6月12日，毛澤東在會上講話，談了他的感想並代表中央承擔了“大躍進”以來錯誤的責任。他說：我們錯就錯在不該把關於彭、黃、張、周的決議，傳達到縣以下。應該傳達到縣為止，縣以下繼續貫徹鄭州會議紀要、上海會議十八條的精神，繼續反左。一反右，就造成一個假像，可好了，生產大發展呀，其實不是那樣。搞下去就整出了許多右傾機會主義分子。現在看是犯了錯誤，把好人、講老實話的人，整成了右傾機會主義分子，甚至整成了反革命分子。毛澤東還說：“一平二調”的徹底解決，是從發出十二條指示開始的。十二條指示，在執行中發生了一個錯誤，就是隻搞了三類縣、社、隊，其他一類、二類放過了，沒去動。現在一查那些地方“五風”可厲害了。所以，這一次中央文件、中央指示上決定，不管一、二、三類縣、社、隊，都要普遍地整“五風”，在劫者難逃（少奇同誌插話：堅決、徹底、全部退賠）。毛澤東接著說：現在幹部中有一些人似乎摸到了一點“規律”，以為整“五風”大概整個把年時間，“風”就過去了，就沒事了。我們可不能這樣搞。毛澤東又一次強調：一定要搞好調查研究，一定要貫徹群眾路線；要堅決退賠，但不要恩賜觀點。還有一個，是平反和處罰。凡是冤枉的人都要平反，冤枉了也不好。他還談到當時的形勢，說：經過三月廣州會議、五月北京會議，今年的形勢跟過去大不相同了。現在同誌們解放思想了，對於什麼是社會主義，怎樣建設社會主義的認識，大為深入了。為什麼有這個變化呢？一個客觀原因，就是1959年、1960年這兩年碰了釘子。並說：社會主義經濟建設的客觀規律，你違反了它，就一定要受懲罰。我們就是受了懲罰，最近三年受了大懲罰，要檢討。
根據毛澤東的講話精神，6月15日中共中央發出《關於討論和試行農村人民公社工作條例修正草案的指示》，分別就調查研究、群眾路線、退賠、甄別平反等問題作出了規定。6月19日，中央又專門發出《關於堅決糾正平調錯誤、徹底退賠的規定》，對退賠問題作了進一步的具體規定，要求各級黨組織必須下最大的決心，堅決糾正平調錯誤，徹底進行退賠。
《六十條》修正草案在試行過程中，得到了廣大農民群眾的歡迎。到8月份，社隊規模已普遍劃小，平調財物的退賠已經部分兌現，用行政命令組織起來的食堂大部分解散，許多其他政策規定也基本得到了落實，廣大社員的生產積極性有了相當的提高。
《六十條》修正草案是黨中央和毛澤東重新倡導實事求是傳統和大興調查研究之風得出的一個重要成果。它集中了全黨的智慧，體現了毛澤東當時的農業政策思想。它使得1958年公社化以來，農村政策中的許多弊端得到了相當程度的克服。對於穩定農村扭轉農業局勢以至整個國民經濟的困難局麵，起到了積極作用。當然，這個修正草案也有它當時難以避免的局限性，其中一些條文規定還有待於進一步完善。
單位終於下放到生產隊
《六十條》修正草案通過並試行後，毛澤東繼續關注貫徹的情況和調查了解農村中尚存在的問題。
8月23日至9月16日，中共中央在廬山召開工作會議，著手係統地解決工業、教育、科學等戰線的問題。毛澤東雖然對《六十條》修正草案下發後農業很快開始好轉感到高興，但他認為農村工作中還有一些需要解決的政策問題。因此，會議第一天，他在召集中央和各地區的負責人開會時，就問起貫徹《六十條》修正草案後農村的情況。當大家說到現在農村的情況好一些了時，毛澤東說：是不是好一些了？當然，現在不搞“幾高”了——高指標、高估產、高征購。中南的同誌談到六十條主要解決了生產隊的問題，但土地、耕畜、勞力等都歸生產隊所有，而分配則是以生產大隊為單位，這樣所有製與分配有矛盾。毛澤東說：這個問題應加以研究。其實，這個矛盾毛澤東在三月廣州會議時就已察覺，並一直在考慮如何解決。
9月26日，毛澤東聽取了山東、河北省委的工作彙報，內容主要是實行分配大包幹問題。（即以生產隊為核算單位，河北等省一度稱之為分配大包幹——筆者注）毛澤東說：這是個大問題。不以腳為基礎，以腰為基礎，鬧平均主義，腳去生產，腰在分配。在聽了河北省研究和試辦大包幹的過程後，毛澤東說：廣州會議時河北要全省實行小隊核算，山東開了個座談會，提出了這個問題講所有製，名義在大隊，實在小隊。生產在小隊，分配在大隊，這不是矛盾嗎？在廣州開會時，批了一個文件，讓大家議一議，大家議的結果都不讚成……什麼叫隊為基礎，就是以現在生產隊為基礎，就是過去的小隊。三級所有，基礎在隊，在腳。這樣搞上十年、八年，生產發展了就好辦了。小隊的八權，再加上兩個，一是牲畜農具，二是分配權。這裏，毛澤東雖然沒有明確提出基本核算單位下放，但意見已很明朗。
此後，毛澤東又閱看了湖北、河北、山東、廣東等省的一些材料，對究竟是以生產大隊為基本核算單位還是以生產隊為基本核算單位好，還是以生產隊（即原來的生產小隊）為基本核算單位的問題，作了反複思考。9月29日，他給中央政治局常委及有關同誌寫信，並附去他親自作的邯鄲談話會議記錄和幾個省有關這個問題的材料，明確提出將基本核算單位下放到生產隊的建議。他寫道：“這些材料表明：我們對農業方麵的嚴重平均主義的問題，至今還沒有完全解決，還留下一個問題。農民說，六十條就是缺了這一條。這一條是什麼呢？就是生產權在小隊、分配權卻在大隊，即所謂‘三包一獎’的問題。這個問題不解決，農、林、牧、副、漁的大發展即仍然受束縛，群眾的積極性仍然要受影響……我的意見是：‘三級所有，隊為基礎’。即基本核算單位是隊而不是大隊……我以為非走此路不可。在這個問題上，我們過去過了六年之久的糊塗日子（從1956年高級社成立時起），第七年應該清醒過來了吧。”10月7日，毛澤東親自修改的中央《關於農村基本核算單位問題的指示》指出：“為了進一步調動農民群眾對集體生產的積極性，究竟以生產大隊為基本核算單位好不好的問題，很需要研究……從這些材料看來，就大多數的情況來說，以生產隊為基本核算單位，是比較好的。”要求各級黨委就此認真做一番調查研究，並選擇一二個生產大隊試點，把結果和意見報告中央，以便中央做出決定。
中央提出問題後，從10月中旬起各省都進行了基本核算單位下放到生產隊的試點工作。11月9日，鄧子恢向中央報告了他10月下旬聽取河南、江西兩省農村工作部彙報和在福建龍岩考察的情況，說各級幹部和群眾對基本核算單位下放一致擁護，認為這對克服平均主義、官僚主義、貫徹民主辦社、勤儉辦社、調動社員積極性，發展副業生產都有極大好處。11月23日，毛澤東又起草了中央轉發《鄧子恢同誌關於農村人民公社基本核算單位試點情況的調查報告》的批示，認為此報告很好。12月13日到16日，毛澤東在無錫與當地負責同誌作了多次談話。當講到以生產隊為基本核算單位的問題時，毛澤東說：貫徹要快一點，一傳下去可以調動積極性。當有人說到一種意見認為這是倒退時，毛澤東說：這不是倒退，是前進。不是講底子薄嗎？主要是生產隊底子薄，要使生產隊薄變厚，要發展生產力，就要以生產隊為核算單位。
與此同時，毛澤東指示田家英等人起草《中共中央關於改變農村人民公社基本核算單位問題的指示》草案，並親自審改。1962年1至2月間召開“七千人大會”時，毛澤東將這個草案提交大會討論。2月8日，田家英再次報送毛澤東審閱這個草案時寫信說：關於基本核算單位下放後不變的時間，有一種意見主張寫成“二十年”。究竟寫“四十年”還是寫“至少二十年”。請主席決定。2月11日，毛澤東在田家英短信上批了一段話：“以改為：‘至少三十年’為宜。蘇聯現在四十三年了，農業還未過關，我國也可能需要幾十年，才能過關。”從這個批語中，我們可以看出毛澤東此時在農業問題上是比較冷靜和客觀的。經過“七千人大會”的討論，1962年2月13日，中共中央正式發出了《關於改變農村人民公社基本核算單位問題的指示》，規定人民公社一般以生產隊為基本核算單位，並認為這樣做有四大好處，而其最大好處便是“可以改變生產的基本單位是生產隊，而統一分配單位卻是生產大隊的不合理狀態，解決集體經濟中長期以來存在的這種生產和分配不相適應的矛盾。”