浮天遠父子被抓住之後，三天之後即被判決斬立決。而且通過對他們的審訊，也揭發出一批曾經與他們同流合汙的官員，人數達到二十餘人。
諸葛軍師大怒，立刻命人將那些官員，無論還在職與否，全都逐一徹查，一旦發現證據立刻將之免官，從重發落！
其中最讓劉禪驚訝的招供是：第一條，孫權居然跟浮天遠有勾結，甚至直接東吳的人去跟浮天遠合作，來綁架他！第二條，多種信息顯示，跟荊州孫家的孫同跟浮天遠也有千絲萬縷的聯係！
劉禪真的對孫同很惱火。可是如今孫同已經被殺頭，自己也親口承諾過，不再追究孫家其他人的罪責，所以此事也隻能算是到此為止。
浮雲父子被殺頭後，屍首就被丟棄在菜市口，根本就無人敢去認領。
其實，劉禪那天也是去菜市口看了行刑的，整個是人山人海實在熱鬧。但是當人潮散去之後，現場就隻剩下了兩具孤零零的頭身分離的屍首，真是分外淒涼。
劉禪心裏暗歎，你既然做了賊，就要有被官府砍頭的一天的準備吧？
不過，劉禪雖然恨這浮天遠父子，但是人畢竟是已死。他就吩咐侍衛去找來幾個人，用草席將兩人屍首裹上，到城外的亂葬崗去埋了。然後，劉禪就略帶失落地回到家裏。有時候，親眼看到仇人被殺，心裏也是一樣依然堵得慌的。
但是劉禪其實也沒有那麼多的煩心事的。至少醫國院的事情就讓他感覺非常驕傲。它如期在半年後如期整修完畢，由於刻意保持學院的獨立性，與官府保持相應的距離，所以醫國院隻是簡單地舉行了一個儀式之後就開始招生。
其實，這恐怕是世界史上第一家用來培養專業人才的學院為了充分實現學院內部的自治，劉禪請華佗、祖文和自己一起擔任學院的董事，監督學院的各項運行情況、院長的工作情況，以及學院內部的風紀。
之前，華佗和張方平一直在擔心的醫國院的生源問題，後來在劉禪和諸葛先生兩人的共通推動之下，很快得到良好的解決。
其實，劉禪早就請諸葛軍師發布命令，將荊州境內的所有醫師進行登記。讓劉禪驚訝的是，荊州境內醫師的數量，比自己猜想的要多得多，居然達到近1800人。他們從其中挑選出那些既有基礎又年輕的人員，讓他們分批進入醫國院進行為期一年的培訓，並由官府每月發給特殊補助。不過，每期隻限定20人。
不過，醫科中有一個人比較特殊，不得不提一下。那就是趙風的妻子施惠。她從小就接受忍者訓練，對毒藥有深刻的認識。所以劉禪特別請董事會批準，讓她跟隨張方平和華佗專門學習各種藥物的藥理。因為劉禪有心要將她培養成毒藥專家，將來可以為軍隊出力。
至於賬目科的生源就更加好辦。荊州境內有大量文官在從事賬目和糧草管理方麵的工作。這些人都是從民間挑選而來的，雖然能夠處理賬目，但是沒有進行過係統的訓練，日後劉家的地盤大了的話，難免出現力不從心的情況。於是，這些人又被分作好幾期，送入賬目科培訓。
至於數科，這是劉禪最為看重的科係之一。古代，中華民族雖然在數學領域一直處於世界領先水平。但是願意研究數學的人，實在是少之又少，更沒有形成完整係統的數學體係。這也是日後，中國科技大大落後西方的一個重要原因。
但是在中國這樣一個注重“實用”的國度，要找到願意學習數學的學生實在太難。劉禪隻好讓祖文先將賬目科弄好。數科先當作賬目科的副科來教授。如果其中發現有什麼優秀人才的話，可以盡一切可能將之挖過來。祖文原本就被數科的生源愁眉苦臉，聽劉禪這麼一說，立刻茅塞頓開，直呼大善。
數科後來終於找到兩個很有天賦的學生，不過那已經是一兩年之後的事情了，可是卻真是讓祖文高興壞了。
不過有些糟糕的是，其中一個學員居然是張行先生以前的學生王羽。張行先生聽說後，立刻對劉禪大發雷霆，說聖賢弟子豈可去學那些旁門左道。劉禪隻好裝作沒有聽見，顧左右而言他，弄得張先生是毫無辦法。
由於劉禪事前和諸葛軍師有約，不讓官府幹預醫國院事務，現在請諸葛軍師這樣大張旗鼓的幫忙，顯然是違背劉禪自己的初衷的。劉禪就巧立名目，將這些培訓美其名曰“官府人員委托培訓計劃”。那麼，官府當然就不可能再對學院指手畫腳。這樣的做法，也得到院長張方平和華佗等人的支持。