從總體色彩看，也同總體布局一樣反映著五行思想。紫禁城宮牆，殿柱所以采用紅色，是因為紅屬火而火主“光明正大”；屋頂采用黃色，是因為黃屬土而土居中央，表示皇宮至尊至大，居於天地之正中；皇子居住的南三所不但地處皇宮東側，連瓦頂也是綠的，號稱“青宮”，從木從春，象征青少年成長和蓬勃向上；而用來藏書的文淵閣采用黑瓦，也不用紅牆而改為黑磚牆壁，這是因為黑色代表水，水克火，是希望易燃的圖書免於火災的意思。而紅色代表火，是故在藏書樓便不宜采用了。在紫禁城中軸線北端禦花園的天一門，其方位即是水位，其牆也用黑色，同樣是希望整個皇宮免受火災的意蘊。
現在從天安門至端門兩側的樹，明顯地是後來新栽。這是因為南方從火，而木又生火，所以在明清兩朝，從三大殿到午門、天安門，都不植樹。
天下第一泉彙成金水河：生王脈以定大業
北京紫禁城東南部養心殿院內有一口大庖井，據傳是宮中數十口水井中年代最久遠的。令人稱奇的是在北京地下水位嚴重下降，甚至在許多地方出現“地下水漏鬥”和“地裂縫”的今天，這口井仍泉水充足，不升不降，一時成為人們竟相談論的話題。論起這口井的來曆，就得從元世祖忽必烈建造大都城時，命劉秉忠和他的弟子郭守敬進行風水堪輿說起。
劉、郭兩人經過縝密細致的踏勘，認為要永保江山穩固，尚需經地上、地下引兩條“脈絡”至京城和皇宮，這就是金水河與大庖井。
這兩條“生王脈以定大業”的明暗兩水均引自號稱“天下第一泉”的玉泉山泉水。地上部分用人工開鑿的河道引入京城，經今太平橋大街南行，東轉，再經今西四南大街的甘水橋，流到大內正門崇天門前的“周橋”，然後東流並入今南、北河沿即當今的通惠河。這條河流按五行中西方“金”的方位，稱為“金水河”。
當時嚴格規定：金水河的水是絕對神聖的，不準在水中洗濯，不準飲馬，不準民間飲用。如果從水源和漕運角度看，另外一條自京北浮泉引水連通大運河的“通惠河”更為重要，但就是由於它沒有“生王脈”的重任，所以遠不如金水河顯赫和神聖。
大都宮殿地下脈絡的引用更是匠心獨運，其泉脈也是來源於玉泉山，隻不過是以伏流形式進入京城。當時身為水利學家的郭守敬探清了這股伏流的來龍去脈，從而建議把宮殿建於其上。大庖井當是劉、郭二人堪輿時，調查此處水文情況時開鑿使用的。近年故宮博物院在這一帶實施地下工程，在文華殿西側開挖時，地下很淺便水流不止，進一步證實了伏泉的存在。乾隆皇帝曾鑒定京師諸泉，言大庖井水質之純，僅次於玉泉山泉水，並推測二者可能是一脈相通。在元代該井處於大內南門東側禦膳亭內，供皇帝飲食使用。明代改建紫禁城時，在這條水脈上由元大內稍向東南移動，大庖井被包在宮內，並成為明清兩宮祭祀“龍泉井神”的聖地。
王脈既定，皇帝的禦座宮殿所在位置，即大都城的中央子午線，也就可以確定下來。
《析津誌》記載：“世皇（指元世祖忽必烈）經都之初，問於劉太保秉忠，定大內方向。秉忠以麗正門外第三橋南一樹為方以對。”
樹茂密的方向，當然可以肯定就是龍脈的方向了。這條流經麗正門裏，崇天門外的金水河，從此成為風水要示的以河流為橫軸的橫向規劃線。元代著名石雕藝術家楊瓊負責設計的“周橋”就橫跨在金水河上。現存故宮太和門西廡後的逝虹橋，就是當年“周橋三虹”中的一虹。
西移元廷子午線，位於白虎主凶煞
明太祖朱元璋推翻元朝之後，雖然對元大都城和元代宮殿是保護的，但元朝既亡，賴以庇佑元朝江山“世代永固”的風水格局，自然斷無繼續存在之理。通過內戰奪得自己侄子建文帝王位的永樂皇帝朱棣，在下決心遷都北京後，更是處心積慮地設法毀掉元朝苦心營建的“風水”。周橋上的禦道盤龍石被鑿掉，連金水河的地位也被廢除。當時位居翰林大學士的宋訥曾有詩雲：“禦橋路壞盤龍石，金水河成飲馬溝。”明朝更將元代的中央子午線西移150米，使其處於主凶煞的“白虎”位置，以示其滅亡。
在破壞元朝風水的同時，朱棣又指派當時的禮部尚書趙羽中、堪家廖均卿等通曉風水的人士到四處察勘，後來又親自到現場實地考測，選定北郊昌平州的黃土山作為王脈所在，一並封此山為“天壽山”，也叫“祖山”。