本來，胡喬木作為毛澤東的政治秘書，“文革”原來不會“革”到他頭上的。他被劃入“另冊”，大體上有幾樁原因：
第一，毛澤東抨擊中宣部是“閻王殿”，而他一直擔任中宣部副部長；
第二，那樁影片《清宮秘史》公案；
第三，那樁《海瑞罷官》公案。
《海瑞罷官》的“黑後台”
眾所周知，“文革”的序幕，是由1965年11月10日上海《文彙報》發表姚文元的“宏文”《評新編曆史劇〈海瑞罷官〉》而揭開的。
細細追究起來，最初鼓勵吳晗寫海瑞、歌頌“海瑞精神”的，竟是胡喬木！
對於這一點，吳晗本人說得非常清楚。郭星華曾回憶在1966年3月和吳晗的談話：
“有一次，當我們談起寫《海瑞罷官》這一劇時，吳晗同誌對我說：‘寫海瑞是喬木同誌約我寫的，說毛主席提倡海瑞精神，我是研究明史的，應該寫。’”
《海瑞罷官》成了“文革”的導火線；約吳晗寫海瑞，也就成了胡喬木倒台的導火線。其實，號召向海瑞學習、提倡海瑞精神的，是毛澤東。1959年4月，中共八屆七中全會在上海召開期間，毛澤東觀看了湘劇《生死牌》，劇中有著“南包公”美名的海瑞上場，引起了毛澤東的興趣。毛澤東囑坐在身邊的秘書田家英去借《明史》，他說：“我想看一看《海瑞傳》。”4月3日晚，毛澤東細讀《海瑞傳》，極有興味。翌日上午，毛澤東在大會上談起了海瑞的故事。毛澤東說：“盡管海瑞罵了皇帝，但是他對皇帝還是忠心耿耿的。我們應當提倡海瑞這樣一片忠誠而又剛直不阿、直言敢諫的精神。”向來很注意宣傳毛澤東思想的胡喬木，聽了毛澤東的這番話，就覺得應該寫一篇《海瑞罵皇帝》，在《人民日報》上發表，以便全黨、全民都從中領會毛澤東對海瑞的評價和推崇。找誰寫呢？他想起了明史專家吳晗。於是，向吳晗傳達了毛澤東講話的精神。
吳晗對明史爛熟，又是快筆頭，迅即揮就《海瑞罵皇帝》一文。《人民日報》於1959年6月16日刊出此文，署名“劉勉之”——吳晗的筆名。
此後，毛澤東又多次提倡海瑞精神。他勸周恩來也看看《明史·海瑞傳》，並對周恩來說：“我們又不打擊又不報複，為什麼不敢大膽批評，不向別人提意見？明明看到不正確的，也不批評鬥爭，這是庸俗。不打不相識嘛！”
於是，吳晗又寫出《論海瑞》一文。隻是稿子送到時，胡喬木上廬山了。
在廬山上，麵對彭德懷、張聞天等尖銳的正確意見，毛澤東不僅聽不進去，而且發動了反擊，把他們打成“反黨集團”。這時，毛澤東雖說近乎“葉公好龍”，但仍在提倡海瑞精神，隻是忽地又把海瑞分為“左派海瑞”“右派海瑞”兩類。
毛澤東是這樣說的：
“我又提倡海瑞，又不喜歡海瑞。有一半是真的，右派海瑞說的不聽。我是偏聽偏信。隻聽一方麵的。海瑞曆來是左派，左派海瑞我歡迎。現在站在馬克思主義立場批評缺點，是對的，我支持左派海瑞！”
毛澤東把海瑞分為“左派海瑞”“右派海瑞”，是非常牽強的。不過，他所說的“我又提倡海瑞，又不喜歡海瑞”，倒是實話，他確實處於這樣矛盾的心理之中。
胡喬木下山後，讀了吳晗的《論海瑞》，向他轉告了毛澤東關於海瑞的最新論述。於是，吳晗在文末，添了一段“蛇足”一般的話：
“有些人自命海瑞，自封‘反對派’，但是，他們同海瑞相反，不站在人民方麵不站在今天的人民事業——社會主義事業方麵，不去反對壞人壞事，卻專門反對好人好事，說這個搞早了，搞快了，那個搞糟了，過火了，這個過直了，那個弄偏了，人有缺點，那個有毛病，太陽裏邊找黑子，十個指頭裏專找那一個有點毛病的，盡量誇大，不及其餘，在人民群眾頭上潑冷水，泄人民群眾的氣。這樣的人，專門反對好人好事的人，反對人民事業的人，反對社會主義事業的人，不但和曆史上的海瑞毫無共同之點，而且恰好和當年海瑞所反對而又反對海瑞的大地主階級代表們的嘴臉一模一樣。廣大人民一定要把這種人揪出來，放在光天化日之下，大喝一聲，不許假冒！讓人民群眾看清他們的右傾機會主義的本來麵目，根本不是什麼海瑞！”
《論海瑞》一文加上了批判“右傾機會主義”的“尾巴”，也就在1959年9月21日《人民日報》發表了。
此後，吳晗“再接再厲”，寫出了新編曆史劇《海瑞罷官》。
吳晗萬萬沒有想到，江青視《海瑞罷官》為眼中釘。她和張春橋、姚文元密謀，炮製了那篇“大批判文章”《評新編曆史劇〈海瑞罷官〉》。
在那年月，什麼事情都講究“揪黑後台”。胡喬木自然也就成了《海瑞罷官》這“大毒草”的“黑後台”，於是乎在劫難逃了！
和毛澤東的最後一次談話
1966年4月10日，以中共中央文件名義印發了《林彪同誌委托江青同誌召開的部隊文藝工作座談會紀要》。“文革”緊鑼密鼓聲，震撼著華夏大地。
這時，胡喬木在杭州療養。毛澤東也正在杭州：1966年4月16日至26日，毛澤東在杭州召開中共中央政治局常委擴大會議，為發動“文革”做準備。
也就在這時，一班“筆杆子”聚集在上海錦江飯店後樓，忙於起草《五一六通知》。起草小組名義上由陳伯達、康生、江青主持。由於陳、康要在杭州出席政治局常委擴大會，起草工作實際上由江青主持。“秀才”張春橋、吳冷西、王力、關鋒、戚本禹、尹達、穆欣、陳亞丁等為起草小組成員——再也沒有胡喬木的份。
最為忙碌的要算江青的心腹張春橋了。《通知》每改一稿，張春橋便派人直送杭州毛澤東。毛澤東作了修改，又派人直送上海張春橋。隨著《五一六通知》的下達，“文革”正式揭幕了，中國大地卷起了大字報狂潮。
就在毛澤東如此忙碌的時刻，胡喬木求見毛澤東。因為胡喬木已經接到通知，要他回北京，參加“運動”。他預感著不祥。知道毛澤東也在杭州，希望見一次，談談心裏話。
往昔，作為毛澤東的政治秘書，胡喬木見毛澤東是很容易的。隻消打個電話，寫張條子，就能見到。如今不比往昔。胡喬木求見，不知什麼原因，遲遲未見答複。
不予答複，也許意味著毛澤東不願見他。於是，胡喬木打點行裝，與夫人穀羽以及秘書、警衛坐一輛小轎車，悵然離開杭州，前往上海，計劃由上海回北京。
轎車剛剛抵達上海，忽地從杭州打來電話，說是毛澤東要接見胡喬木。
急匆匆，轎車掉頭，又從上海重返杭州。
見麵時胡喬木思路全亂了，原來要向毛澤東訴說的一些話，都沒有說出來。