公元前399年，他被人控告有罪，罪名主要是兩項：不敬城邦所敬的諸神而引進了新神，並敗壞了青年，結果被判刑。朋友們打算營救他逃離雅典，但他拒絕了，他認為自己必須遵守雅典的法律，因為他和國家之間有神聖的契約，他不能違背。蘇格拉底認為雖然城邦的法律是不公正的，你就不必遵從它們，但是如果你違反了城邦的法律，你仍然必須服從懲罰。蘇格拉底就正是絲毫不差地這樣做的，他感到有一種服從城邦的合法權威和城邦法律的義務，所以他十分自覺地接受了死刑，在臨終前仍同朋友們討論哲學問題。在時間到來時，他安詳地喝下了毒酒，用自己的生命和哲學報答了祖國城邦，終年70歲。
在蘇格拉底一案中，一方是追求真理、舍身取義的偉大哲人，另一方則是以民主自由為標榜、被視為民主政治源頭的雅典城邦。孰是孰非，誰善誰惡，不那麼涇渭分明，感情上的取舍則成為一種痛苦的折磨，因而其悲劇色彩愈加彰顯。
根據當時雅典法律規定，處死犯人的方法是賜以毒酒一杯，但在處死前關押的一個月中，法庭允許犯人的親友探監。當時便有許多青年人天天去監獄探望蘇格拉底，其中有位名叫克利托的青年問蘇格拉底有無什麼遺言時，蘇格拉底回答說：“我別無它求，隻有我平時對你們說過的那些話，請你們要牢記在心。你們務必保持節操，如果你們不按我說的那樣去生活，那麼不論你們現在對我許下多少諾言，也無法告慰我的亡靈。”
蘇格拉底的哲學是同他的生活實踐融為一體的，而他個人的命運同雅典的命運是不可分的。他為了祖國追求善的理想，而他的祖國則用死刑酬答了他的貢獻，成全了他的哲學。蘇格拉底沒有絲毫的激憤、畏懼或是悲哀，而是依舊用他智慧的語調誠摯地奉勸著一切。他明白他是神的使者，這一切都是神的安排，他還有他生命未完成的部分，而死恰恰能給他一個完美的結局。
蘇格拉底還認為，法律同城邦一樣，都來源於神，是神定的原則。法律最初體現為自然法，自然法也就是自然規律，它純粹是一種神的意誌或神有意的安排。後來城邦頒布的法律稱為人定法。雖然人定法不像自然法那樣具有普遍性，而具有易變性，但是，由於人定法來源於自然法，人們接受和服從人定法的指導就意味著人們接受和服從自然法的約束，也就是服從神的意誌。在古希臘，法律被視做城邦安全的基礎，具有女神般的尊嚴，可以說是城邦真正的保護神。在此神靈的保護下，古希臘的城邦按法律治理，任何人的地位都不得高於法律。蘇格拉底認為城邦的法律是公民們一致製定的協議，應該堅定不移地去執行，隻有遵守法律，才能使人民同心協力，使城邦強大無比，嚴守法律是人民幸福、城邦強大的根本保證，他的價值遠遠高於個人的生命。
一個城邦的理想狀態必須是人人從內心守法的狀態，這既是蘇格拉底一生的理想和信仰，也是他最後慷慨以身殉法的內在動力。
蘇格拉底的學說的確具有神秘主義色彩。他認為，天上和地上各種事物的生存、發展和毀滅都是神安排的，神是世界的主宰。他反對研究自然界，認為那是褻瀆神靈的。他提倡人們認識做人的道理，過有道德的生活。他把哲學定義為“愛智慧”，他的一個重要觀點是：自己知道自己無知。他結論說：“隻有神才是智慧的，他的答複是要指明人的智慧是沒有什麼價值的或者全無價值的，神並不是在說蘇格拉底，他僅僅是用我的名字作為說明，像是在說，人們啊，惟有像蘇格拉底那樣知道自己的智慧實際上是毫無價值的人，才是最有智慧的人。”他以自己的無知而自豪，並認為人人都應承認自己的無知。
亞裏士多德也認為最高的存在本體就是神，就是善，他的這個說法也是來自蘇格拉底的。神的觀念一直是希臘哲學的起源地和歸宿，而希臘哲學在其發展中也不斷改變和淨化了人們原先的神觀念，兩方麵是彼此互動的。作為一位最具原創性的哲學家，蘇格拉底從敬畏神吸取了他變革哲學的智慧和力量。他把自己看作神賜給雅典人的一個禮物，一隻牛虻，一個肩負著神的使命助人從善愛智的使者。這是他對神的敬畏虔誠，也是他對人的熱愛鞭策。隻有聯係到他的神觀念，我們才能認識他所主張的“自知無知”命題的深刻含義。蘇格拉底之死是西方文化史上意義深遠的事件，仿佛一則寓言，一個謎。他策劃了自己的死亡方式，以一場浩大的審判，以法律正義的名義判處自己死刑，把自己生命的餘燼，凝成一個死亡之謎，給後人留下了一道人文學科的“哥德巴赫猜想”。蘇格拉底好像在為自己申辯，可是他又有意在死亡之中覓求真理，他的死仿佛是道德與法律的合謀。
蘇格拉底在被自己同胞不公正地判處死刑之時仍大談“遵道德、重公義、法律至寶、法製為貴”，認為人生價值莫過於此，真算得上自由精神洋溢了。蘇格拉底是位英雄，他意識到道德理想的力量，並自覺、自願去實現它，即使為此獻出自己的生命。他的死是個悲劇，悲劇在於衝突雙方都有存在的理由，又不可調和。於是蘇格拉底用自己的身軀托負起這個偉大的衝突，托負起自由人格的責任與使命。對蘇格拉底而言，他的事業就是他的精神，自覺，自願，自律從而自由的精神，通過他得到了光大。
蘇格拉底是哲學的聖徒和殉道者，至今，沒有哪位哲學家像他那樣癡迷於過一種正義的生活。他把一個人的生命充分活了出來，從他一生的經曆中，我們可以獲得啟發，體認人生總是會麵臨各種遭遇，會有得意失意，即使麵對不義時，都要坦然接受。更重要的是，人活在世界上，要把關注的重點由外在轉向內在。蘇格拉底為希臘哲學注入了強心劑，激起了無比洶湧澎湃的浪濤，餘波甚至綿延至今。
哲人名言
逆境是人類獲得知識的最高學府，難題是人們取得智慧之門。
我與世界相遇，我自與世界相蝕，我自不辱使命，使我與眾生相聚。
我們的需要越是少，我們越近似神。
想左右天下的人，須先能左右自己。
認識自己，方能認識人生。
無知即罪惡。
別人為食而生存，我為生存而食。
智慧意味著自知無知。
這個世界上有兩種人，一種是快樂的豬，一種是痛苦的人。做痛苦的人，不做快樂的豬。
如果把世上每一個人的痛苦放在一起，再讓你去選擇，你可能還是願意選擇自己原來的那一份。
唯有理智最為可貴。
教育是把我們的內心勾引出來的工具和方法。
最有效的教育方法不是告訴人們答案，而是向他們提問。
要想向我學知識，你必須先有強烈的求知欲望，就像你有強烈的求生欲望一樣。
每個人身上都有太陽，主要是如何讓它發光。
教育不是灌輸，而是點燃火焰。
我不是給人知識，而是使知識自己產生的產婆。
最優秀的人就是你自己。
未經審視的生活是毫無價值的。
不要靠饋贈來獲得一個朋友。
告訴我你的朋友，我就知道你是什麼樣的人。
我到處走動，沒有做別的，隻是要求你們，不分老少，不要隻顧你們的肉體，而要保護你們的靈魂。
我的母親是個助產婆，我要追隨她的腳步，我是個精神上的助產士，幫助別人產生他們自己的思想。
世界上最快樂的事，莫過於為理想而奮鬥。