1918年夏天，公司被迫作出了其他一些重大的調整。美國參加第一次世界大戰，導致糖的限量供應，可口可樂打出廣告宣稱“糖應征參戰”，請求公眾對糖供給的減少保持耐心。另外一則愛國主義的廣告刻畫了一雙捧著可口可樂飲料杯的手，背景是舉著火把的自由女神像。公司有史以來第一次發覺，這實際是在懇求瓶裝商不要去開拓新的市場，因為它已經不能保證供應足夠的糖漿。
可口可樂最貴的成分就是糖。多年以來，糖的批發價一直在每磅5美分左右徘徊，而到1917年5月的時候，價格上漲到8美分，這就需要給每加侖糖漿加價5美分。薩姆·多布斯要求瓶裝公司多支付一些，但哈羅德·赫希不同意，因為可口可樂公司與瓶裝公司簽訂過合約，不得提高可口可樂的價格，這就大大限製了可口可樂公司的手腳，使其無法發展。赫希建議采用靈活的外交策略，而非強硬的軍事命令。於是，薩姆·多布斯飛到查塔努加，與喬治·亨特商討這個問題。亨特是瓶裝商本傑明·托馬斯的外甥，自從托馬斯1914年去世以後，亨特就接管了托馬斯公司。經過一番商議，也鑒於戰爭時期的“特殊情況”，亨特同意在必要的時候暫時漲價。
第二年1月，霍華德·坎德勒決定終止回扣方案，一方麵是想阻止大量購買：可口可樂公司以前總是抱怨市場太小，可口可樂無地可銷，現在，可口可樂第一次乞求瓶裝商千萬別再開發新市場，因為可口可樂實在是供不應求了；另一方麵是想躲避他預感即將來臨的聯邦貿易委員會的起訴。1918年2月15日，聯邦貿易委員會案件最終開始審判，就連聯邦貿易委員會的委員們都缺乏十分有力的證據反對可口可樂公司。1919年11月17日，案件被迫撤銷。就在這個月，霍華德發表聲明說，工廠開始停產，直到新的糖原料送到為止。應美國政府的要求，軟飲料生產商都把生產量減少了一半，但是，就是這一半的生產量他們也無法完成，因為砂糖實在無法買到。
然而這一切對可口可樂生意的影響並沒有想象的那樣大。1916年，可口可樂糖漿的銷量接近1000萬加侖，1917年，這個數字上升到1200多萬加侖，1918年，又下降到1000萬加侖。雖然可口可樂總的需求量在穩步上升，但是由於不能提供足夠的糖，可口可樂明顯失去許多生意。在美國絕大多數的冷飲店沒有可口可樂賣，店主就用其他飲料代替可口可樂來賣，這樣就滋生了大量的冒牌貨的出現。
戰爭對可口可樂公司的又一個打擊就是稅收的增多。生產量減少，利潤隨之下降，可是，美國政府並不因此而減稅，反而加收10%的稅，這樣一大筆稅款可口可樂沒有能力承擔下來。約翰·坎德勒在美國參議院財政委員會作證時聲明，反對向軟飲料征收10%的特別稅。他說：“我的客戶都願意付稅，他們也希望付稅，並無意逃稅。但是經營利潤如此之低，使得可口可樂公司不能接受這項稅收提議。”