由於對邊疆問題的曆史認識與現實狀況的理解不同，尤其是在中蘇大論戰開始後，邊疆問題首當其衝，成為中蘇關係緊張與惡化的重要標誌。1963年9月27日中國政府致蘇聯政府的外交照會中正式提到了不平等的邊界條約問題。隨後蘇聯外交部的複照表示，沙俄強加給中國的一切不平等條約已在十月革命後的最初幾年被廢除，並且不承認中國的有關指責。對此，曾經參與中蘇大論戰的中國領導人鄧小平有過深刻的看法。1989年5月，鄧小平與蘇聯領導人戈爾巴喬夫進行中蘇關係正常化會談時說：我想講講中國人、中國黨的一些看法。對這些看法，不要求回答，也不要辯論，可以各講各的。這樣有利於我們在更加紮實的基礎上前進。我隻想簡單講兩點。一是講講曆史上中國在列強的壓迫下遭受損害的情況，二是講講近幾十年，確切地說是近幾十年，中國人感到對中國的威脅從何而來。
先談第一個問題。從鴉片戰爭起，中國由於清王朝的腐敗，受列強侵略奴役，變成了一個半殖民地半封建國家。欺負中國的列強，總共大概是十幾個，第一名是英國，比英國更早，強租中國領土澳門的，是葡萄牙。從中國得利最大的，則是兩個國家，一個是日本，一個是沙俄，在一定時期一定問題上也包括蘇聯。……另一個得利最大的是沙俄，以後延續到蘇聯。沙俄通過不平等條約侵占的中國土地，超過一百五十萬平方公裏。十月革命後也還有侵害中國的事情，例如黑瞎子島就是一九二九年蘇聯從中國占去的。主要的是第二次世界大戰接近勝利時，美、英、蘇三國在雅爾塔簽訂秘密協定，劃分勢力範圍，極大地損害了中國的利益。那是斯大林時期。當時中國的國民黨政府同蘇聯簽訂條約，承認了雅爾塔的安排。中華人民共和國成立以後，中國同蘇聯簽訂了新約。中國同蒙古人民共和國建立了外交關係，達成了協議，劃定了邊界。後來中蘇進行邊界談判，我們總是要求蘇聯承認沙俄同清王朝簽訂的是不平等條約，承認沙俄通過不平等條約侵害中國的曆史事實。盡管如此，鑒於清代被沙俄侵占的一百五十多萬平方公裏是通過條約規定的，同時考慮到曆史的和現實的情況，我們仍然願意以這些條約為基礎，合理解決邊界問題。