在早期的經營中，托馬斯率先賣掉瓶裝廠一心一意地經營瓶裝帝國，懷特海德也在兩年後跟著這麼做。很多經營策略都是托馬斯率先提出並實施的，懷特海德隨之趕緊學習、效仿。
1901年春天托馬斯寫信給懷特海德，為他“如波似濤”的銷量祝賀。同時他還宣布，托馬斯區域的月銷售量很快就可以達到3000箱，銷售前景一片大好，穩定的利潤也是指日可待的。托馬斯深信發放免費兌換券是使生意走上快車道的最佳途徑，但是這樣做需要大量的廣告，包括在路麵電車、張貼欄、日曆、免費饋贈的碟子、盤子、海報上打廣告，還要製作鐵質、薄棉布和油布廣告。托馬斯在央求弗蘭克·魯濱遜多給些路易斯維爾的購買點廣告的信中寫道：“這是我們經營過的第一個真正的大城市”，因為“我們希望在很短的時間內到400～500個地方發放我們的廣告”，手頭現有的100多個廣告顯然不夠用。盡管他在查塔努加已經有了200個銷售點，但這尚不足路易斯維爾的1/6.
在生意較為冷清的冬季托馬斯也沒有閑著，他勸說他的瓶裝商們混進小學去，趁孩子們下課的時候分發免費筆記本。瓶裝商告訴托馬斯哪份報紙發行量最大，他就在哪份報紙上打廣告。雖然懷特海德和托馬斯沒有在所有問題上達成共識，但是他們一直都保持聯係，並交流戰略計劃心得。托馬斯使用什麼營銷方法，懷特海德也亦步亦趨地跟在後麵這樣做。事實上，他們倆都雇用了鐵路工人做兼職可口可樂推銷員，於是，在火車上和在運輸列車到達之前的站台上，開始有人銷售瓶裝可口可樂了。
不過，兩人做得最好、配合得最默契的行動還是和可口可樂公司修訂合同。1901年秋天，阿薩·坎德勒開始後悔自己當初承諾為瓶裝商承擔廣告費用，因為無數的經銷商和瓶裝商向魯濱遜提出要求，要在電車上做廣告，還要使用昂貴的德國平版印刷術，並製作記事簿、小玩意兒及其他能夠想象出來的各種小禮品。與此同時，瓶裝商們也由於公司送來的糖漿總是誤點而牢騷滿腹。另外，瓶裝商們對他們與瓶裝廠簽訂的合同條款也相當不滿意。很明顯，每一個瓶裝廠都聘請一個監督員是不切實際的，更何況由瓶裝商直接派駐瓶裝廠的員工會惹來瓶裝廠的強烈反感，因為瓶裝廠總感覺瓶裝商在他們中間安插了奸細。最後，瓶裝商們也意識到，如果一味堅持要求瓶裝廠返還一半的利潤，他們可能會把瓶裝廠逼向破產倒閉的境地。
基於以上原因，懷特海德和托馬斯在1901年11月與可口可樂公司達成了新的協議。根據新協議的規定，可口可樂公司給予瓶裝商每加侖10美分的折扣，並由瓶裝商自己負責進行廣告促銷。糖漿的價格定為每加侖90美分，由瓶裝商支付每加侖糖漿10美分的廣告費用——但他們馬上把這筆廣告費轉移給了實際的瓶裝廠。與此同時，托馬斯和懷特海德不再派遣員工（或者說是間諜）到每個瓶裝廠行使監督責任。他們也不再提取瓶裝廠一半的利潤，而是按照每箱6美分或者每瓶0.25美分的標準收取特許權使用費。假如可口可樂的需求量持續增長，這表麵上看起來很小的費率可以使瓶裝商們在短短幾年內就變成百萬富翁，同時也可以確保瓶裝廠、批發商和零售商們獲得豐厚的利潤。
瓶裝廠獲得高額的利潤還因其使用童工和在可口可樂中摻假。瓶裝廠以盡可能低廉的成本替換基層主管，他們一般的做法就是雇用童工。1902年，托馬斯也幫他的瓶裝廠找了一個有責任心並且非常廉價的助手，他是一名黑人男孩，每周隻要4美元薪水。盡管未來的工資會稍微上漲一點，但是在可口可樂瓶裝廠裏從事單調乏味的手工活的勞工們從來就沒有拿到過體麵的薪水。後來幾年，由於工廠的噪音和手工活的極度枯燥，很多工廠都開始以低得不能再低的工資雇用聾啞工人。正如馬克思所說：“資本來到世間，從頭到腳，每個毛孔都滴著血和肮髒的東西。資本主義的發展史就是資本剝削勞動、列強掠奪弱國的曆史……”
托馬斯也是這樣一位資本家。托馬斯與可口可樂公司修改了合作協議之後，繼續和往常一樣尋找各種生意場上的捷徑。他逐漸開始在自己的糖漿裏摻假，這是所有品性端莊的可口可樂人都嗤之以鼻的一種行為。1901年9月，托馬斯從默克公司訂購了10英鎊糖精做實驗。第二年1月的時候托馬斯給他的瓶裝廠送了一份加密的“簡易糖漿”秘方。由於裏麵加入了適當比例的焦糖色、磷酸和糖漿，瓶裝廠可以用1加侖的糖漿生產出144瓶可口可樂。在緊接著的幾個月裏，托馬斯致力於研究這個新糖漿混合物的比例，因為它與正宗的可口可樂在顏色、酸度和甜度等方麵隻有很微小的差異。托馬斯在致匹茲堡瓶裝廠的信中說：“我認為，把你的可口可樂變得甜了一點並沒有什麼錯……我保證變甜後的可口可樂味道會更好。”他還繼續說，“由於酸度不同，口味也會改變”。