大會主席劉元波鎮定自若，首先把剃光頭提案付之表決，否決了這個有威脅性的提案，防止了大會誤入歧途。接著，辯論是否罷課，爭辯更為激烈。劉元波有意識地多給主張罷課的同學發言機會，鼓舞同學鬥爭的勇氣和信心。這個問題提付表決時，采取反對罷課者先舉手的辦法，使一些反對罷課者在大庭廣眾麵前首先亮相，結果舉手者寥寥無幾。然後，絕大多數學生舉手，通過了罷課的決議。大局已定之後，又通過了成立“沈醫反內戰行動委員會”、召開為內戰死難同胞召開追悼大會以及“六二”組織遊行示威等項決議。這樣，沈醫的反內戰運動彙入了全國反內戰的鬥爭洪流。
大會通過決議後，當晚成立了“沈醫反內戰行動委員會”，人選多半是學生自治會的幹事，也不可避免地混入一些別有用心的人，但進步學生還是占了上風。所以，反內戰行動委員會仍然做出了正確的安排和部署，立即起草、刻印“六二罷課宣言”等宣傳材料，與市內各大中學校進行聯係，召開各校代表會議，準備在“六二”采取統一行動。
5月31日晚，“沈醫反內戰行動委員會”臨散會前，劉元波告訴大家：“這兩天傳聞當局已列出黑名單，為防止意外，最好不要睡在自己的宿舍裏。”當晚，許多進步學生都外出借宿。果然不出所料，當晚軍警進校搜捕，譚樸泉、喬天石、張福海等五人被抓走，白色恐怖籠罩了整個校園。
但是，正義的學生並未被白色恐怖嚇倒。6月1日，還是召開了全市各大中學校學生代表聯席會議，研究“六二”共同行動問題。聯席會議剛開始，沈陽當局就出動多輛裝甲車和大批武裝軍警，包圍了沈醫整個校園。聯席會聞訊後，立即宣布轉移會址。不久，由訓導長帶領的武裝軍警十多人，把仍在“反內戰行動委員會”辦公室裏的韓學信、馬顯文和一個上樓辦事的學生抓走了。
訓導長在光天化日之下領兵抓學生，大大激怒了圍觀的學生。當幾個學生被抓走後，一大群學生把訓導長團團圍住，紛紛嘲諷他、指責他。有一個學生氣得一把抓住他的衣領，質問他為何幹此卑鄙勾當。他嚇得麵如灰土，連連賭咒發誓，說這不是出於他的本意，表示一定設法保釋學生出獄。這時，武裝軍警聞訊，又衝進校園，端著上了刺刀的步槍，由一中校軍官率領，狂妄地喊叫學生散開。但憤怒的學生毫不畏懼，反而越聚越多，把訓導長圍在當中，痛斥他抓學生的暴行，訴說學生愛國無罪，要求軍警撤出校園。訓導長怕事態擴大，不得不與軍警一起退出校園。
學生兩批連續被捕後，學生代表立即向當局和校方提出抗議，要求立即釋放被捕同學。一批學生約五六十人，不畏強暴，衝到警備司令部門前示威。
“六二”那天，沈陽軍警如臨大敵，出動坦克封鎖了東大、沈醫等主要學校，全市實行戒嚴，學生的統一大遊行被破壞了。但是，沈醫為內戰死難同胞而開的追悼大會仍按原計劃於6月2日在大禮堂舉行，學生們懷著悲憤的心情，控訴國民黨當局發動內戰的滔天罪行。原定會後上街遊行的計劃，為了避免犧牲，臨時取消。
國民黨當局為了“平息”學潮，撤了東大校長臧啟芳的職，任命工學院院長劉樹勳為東大代理校長，經東大學生自治會和代理校長的營救，東大被捕學生六人在6月份內分三批獲釋。
“沈醫反內戰行動委員會”為了援救被捕同學，與沈醫院長進行了談判。經過討價還價，校方於6月4日保釋被捕同學，學生當天複課。沈醫被捕同學八人歸來時，許多學生列隊歡迎，“反內戰行動委員會”宣傳部長還發表了熱情洋溢的歡迎詞，慶賀鬥爭勝利。
西安：西北大學等校聲援五二的鬥爭
在解放戰爭時期，西安是國民黨蔣介石進攻陝甘寧邊區首府延安的橋頭堡，胡宗南在此駐有重兵20萬，而其軍事指揮所（西安綏靖公署）就與西北大學（簡稱西大）毗鄰。西安城內特務橫行霸道，任意抓人打人；通貨膨脹，物價飛漲。軍警憲特公開揚言：“西安不是天津、北平，更不是南京、上海。”“誰敢違法叛亂，格殺勿論。”
為了鎮壓學生運動，西大校方根據當局的指示，采取了一係列嚴密控製學生的措施，加強了校內國民黨、三青團的統治。特務學生在校內持槍橫行，公開監視進步師生。但是，白色恐怖嚇不倒富有革命傳統的西大學生，反而加速了他們的覺醒和奮起。
京滬平津反饑餓反內戰運動，特別是南京“五二”血案的消息傳來，西大學生義憤填膺；大地學社根據地下黨的指示，廣泛發動群眾，從生活問題入手，團結各種進步力量和社團組織，為迎接這場戰鬥做了周密準備，以聲援五二運動。