不已，叮囑太宗保重身體，再與太宗身後百官拜別之後，由次子趙承煦攙扶，顫巍巍地朝家走去。
“陛下保重！”趙普回身，用盡全身力氣高聲喊道，隨即轉身上車。
車駕緩緩，向西京洛陽駛去。太陽西斜，太宗望著愈行愈遠的趙普，內心滋味有些複雜。趙普終於走了，從此以後，大宋再無掣肘他的人；趙普走了，大宋也再難有此能臣，倘若他日再遇到煩心的難題，又有誰人幫自己化解？
“陛下，該回宮了！”身後宰相呂蒙正小心說道。
太宗恍然回神，點頭轉身，鑾駕威嚴，向皇宮行去。
至此，趙普的第三次宰相生涯終於畫上了句號。
世事難料，月有陰晴圓缺，人有旦夕禍福。趙普到達西京洛陽後不久，七十一歲壽辰將至，趙承宗奉命來西京為父親祝壽，此後便突然去世。趙普得到長子死訊，當即病倒。
淳化三年（992）七月的一天，趙普感到口渴，看到老妻趴在桌邊睡著了，便欲出聲叫喊。
可是，趙普突然發現老妻身邊竟然站著一個人。趙普心下一驚，以為自己看錯了，他揉了揉眼睛，看到那人竟微笑著朝自己走來。那人緩緩靠近，趙普麵色驚駭，他想叫，但叫不出聲；想動，也一動不能動。
那人來到床邊，死死盯著趙普，嘴角的微笑忽然變得猙獰無比。然後，他緩緩伸出手，雙手掐住了趙普的脖子。趙普奮力地掙紮，卻毫無作用。此人並非別人，正是魏王趙廷美！
趙普的妻子醒來時，發現趙普已經咽氣了。
噩耗傳至開封，正在批閱奏章的太宗聞之震驚，手中的毛筆掉到地上。時值傍晚，太宗在王臨機的攙扶下來到殿外。夕陽西下，晚霞似緞，一如那日趙普離開開封時的落日。物是人非！太宗長歎一聲，大宋開國至今，第一批開國元勳已漸漸全部退出政治舞台，很多人已經追隨太祖而去。端拱二年（989），忠武軍節度使、同平章事潘美因陳家穀未救楊業一事抑鬱而終時，太宗便感慨不已，如今又是趙普。
“趙普！”太宗默默重複這個名字，直至此時，他對趙普的感情依然有些複雜。他用趙普，亦防趙普；他恨趙普，亦服趙普。趙普於他，雖是臣子，卻亦敵亦友。翌日上朝，太宗提及趙普去世消息，悲痛不已道：“普事先帝，與朕故舊，能斷大事。向與朕嚐有不足，眾所知也。然朕君臨天下以來，每優禮之，普亦傾竭自效。盡忠國家，真社稷之臣也，朕甚惜之。”
太宗當朝宣布，廢朝五日以追悼趙普，贈其為尚書令，追封真定王，賜諡號“忠獻”，並親自用八分書為趙普撰寫神道碑銘文，賜與其家。同時，太宗派遣右諫議大夫範杲代行鴻臚卿之職，為趙普護送喪事，賜絹布五百匹，米麵各五百石。趙普下葬當天，太宗恩賜其帝王專用的鹵簿鼓吹儀式。
再說一段後話，六年後即真宗鹹平元年（998），真宗追封趙普為韓王。詔稱： 普識冠人彝，才高王佐，功高呂望、蕭何，輔弼兩朝，周旋三紀，正直不回，始終無玷，特此趙普配饗太祖廟庭。