1941年早期，國家勞動關係委員會召開了調查福特汽車公司反工會行為的特別會議。經證實，福特汽車公司的“恐怖主義”活動包括30多起人身傷害事件，其中最嚴重的是在得克薩斯州對一名UAW的律師的幾乎致命的攻擊。委員會命令福特汽車公司在工廠內用告示聲明不再反對UAW，還勒令公司把1937年以來被解雇的近千名工會支持者重新雇回。貝內特竭力阻撓判決的執行，在UAW某申訴委員會的一次會議上，他不僅沒有聽取工人的抱怨，還怒氣衝衝地把該委員會的八名福特員工統統解雇了。
UAW再也不能軟弱下去了。1941年4月1日，亨利·福特最大的噩夢降臨了：工會開始號召榮格河工廠工人全麵罷工。這一次，工會領導人們不會再毫無準備地被迪爾伯恩警察的催淚瓦斯和哈裏·貝內特的武裝暴徒攻擊，但他們必須要說服工人們加入罷工——福特汽車公司的第一次罷工。一開始，沃爾特·魯瑟來到榮格河工廠四號門，要求與哈裏·貝內特對話。他想避免流血衝突，但是貝內特的人讓他滾出福特的地盤。作為攤牌前的準備，UAW建起了流動廚房、醫療帳篷和通訊中心。旨在瓦解“資本主義獨石碑”的根基並鼓勵工人們堅持罷工的傳單傳遍底特律地區。大批工人走出家門，走出榮格河，向迪爾伯恩的地方工會大廳進發。他們之中隻有1/3是工會成員，而且他們全都知道亨利·福特對罷工和罷工者的態度，所以工廠中的每一個人都承受著極大的風險。但這一次，工人們異常團結。
作為回應，貝內特將罷工稱作“共產主義”行動，還給罷工者扣上了叛國者的帽子，因為羅斯福政府剛剛提出要與公司簽訂軍工生產合同。另外，貝內特還讓霍默·馬丁到黑人團體中舉行“返回工作”集會。他的計謀獲得了一定程度的成功。多年以來，亨利·福特一直特別喜歡黑人員工，榮格河工廠的黑人員工比例也出奇的高。在拒絕參與罷工的人中有大約200人是黑人。美國有色人種協進會（NAACP）秘書沃爾特·懷特前往底特律，試圖說服留在榮格河的工人們離開工廠，加入UAW的隊伍。然而在罷工的前一兩天中，這一小股反工會力量與罷工糾察員爆發了激烈的衝突，沃爾特·魯瑟發現，罷工似乎蒙上了濃重的種族色彩。為了避免種族分裂，他花了大量時間提醒工會的成員們：已經有8800名福特汽車公司的黑人工人加入了罷工。
但在4月2日，罷工仍然呈現出種族衝突的跡象。許多黑人穿越糾察線返回了工作崗位，榮格河工廠內的數百名黑人也手持長刀和輪胎裝卸撬杆以防罷工者衝人工廠。福特汽車公司最終設法緩和了局勢，為了保證種族和睦，它敦促那些守衛工廠的工人回到了家中。
罷工一直延續到了5月。罷工也加深了福特家的內部矛盾。亨利·福特曾命令埃茲爾不得插手此事，讓哈裏·貝內特全權負責。但是當全麵衝突的可能性日複一日地加大，埃茲爾無法坐視不理。他建議父親與工會談判，指定工會投票的日期。但亨利·福特仍然堅信哈裏·貝內特能控製罷工，能把工會徹底消滅。克拉拉·福特不同意亨利的觀點。她一生中第一次毫不妥協地反對丈夫的做法，甚至發出了離婚的威脅。亨利·福特妥協了。
5月26日，福特汽車公司的工人就“誰來代表他們”進行了投票。反工會票隻占3%，霍默·馬丁的經美國勞工聯合會（AFL）認可的工會組織得到了20354票，而隸屬於工業組織大會的UAW得到了51886票。
1941年6月20日，福特汽車公司與UAW簽訂了一份裏程碑式的協議。亨利·福特作出的驚人之舉在於協議本身，他所提供的自由甚至比工會所要求的自由還要多。亨利·福特一旦接受一個觀點就會想做得漂亮一點，他希望福特汽車的工人能比通用和克萊斯勒的工人享受更好的待遇。