在基於科層組織理論的政策執行研究當中，通過對自上而下與自下而上兩種政策執行研究的取向分析，人們可以得出這樣一種結論，即建立在馬科斯·韋伯的科層組織理論基礎之上的政策執行研究，使得政策執行的有效性完全賴於政策執行係統層級之間的權限劃分和機構設置。在這裏值得人們注意的是，由於權力指揮鏈在組織內部是單向運行的，因而很容易造成權力在組織各個層次之間被濫用，再加上監督機製缺乏與不完善，所以社會的監督機構對政策執行組織在政策執行過程中的失範行為根本無能力糾正，因而很容易使得政策執行組織為了政府的部門利益甚至個人利益而“創造性”地執行政策。這些因素都在嚴重地製約著公共政策的順利執行。所以如何對科層組織的權力進行合理的控製，就成為政策是否能夠被有效地執行、是否不出現重大偏差的一個關鍵所在。
總之，自上而下與自下而上兩種政策執行研究取向各有其優缺點，也就是說人們很難確定孰優孰劣，隻能說明每一種研究取向適合的政策情形不同。另外，這兩種政策執行觀對政策執行的認識有兩個共同特點：一是將政府的行政部門視為政策執行的唯一主體，而忽視了社會利益集團和其他非政府組織對政策執行過程中的參與；二是在政府的行政部門內部，強調自上而下的層級控製。
自從20世紀80年代以來，在充分肯定基於科層組織的政策執行研究成果的同時，人們也逐漸地認識到科層組織研究取向所存在的一些缺陷與不足，為了克服科層組織研究取向的局限性，許多專家學者開始超越科層組織的政策執行研究取向，在分析工具越來越豐富的情況下，把政府際間的關係研究、多中心治理理論和政策網絡技術等廣泛地運用到了政策執行的理論研究當中，使得政策執行的理論研究出現了一種多元化的發展趨勢。這種多元化的發展趨勢強調執行結構的研究，是一種基於社會係統組織理論的支持，比較全麵地突破了傳統的科層組織的政策執行觀。因為隨著公共管理社會環境的變化，人們迫切需要一種開放的、適應性更強的社會組織來執行公共政策，使得政策執行組織的機構完全與政策目標、社會資源相一致。
近年來，由於政府職能的不斷擴大與公共事務的日益複雜，政府所製定的公共政策越來越趨向專門化。特別是隨著公共政策實踐過程的不斷分割化，越來越多社會團體被允許參與公共政策領域，導致公共政策的製定、執行、分析與評估趨於多元化。正是這一事實的出現，造就了不同的公共政策研究領域中各級政府與眾多社會團體的存在。尤其是各級政府與眾多社會團體對公共政策的執行會產生各種各樣的影響，這也就促成了公共政策執行理論研究當中對多元化社會組織關係的研究。如果僅從社會組織的角度來看，這些關係主要包括中央與地方之間的垂直互動關係，以及不同的政府部門之間的水平互動關係。除此之外，私人組織與社會團體也通過招標、簽訂合同的方式逐漸成為了公共政策執行主體的重要組成部分，所以政策執行是否有效完全在於各方參與者正確的“策略”選擇。這種在公共政策執行的過程中，注重各種社會組織之間互動關係的動態理論研究，通過提出執行結構的分析概念，從而逐漸揚棄了傳統上那種靜態的層級製理論研究，以作為對科層組織所存在的缺陷進行矯正的一種新方法。
在社會係統組織理論的研究當中，主要的代表人物是西方著名學者本尼·約恩（Benny H.Jern）和戴維·波特（David O.Poter）。他們在對德國和瑞典有關人力資源培訓項目的研究過程中，注意到公共政策的執行涉及眾多的社會組織與人員。他們將那些不同層次的眾多社會組織稱之為“組織庫”（Pool of Organization）。並且認為在“組織庫”這種複雜的關係結構中，沒有一個單一的社會組織及其成員能夠掌握公共政策執行所需要的全部社會資源。在此基礎上，本尼·約恩和戴維·波特倆人通過研究提出，政策執行結構不是權威形成的，而是從“組織庫”中形成的，即在各種社會利益關係之間的“自我選擇”當中形成的。因為公共政策涉及的各種社會組織分別掌握了實現政策目標所需要的各種社會資源，它們之間通過公共政策這一重要的紐帶，發展成一種相互依賴的結構性聯係。
對於特定的政策目標來說，執行結構需要獨立自主地處理各種問題，不僅要處理相互依賴的複雜關係，而且還要隨時應付突發的特殊情況。這樣看來，執行結構在某些方麵似乎與市場相仿，存在著靈活整合社會資源的優勢，但它畢竟不是市場，因為作為公共管理的有效工具，它的活動主要是圍繞著政府提供的公共產品與公共服務項目而形成的，具有公共性的主要特征。一般來說，執行結構所具有的缺陷，主要是由於執行結構的正式程度較低，所以權威性關係不如傳統的社會組織那麼明顯，導致不同的政策環節可能出現不同的執行結構，使得執行結構的一致性和穩定性受到了嚴重的損害。在這種情況下，執行結構似乎更像是一種臨時的夥伴關係，缺乏一種前後一致的內在緊密聯係。
從以上的簡要理論分析當中可以看出，從基於科層組織理論的政策執行研究取向，到基於社會係統理論的政策執行研究取向，由於人們的組織理論基礎有所不同，所以在對公共政策執行的理論研究過程中，從強調基層官員的自由裁量權，到主張多元化的組織之間互動，其中的觀點分歧是顯而易見的。然而在這些分歧的觀點當中又隱含著一些共同點，那就是都強調從基層的實際情況出發來研究政策執行的過程。因此，在公共政策執行的過程中，需要不斷地加強各方麵行動者之間的溝通交流，協調好他們之間的互動關係，從而使得公共政策執行能夠順利進行。