如果僅從組織理論角度對政策執行問題產生的原因進行係統分析的話，那麼專家學者們對政策執行問題的理論研究，基本上大致可分為兩種研究取向。一種是基於科層組織理論的政策執行研究，另外一種是基於社會係統組織理論的政策執行研究，而前者又可細分為“自上而下”和“自下而上”兩種研究模式。
一般來說，在基於科層組織理論的政策執行研究當中，“自上而下”的研究取向以突出政策為中心，其核心就是行政組織層級實行的那種自上而下的指揮控製原則，也就是強調政策製定與政策執行的分立性。“自上而下”這種研究模式的取向，是影響力最為普遍的政策執行模式，其應用的非常廣泛。但是，它所固有的缺陷也受到了一些專家學者的批評。其固有的缺陷主要是：第一，過多地關注中央政府的政策目標和策略，而忽視了地方政府在政策執行過程中所扮演的重要角色；第二，為了應付政策執行過程中的各種不確定性，各級政府都不可避免地擁有自由裁量權，從而導致對基層政府官員的活動產生控製的空白地帶，並且可能發展出應付壓力的各種辦法，即“上有政策，下有對策”；第三，政策判定與政策執行的理論區分，在政策執行的實踐過程當中根本無法維持，因為許多政策是在執行的實際中製定和修正的。
通過以上的研究分析可以認定，自上而下的政策執行適合於那些具有全局性的政策類型，如管製性的政策和再分配性的政策，而不適合於那些具有特殊性的自我管製性政策。通常在政策執行過程中賦予基層政府適當的自由裁量權是完全必要的，尤其是在公共政策的實踐當中，要特別重視不同地域和不同社會階層的差異和特殊性。因此，在政策執行的過程中，中央政府盡量不要製定整齊劃一的公共政策，而要重視地方政府在製定公共政策過程中所扮演的重要角色。因為地方政府是直接麵對政策目標群體的基本主體，也更了解政策環境的變化，所以在政策執行過程中應該給予地方政府及其官員更多的自由裁量權，讓他們根據本地區的具體情況因地製宜地貫徹執行中央政府的政策。當然，在政策執行的這一過程中，也要特別注意對基層政府及其官員的控製與引導，使他們朝著政策目標的正確方向不斷努力。
“自上而下”這種研究模式的取向，主要是從政府高層政策製定者的角度來看待問題，所以把政策視為政府高層決策者智慧的結晶。“自上而下”這種研究模式取向的價值觀，基本上秉承了公共行政之父伍德羅·威爾遜的政治行政二分法觀點，把政策製定認定為是政治家的基本職責，而把政策執行認定為是行政人員的重要職責，即政策執行者是政策製定者的代理人。這也是長期以來為什麼公共政策研究專家學者注重如何製定高質量的政策，而完全忽視政策執行效果的根本原因。也正是在這種“重決策，輕執行”的政策執行問題的理論研究取向指導下，人們把政策執行完全看成了是一項科學管理的技術活動。認為政策執行效率的提高以及解決政策執行問題的出路，完全在於組織的管理與控製，如充分的執行資源、完善的信息、高素質的執行人員、明確的組織目標以及自由裁量權的限製等。在這種研究取向下，盡管人們承認自由裁量權，但是對自由裁量權的不信任和控製才是他們更為關心的問題。因此，他們認為政策執行者完全被孤立於最初的政策形成過程之外，政策執行者僅被看做是負責解決有關問題和困難的重要因素，主要的職責則是去製定解決問題的相應方案。一般在這種狀況下，一旦政策執行者的努力與政策目標不相一致的時候，必然將會影響到政策執行的效果。
與自上而下那種非常強調高層政策製定的研究取向相比，自下而上的研究取向更為關注的是基層執行者具體的執行過程，也就是在行政組織的內部，通過從基層的角度來探索政策執行的效率，從而充分利用政府基層官員的自由裁量權來推進政策執行過程。自下而上的研究取向認為，解決政策執行問題的方法不在於對官僚組織層級的控製，而在於必須要給予地方政府充分的自由裁量權，以便能夠使其更好地去處理和解決政策執行中的問題。也就是要賦予基層政府及其官員更多的自由裁量權，讓他們能夠針對不同的社會問題，去因地製宜地采取一些更加適當的權宜措施，以便重新構建一個完全適應社會環境的政策執行過程。
在自上而下的研究取向當中，雖然人們承認自由裁量權存在的必要性，但對自由裁量權的不信任和控製卻是其最基本的特征之一。但是，在西方著名學者理查德·艾莫爾看來，人們不應該假定政策製定者能夠完全控製影響政策執行的組織、政治和技術過程。因為在政策執行過程當中，有許多問題是根本無法通過加強上層控製的方法來解決的。他認為科層等級結構的關係越緊束，那麼為保證所需要的監督和決策點數目便越多，對個人判斷和解決問題能力的依賴性便越小。由於在公共政策執行理論的研究過程中，科層等級存在著控製方麵的缺陷，所以需要人們尋找新的解決問題的方法與思路。這種方法與思路就是努力地改變自上而下研究取向立場，充分利用基層政府及其官員的自由裁量權來推進政策的執行。在對待此問題上，理查德·艾莫爾的基本觀點是：“離問題越近，其影響問題的能力就越大。”也就是說，解決政策執行的能力不能夠完全依賴於官僚層級的控製，而是要依賴於處理政策執行問題最恰當的基層政府及其官員自由裁量權的最大化。一般來說，政策能夠把人們的注意力引向所要解決的社會問題，並且提供運用政策技術的機會，但是政策本身並不能夠解決社會問題。因此，離政策目標群體最近的是基層政府，而不是做出決策的高層政府，所以在公共政策執行的理論研究當中，如何給予基層政府及其官員充分自由裁量權的問題，才是人們分析與解決政策執行問題的關鍵。