朱元璋篤信佛教，對每位王子都指派一名高僧輔佐。輔佐燕王的高僧叫作道衍，就是大名鼎鼎的姚廣孝。他對朱棣說：“大王若讓我侍奉，我奉一白帽與大王戴。”這是一句隱語。“王”字之上加一頂“白帽”，就是皇帝的皇。朱棣聽後心領神會，不禁大喜過望，遂把道衍收在身邊。道衍又向朱棣推薦了一名術士叫袁珙。朱棣曾身穿衛士服，與9名衛士一起到酒店買酒，讓袁珙辨認。結果袁珙一眼就認出來了。
朱元璋死後，朱允火文繼承了王位，朱棣的奪權行動也在加緊進行。他表麵上稱病不出，暗地裏卻利用燕王府高庭深院的便利條件，日夜練兵。他還在地裏挖了個大洞，在裏麵秘密地打造兵器。另外，為了蒙騙朝廷，朱棣還裝瘋賣傻，滿街亂跑，見了人家的酒奪過來就喝，見了人家吃東西搶來就吃，甚至有時候臥在土中，整日也不起來。
建文元年六月，朱允火文密令逮捕朱棣，朱棣用計擒殺了執行此任務的北平左布政使，起兵反抗中央，即是曆時四年之久的“靖難之役”。
建文四年的五月，朱棣攻到南京城外。建文帝見大事不好，仰天長歎，想要自殺，這時少監於铖走上前來，向建文帝跪進一隻箱子，說是高皇帝朱元璋臨終時留下的，高皇帝吩咐如臨大敵才可以打開。建文帝一看是祖父留下的東西便放聲痛哭。這隻大紅箱子四周用鐵圍固得很牢，連鎖內也灌了鐵。翰林院編修程濟砸碎了鐵箱，隻見裏麵放著三張度牒，分別寫著三個名字：應文、應能、應賢。另外還有袈裟、僧帽、剃刀等物以及10錠白金。“應文”“應能”“應賢”指建文帝以及跟隨他的兩個近臣楊應能及葉希賢。這三人一看，自是天數難違，遂剃發從後宮密道逃走。
據《明史》記載，正統五年時，有僧從雲南來到廣西，自稱是建文皇帝年老倦遊而歸，請求歸葬祖墳。這時他已年愈90，真假一時難以分辨。明人關於建文帝下落的記載還有很多，但不可盡信。其中有一說認為建文帝蹈海而去，所以成祖時有鄭和下西洋之行。
靖難之役結束後，朱棣從自己侄子手裏奪取了天下，終於在王字上加上白帽，住進南京皇宮。但是，朱棣總覺得住在南京很不自在。同時，自從他離開北京，北方邊疆空虛，對國家安全不利。於是，朱棣便力排眾議，下決心遷都到北京，並且以南京和鳳陽的紫禁城為模型，建造了舉世聞名的北京紫禁城。
午門斬首血漂杵，血雨腥風紫禁城
在朝鮮的《李朝實錄》中，有一段關於永樂皇帝朱棣死後令妃嬪殉葬的情形的描寫，催人淚下。在永樂時，朝鮮女子韓氏、崔氏被選入明宮為妃。永樂帝死後，朝廷命令她們和另外14人一起殉葬。在殉葬的當天，先讓這些要死了的女子吃飽，然後把她們領到指定的房間內準備就死。這時，繼位的皇太子朱高熾還假惺惺地前來與為他父親殉葬的妃嬪們訣別。韓氏苦苦地請求新皇帝饒她一命，放她回國侍奉老母，但遭到拒絕。在房間裏安著一個小小的坐床，妃嬪們站在床上，把頭套在懸在梁上的繩扣裏，活活吊死。韓氏臨死，眼望著陪她入宮的乳母金黑哭道：“娘，吾去了！娘，吾去……”話還沒有說完，太監就將腳下的坐床撤掉，韓氏頓時氣絕身亡。
在明初的紫禁城宮殿裏，幾乎沒有供奉先朝皇帝遺孀的宮院，這顯然與妃嬪的殉葬製度有關。後來英宗之後的成化期間，太後、太妃的宮院才在外東路、外西路陸續出現，並漸漸多起來，人們戲稱其為“寡婦院”。
明英宗朱祁鎮因為好大喜功，“禦駕親征”來侵犯邊界的蒙古瓦剌部，結果兵敗被俘，在蒙古草原上過了一年的階下囚生活。據說他每夜在草原上仰望蒼天，痛哭流涕，然後才昏昏睡去。因為受到草地上的風寒濕氣，致使他一條手臂麻痹傷殘。有過這段痛苦的經曆以後，英宗開始認識到人生的艱難，比較懂得寬厚待人的道理。所以在他臨終前的“遺詔”裏，命令從此以後廢止宮妃殉葬製度。
明宮裏處置大臣也非常殘酷。永樂皇帝朱棣在攻下南京以後，曾讓人把著名文人方孝孺找來，幫助起草即位詔書，以借助方孝孺的影響，收服天下讀書人。可是方孝孺寧死也不屈從。朱棣大怒，令人用刀把方孝孺的嘴剖開，一直拉到耳根。
朱棣在北京建都以後，對於不服從他的大臣，一律采取殘酷的刑罰。兵部尚書鐵鉉在朱棣揮師南下時，曾在濟南孤城死守。朱棣捉拿到鐵鉉後，先命人割下鐵鉉的耳鼻，又割下鐵鉉身上的肉，放在火上燒了，強行塞到鐵鉉的嘴裏，並且邪惡地問：“香甜嗎？”鐵鉉憤怒地回答道：“忠臣孝子之肉，有何不甘甜！”凜然之氣，震驚了在場的所有文武官員。