在選舉袁世凱為臨時大總統的同時，南京參議院根據孫中山辭職谘文中的建議，經過前後兩次辯論，通過了設臨時政府於南京的決議。建都南京或北京，是當時革命與反革命之間都看作有極重大意義的問題。孫中山建議建都南京的本意是要袁世凱離開其根深蒂固的巢穴，企圖把建都南京作為約束袁世凱的一種辦法。袁世凱當然不願意離開他的軍閥勢力盤據的北方而南下。他在2月21日致孫中山的電文中曾用威嚇的口吻說明他不願離開北方的理由：“北方軍民，尚多分歧，隱患實繁，皇族受外人愚弄，根株潛長，北京外交團向以凱離此為慮，屢經言及。奉、江兩省，時有動搖，外蒙各盟，迭來警告，內訌外患，遞引互牽，若因凱一走，一切變端立見，殊非愛國救世之素誌；若舉人自代，實無措置各方麵合宜之人，然長此不能統一，外人無可承認，險象環集，大局益危。反複思維，與其孫大總統辭職，不如世凱退居……今日之計，惟有由南京政府將北方各省及各軍隊妥籌接收以後，世凱立即退歸回裏，為共和之國民……”這電文充分顯露了袁世凱的凶惡本相：從袁世凱以去就力爭不願離開北方這一點看出他與北方軍閥勢力血肉相連的關係；從動以帝國主義之意見相要挾，更清楚地說明袁世凱政權對帝國主義的依附關係。孫中山也把“爭都”問題看作是嚴重的政治鬥爭，因而南京臨時政府並沒改變決議，依然按照2月18日所決定，派蔡元培、宋教仁等八人為迎袁專使，北上迎袁。袁世凱在這個他認為是重大的問題上，又施展其訓練有素的政治“機智”，他一麵盛大歡迎專使，並且裝做準備立即南下的樣子，甚至把南下的路線都規劃出來了；一麵密令他的親信部隊發動兵變，製造恐怖，以證實他所宣布的不能離開北京的理由。2月29日晚8時，袁世凱的親信部隊第三鎮在北京發生兵變，東安門外及前門外一帶火光燭天，搶掠達旦，商民被害者數千家，“招待所亦有兵士縱槍，毆門而入，擄掠一空”，專使僅以身免。第二天，通州、天津、保定又發生類似事件，並放出空氣說：袁總統尚未離北京，已經鬧得這個樣子，若真離去，恐釀大亂。曾有人認為兵變並非袁直接操縱，隻不過是他利用了這一偶然時機，但後來在唐紹儀的記敘中揭露了這一點，他說：“當時兵變發生，南京代表束手無策，促予黎明訪袁。予坐門側，袁則當門而坐。曹錕戎裝革履推門而入，見袁請一安，曰：報告大總統，昨夜奉大總統密令，兵變之事已辦到矣。側身見予，亦請一安，袁曰：胡說，滾出去。予始知大總統下令之謠不誣。”而當時袁世凱致孫中山電中卻稱：“昨夕駐城內之第三鎮兩營，誤信謠言嘩變。城內外街市，縱火焚燒，肆意搶掠，已經彈壓，秩序恢複。蔡專使所駐法政學堂，適在變亂區域，亦遇搶掠之災。蔡專使等均行逃避，幸未及難，今已移寓於六國飯店。事出倉猝，又係夜間，以防範未周，不勝抱歉，並派員照料一切，嚴懲亂兵，希勿聽謠言。”兵變時，帝國主義列強也配合行動，不僅京津各國駐兵紛紛出動，日本軍隊也在葫蘆島登陸。迎袁南下的專使更為這種聲勢所迷惑，致電南京：“北京兵變，外人極為激昂，日本已派多兵入京，設使再有此等事發生，外人自由行動，恐將不免，培等睹此情形，集議以為速建統一政府，為今日最要問題，餘盡可遷就，以定大局雲。”同時，北方軍閥也出麵支持袁世凱在北京就任，並發表聯合通電，聲稱：“臨時政府必設立於北京，大總統受任暫難離京一步”。由於內外各方麵這種協力配合，最後南京臨時政府也同意袁世凱在北京就任，袁世凱仍然留在他的巢穴――北洋軍閥的發祥地直隸。3月10日，袁世凱在迎袁專使參加下於北京宣誓就任中華民國臨時大總統。革命與反革命在爭都問題上的鬥爭，反革命方麵占了上風。
在袁世凱就職的次日，孫中山公布了由南京參議院經過32天討論後通過的《臨時約法》。它是舊民主主義革命理想和製度的代表，是辛亥革命的一個重要成果，其目的是借以限製袁世凱和以後的當權者。《臨時約法》規定：“中華民國由中華人民組織之”，“中華民國之主權屬於國民全體”。還規定中國人民有人身、居住、財產、言論、出版、集會、信仰等自由；有選舉、被選舉、訴訟、請願等權利。這些都說明《臨時約法》具有很大程度的舊民主主義的民主精神。但是，這個約法如果不以強大力量來行使，人民是得不到這些權利的。