6月3日，以武大校長周鯁生為首，約集教授會18名教授，赴武漢行轅要求保釋被捕學生，抗議中央社歪曲事實真相的報道，並要求追究責任。下午4時，被捕師生釋放回校。
為了掩人耳目，蔣介石6月3日致電校方，故作震驚地說：“武大學生發生不幸事件，殊出意外，尤違中正平日愛護武大之素懷，實深痛惜。刻已電令武漢行轅程主任負責查辦，秉公處理，望對傷亡學生代為撫恤為盼”雲雲。行政院長張群也煞有介事地表示：“已派教部杭次長前往查明，依法處理。”
6月4日，武漢行轅宣布了將稽查處長胡孝揚、行動科長陳肇鴻、八二旅營長解洪葉、憲兵排長張文堂四人“押解行轅軍法處，迅即以軍法審判，從嚴懲處”的命令，並代表國民政府主席送給武大傷亡人員撫恤費、醫藥費兩億元法幣。行轅副主任孫蔚如到武大“慰問”和“道歉”，並口頭作了“保證”：“以後軍警不得任意進入學校逮捕”。6月6日，蔣介石發出手諭：“武漢警備司令彭善對於憲警管製無方，致發生逮捕武漢大學員工事件，著即撤職查辦，遺缺派阮齊代理。”不久，彭善和胡孝揚等被調任其他要職。
為了揭露慘案真相，駁斥中央社歪曲報道，控訴武漢當局鎮壓學生的暴行，武大“六一”慘案處委會根據地下黨組織的建議，成立“答謝團”，於9日至13日分赴武昌兄弟學校報告“六一”慘案真相，取得了各校同學的堅決支持和同情。10日，晉京請願代表團五人飛往南京，先後去行政院、立法院、司法院、監察院遞交了請願書和軍警屠殺學生的照片；向行政院長張群、教育部長朱家驊當麵控訴了武漢當局製造慘案的暴行。接著，分別參加了中大、金大、音樂院、劇專等校為“六一”慘案舉行的追悼會，並召開了記者招待會，揭露中央社的造謠。代表團還派代表赴滬參加全國學聯成立大會，向大會報告了“六一”慘案真相。
“六一”死難烈士出殯
蔣介石發出“手諭”後，武大教授會竟認為“政府此次處置迅速明確”，決定，從9日起複課；致電中央當局對處置表示滿意；從速追悼和安葬死者。對教授會這些決定，學生自治會感到突然，乃於8日晚召開全體學生緊急大會，會上群情激昂，一致認為教授會措施失當，並決定，晉京請願代表立即起程；婉請教授會停發感謝中央電文；死者尚未入土，慘案並未圓滿解決。講師、助教會隨即也召開大會，認為慘案並未圓滿解決，決定暫不複課，並籲請處委會重新組織聯合機構。
6月11日，教授會召開全體學生大會，校長周鯁生在會上提出四點“希望”，接受中央對此事件的處理辦法；停止一切刺激性的標語宣傳及其他對外活動；通知晉京請願代表從速返校；趕快辦理死亡同學善後事宜。大會上，工學院一個教授威脅說：“彭善係蔣主席的嫡係，是省政府主席的後備人選，不是好惹的；如果再繼續鬧下去，他們一不罷二不休，孤注一擲，後果不堪設想，希望大家慎重從事，趕快收兵複課。”
會後，學校當局還出了這樣的布告：“此次事件由於中樞皆極為重視，故能立於肇禍人員以嚴厲撤辦處分，是慘案之責任已明，是非大白，今後自應靜候政府依法懲治，顧全學校責任至重，體念當前處境艱危，互相勸勉，迅複常態，勿令各方同情得而複失，轉陷本校於不可收拾的地步，庶可遠慰諸生堂上之心，而無久廢學業之失！”
三青團湖北支團部書記這時候也召集武大青年軍骨幹分子開會，指使他們發動複課，破壞抗暴鬥爭。
就在這關鍵時刻，武漢地下黨主要負責同誌曾到了上海，向上海局領導人錢瑛彙報。
“六一”慘案的詳情。為了進一步加強地下黨對武大學運的領導，錢瑛把武大兩位學生黨員（王爾傑、趙蔭蘭）的組織關係交給了曾，並同意在武大發展黨員。曾回武漢後，立即派人與王爾傑接上關係，並成立了由陳克東、李循棠、王爾傑三人組成的學運組，隨即研究抬棺出殯、發動各界人士吊唁和參加追悼大會等問題，以把鬥爭推向高潮。
22日，武大師生和校外來賓兩千人，舉行追悼大會，追悼黃鳴崗、陳如豐、王誌德三位死難烈士。大會在體育館靈堂內舉行。會場內外擺滿了花圈和挽聯：
捕教授，殺學生，四項諾言無非是騙術；
求和平，爭民主，一條血路齊心慰英魂。
靈堂前的挽聯：
凶手查凶手，凶手自唱自和，無恥；
同學哭同學，同學流血流淚，傷心。
武大全體學生挽聯是：
那邊高談人權，這邊捕殺青年，好一部新憲法，嚇詐欺敲，殺、殺、殺，自由哄人，民主哄鬼！
隻準大打內戰，不準呼籲和平，看三位親兄弟，犧牲慘痛，慘！慘！慘！萬方同哭，薄海同悲。
繆朗山的挽聯：