近年來，國有企業現代企業製度改革中出現的諸多問題，主要與政府和企業“新三會”（股東會、監事會、董事會）及其當事人有關。例如，由企業領導人的行政任命製帶來的政府官員統治企業的現象；由政府官員設租和尋租而造成的國有資產流失；投巨資興建效益低下的國有企業，造成資源的巨大浪費；對國有企業的管理人員缺乏有效的激勵和約束，等等，這些問題都與政府及其當事人有關。而企業經營者的敗德行為、逆向選擇、行賄受賄、大肆侵吞國有資產、造假賬及謊報業績行為，以及企業的內部人控製現象，等等，則與企業內部的“新三會”有關。值得注意的是，企業環節上的問題有相當部分是由政府環節上的問題引起的。
既然如此，在進一步完善國有企業製度的過程中，應該首先從出問題最多的環節上開刀，通過回避多問題環節或改變它發揮作用的方式的途徑，來重新建立委托代理關係，形成新的激勵或約束機製。並且，在推進這項改革時，要把減少委托代理環節，最大限度地降低代理成本，確定最適宜的初始委托代理人，提高國有資產的關切度，減少初始人控製，在企業控製權中引入競爭機製等等，作為設計新製度的基本原則。
在充分考慮上述因素的基礎上，作者就建立有中國特色的國有企業製度作如下設想：
健全代理機製。國有資產的初始委托人應該由人民代表大會專設的國有資產管理委員會代理。國家財政部作為主管部門履行國有股份所有者的職能，並向國有資產管理委員會負責。企業按《公司法》的規定，設監事會、董事會和股東大會。國有股東按出資比例享有相應的權利。企業實行監事會領導下的董事會負責製。監事會由股東代表（股東大會選舉產生）、職工代表、黨組織代表三部分組成，比例各占1/3.在國有股占絕對優勢的條件下，監事會主席的候選人由國有資產管理委員會和相應層次的黨組織（隻提供政治考核意見）聯合提出，經監事會過半數投票表決才能最終當選。監事會主要履行對公司的監督職能，它享有對董事會廣泛的審核、監督、了解權，有權核查公司財務和資產，董事會在做出投資、信貸、雇用或解聘企業高級管理人員、購買或出售企業資產等重大決策時，必須事先征得監事會的同意。在國有股占絕對優勢的條件下，董事長的候選人由國家財政部和相應層次的黨組織（隻提供政治考核意見）聯合提出，董事長人選必須是具有專門知識和經驗的經營專家。董事會在董事長的領導下履行企業的生產經營職責。監事會擁有對董事會的直接控製權，對董事會的激勵與約束由監事會做出，它有解除董事長的職務和要求有關機構重新選擇和任命董事長的權力。股東會是股東行使民主權利的場所，對公司的決策和影響作用較小。由人民代表大會設置的具有高度獨立性的審計機構負責對公司的審計監督。
相對於我國目前國有上市公司的委托代理關係和法人治理結構而言，這個結構的優越性表現在：(1)監督機構直接處於人民代表大會的控製之下，它不僅絕對獨立於經營管理者機構，而且其權力既能監控住企業經營管理者，又能受製於所有者機構的權力；(2)國有股東雖然有提出和委派公司經營機構主要領導人的權力，但它是在國有股占絕對優勢的條件下。不僅如此，它還受監事會的有力製約，尤其是其中占2/3的“職工代表”和“黨組織代表”的約束。這種權力製衡關係，可以有效地克服設租和尋租現象，也可以減少經營者的敗德行為和逆向選擇；(3)人民代表大會和職工代表對初始委托人職能的行使和對經營管理者的監督，不僅大大地提高了對公司資產保值和增值的關心度，也提高了對公司當前經營狀況的關心度；(4)可以有效地降低委托代理費用。
更新理念。中國的經濟學界和法學界，始終將企業視為經濟活動或法律行為的主體，極度注重企業的主體特征。主體論多從以下三方麵強調解釋企業：（1）強調企業的組織體特征，認為企業是從事生產、流通、服務等各種經濟組織；（2）強調企業在整個社會生產活動中的地位，認為企業是社會經濟的基本單位或者一種基本勞動組織；（3）強調企業在組合生產要素上的作用，認為企業是人力、物力相結合，有組織的經濟實體。這種注重企業主體性是有曆史根源的。從解放後至改革開放，中國一直抹殺企業的獨立性，僅認為企業是實施計劃經濟的工具或手段，從改革後先後實施放權讓利、利改稅，再到企業自主經營權，也全部是以企業的主體性或獨立性作為改革中心展開。推行市場經濟後，國有企業改製、改組、治理結構改革仍圍繞企業的獨立性、主體性展開，而沒有抓住企業本質是實現利益最大化的投資工具這個本質。因此，企業主體性改革隻是末，而企業投資性促進改革才是本。改革之本至少應包括以下方麵：
(1)通過立法明確國有資產管理委員會具有法律上的獨立地位，不承擔社會行政管理職能，全國所有的經營性國有資產要從不同的政府部門、財政部門、企業主管部門集中到國有資產管理委員會。把全國性行業總公司、政府行業主管部門、大型國有工商企業集團改組成國有授權投資主體，專司經營國有資產。從投資銀行、投資基金等金融中介機構中，采取招標的方法擇優確定國有資產委托經營機構，通過合同關係確立委托經營機構與企業的債權、債務關係，由此實現政資分開，進而實現政企分開。