康熙二十五年（1686），王掞視學浙江，倡議在黃宗羲故居黃竹浦重建忠端公（黃尊素）祠，宗羲寫了《重建先忠端公祠堂記》。次年，王掞又捐俸彙刻劉宗周文集，宗羲與同門友董瑒、薑希轍一起編輯了《劉子全書》，並為之作序。
康熙二十七年（1688），黃宗羲將舊刻《南雷文案》等文集刪削修改，定名《南雷文定》重行刊刻。這年，他自築生壙於龍虎山黃尊素墓側，並有《築墓雜言》詩。康熙二十九年，黃宗羲年已八十，曾至杭州、蘇州等地尋訪舊跡，拜訪朋友。次年，應新安縣令靳治荊之邀遊覽黃山，為汪栗亭《黃山續誌》作序。康熙三十一年，黃宗羲病勢沉重，聞知賈潤刊刻其《明儒學案》將成，遂抱病作序，由黃百家手錄。次年，《明文海》編成，宗羲又選其精萃編為《明文授讀》。
康熙三十四年七月三日（1695年8月12日），黃宗羲久病不起、與世長辭。他在病中曾作《梨洲末命》和《葬製或問》，囑家人喪事從簡：死後次日，“用棕棚抬至壙中，一被一褥不得增益”，遺體“安放石床，不用棺槨，不作佛事，不做七七，凡鼓吹、巫覡、銘旌、紙幡、紙錢一概不用”。黃宗羲在臨終前四天給孫女婿萬承勳的信中寫道：總之，年紀到此可死；自反平生雖無善狀，亦無惡狀，可死；於先人未了，亦稍稍無歉，可死；一生著述未必盡傳，自料亦不下古之名家，可死。如此四可死，死真無苦矣！
黃宗羲曾自雲一生有三變：“初錮之為黨人，繼指之為遊俠，終廁之於儒林，”這正是黃宗羲一生的寫照。《鹿鼎記》人物黃宗羲，主要出現於第一章，其言行與真實當得無異。
黃宗羲有三子，黃百藥、黃正誼、黃百家。
哲人思想
黃宗羲的思想主要有：
1.民主、民本思想
黃宗羲和顧炎武、王夫之等人是明代中國民本與民主思想萌芽的代表人物，《明夷待訪錄》是這方麵的重要著作。黃宗羲提出“天下為主，君為客”、官員應當“為天下，非為君也；為萬民，非為一姓也”，“天子之所是未必是，天子之所非未必非”、“有治法而後有治人”、“必使治天下之具皆出於學校”（學校指一種機構）、“公其非是於學校”等觀點。有學者認為黃宗羲的思想仍屬治權在君，並沒有到達近代民主思想的標準，也有學者認為黃宗羲的思想是近代民主思想，在民權理論上還超越了歐洲的盧梭。
2、黃宗羲定律
黃宗羲定律是指中國曆史上賦稅改革曆朝曆代都有進行，雖賦稅改革目的很多是為了減輕農民負擔，改善國家財政，每次稅費改革後，農民負擔在短時間內確實有下降，但隨後又增長到比改革進行前更高的水平，國家財政最後也得不到改善。
溫家寶總理在記者招待會上曾提到這一定律。
3、哲學觀點
哲學上反對宋學中“理在氣先”的理論，認為“理”並不是客觀存在的物質實體，而是“氣”的運動規律，認為“氣質人心是渾然流行之體，公共之物也”。具有唯物論的特色。
“盈天地皆心也”的觀點又有唯心論的傾向。這與黃宗羲服役陽明學，深受其影響有關。黃認為王學中“致良知”的“致”，就是“行”，兩者別無二致。