目前實行的農村合作醫療製度，從合作範圍和管理方式看可分為鄉辦鄉管、村辦鄉管、鄉村聯辦以及村辦村管四種類型。從合作的內容看，主要有合醫（指診斷、注射、換藥、掛號等醫療費用）不合藥（指藥費）、合藥不合醫，合醫又合藥三種類型，不少地方的製度對於報銷起點和封頂線都有規定。
雖然中央和地方各級政府一再強調合作醫療製度對農村居民的醫療保障具有重要意義，但在實際實行過程中農民的反應並不積極，合作醫療的推行也時起時落，能夠堅持實行合作醫療製度的地方多是以村鎮兩級強大的公共財政補貼為後盾。據統計，1998年合作醫療製度的人口覆蓋率在高收入地區達22.2%，但在中等和欠發達地區僅為1%～3%。對大多數農村人口而言，家庭和人際關係網仍然是抵禦疾病風險的主要屏障。遠未實現1986年我國政府提出的“到2000年人人享有初級衛生保健”的目標。
（三）對我國農村合作醫療製度的功能評價
農村合作醫療製度在集體經濟時代被認為對滿足廣大農民的基本醫療需求發揮了巨大的作用，經濟改革以來雖然明顯衰落政府主管部門也因其是“適合我國國情的農民醫療保障製度”而加以重建並大力推行相關的製度試驗。然而現在農村合作醫療的進展卻十分緩慢。有研究指出，“合作醫療製度實際上在人民公社最穩定的時期就難以為繼”，而最主要的原因是其“自身缺少製度可持續性”。撇開實施過程中人為因素造成的不公平，合作醫療本身的製度設置使其存在兩個重要的功能缺陷：
1.合作醫療的製度設置使其缺乏吸引力而難以推廣。由於農村合作醫療一般隻在村一級範圍實行，財政基本無投入，其實質是將醫藥費用在健康人群和患病人群之間進行再分配，這就意味著並不是所有的參加者都會從中受益，所以不能實現較高的繳費水平。另一方麵，該製度集資範圍狹窄，致使其難以有效分散大病風險，對大病患者高額醫療費用的補償也很有限。從經濟理性出發，這一製度缺乏對參加者的吸引力。
2.實行合作醫療製度的社會效益不甚理想。顯而易見，實際患病人群和低收入人群並不一定重合，所以合作醫療難以實現對農村社會弱勢群體的保障。事實上，高收入者一般具有更強的醫療保健需求能力，所以合作醫療可能使有限的村公共財政補貼流向較高收入人群，甚至讓高收入者從低收入者手裏獲取醫療補貼，不利於促進社會公平，從而影響了該製度的社會效果。