慘案當晚，雪下緊了，朵朵潔白的雪花，覆蓋在烈士們的棺木上。北京黨、團地委的同誌，懷著無限悲憤的心情，根據中共北方區委的指示，連夜在北大一院召開緊急聯席會議，決定：悼死慰傷，做好善後工作；開展大規模宣傳活動，徹底揭露段政府的賣國本質；改變工作方式，開展秘密活動。當晚7時，北京團組織又出席了黨在北大一院召開的北京各團體代表會議，一致議決由國民黨北京特別市黨部、北京學生總會、北京京工會第七團體組織北京慘案善後委員會，作為領導各界群眾，進一步開展鬥爭的公開機構。
中共中央和共青團中央對北京慘案極為關注，3月20日分別發表了《中國共產黨為段祺瑞屠殺人民告全國民眾》和《中國共產主義青年團為段祺瑞屠殺愛國學生告全國民眾》書，揭露段祺瑞政府迎合帝國主義的需要、屠殺青年和民眾的暴行，指出段政府已變成赤裸裸的賣國政府，號召全國民眾和青年迅速行動起來，打倒段祺瑞，推翻賣國政府，建立人民政權，以謀全國之真正和平。同日，中共中央和共青團中央還聯合秘密發出《為段祺瑞慘殺愛國學生緊急通告》，要求全黨、全團同誌，“更應以勝過‘五卅’之努力來對付此事”，並製訂了七項具體政策，主要內容有：“利用這次大屠殺，鼓動一個全國民眾的大運動”，“提出的口號，務期更普遍，能容納一切群眾參加”等。在諸項政策中，黨、團中央特別強調闡明了對國民軍的態度。國民軍雖然傾向革命，但畢竟不是徹底的革命軍隊，因而革命運動高漲的時候，在帝國主義的壓力和各派軍閥的聯合進攻下，為自身利益計，發生了動搖和妥協。早在1925年7月13日，馮玉祥就通電所部防範赤化，以避免赤化嫌疑。1926年元旦，馮玉祥通電辭職，將國民軍的領導權交給了張之江。3月6日，國奉戰爭正酣之際，張之江分別致電段祺瑞和賈德耀，希望他們對日益高漲的青年學生運動，設法抑製，以整頓學風。3月18日國民大會期間，擔任代理京畿警衛總司令兼京師警察總監的國民軍高級將領李鳴鍾來函向群眾道歉，聲明今後盡保護之責。但是，國民軍沒有履行這一諾言，致使段祺瑞敢於在國民軍控製區內槍殺青年和群眾，造成慘案。慘案發生後，李鳴鍾又聽命於段政府，張貼告示，不許群眾集會。對此，廣大青年和各界群眾十分痛心和不滿，紛紛指責國民軍。為了爭取國民軍對革命的同情和支持，擴大反帝反封建的統一戰線，黨、團中央在緊急通告中指出：“對國民軍勿加攻擊，他們政策的右傾，乃現時所處的危險地位使然，隻嚴電馮軍將領速起討段。”遵照黨、團中央的指示，北京及全國各地共青團組織，在黨的領導下，掀起了討段反帝高潮。
3月18日深夜，吉兆胡同段宅內人頭晃動，忽而靠近，忽而分開，原來政府閣員正在此舉行緊急會議。經過密謀，為了嫁禍於人，混淆視聽，段祺瑞以他那肮髒的沾滿烈士鮮血的手，拋出了對李大釗的通緝令，汙蔑青年導師李大釗等“假借共產學說，率領暴徒數百人，闖襲國務院，潑灌火油，拋擲炸彈，手槍木棍，叢擊軍警，應一體嚴拿，嚴加懲辦”。段政府顛倒黑白，混淆是非，極盡造謠誣蔑之能事。同日晚，又以國務院名義通電全國，進一步歪曲事實真相，妄圖一手遮天，掩盡天下人之耳目。國民黨右派、國家主義派等團體，甘作帝國主義和反動軍閥政府的應聲蟲，賣力進行反動宣傳，叫囂慘案是“共產黨設下的陷阱”，死難青年是受共產黨利用的犧牲品，攻擊李大釗等是不負責任的“奸人”，並轉移鬥爭目標，聲稱“先除奸人，再言運動”。
“墨寫的謊說，決掩不住血寫的事實。”這是魯迅先生以無比激憤的心情，飽蘸血淚，在慘案當天寫下的不朽名言。共青團北方區委宣傳部成員陳公翊，於血案之夜奮筆撰文，以自己的親身經曆，揭露段政府蓄意屠殺進步青年的真相。這篇文章第二天即在《京報》發表，引起讀者強烈的反響。共青團北方區委組織部負責人兼學生運動委員會書記、全國學生總會北京特派員楊善南，以《今後怎麼辦呢？》為題，在《京報》副刊發表署名文章，指出廣大青年和各界群眾應更牢固地結成聯合戰線，將目標對準帝國主義和賣國政府，直至取得最後勝利。楊善南，原籍安徽，生於上海，平民大學學生，共產黨員、共青團員，自1924年擔任北京地方團學生部負責人，1925年6月被推舉為中華全國學生總會北方特派員，同年10月又任團北方區委組織部負責人和學生運動委員會書記，是北京和北方團組織及學生運動的重要領導者。在白色恐怖日益嚴重的情況下，他公開發表文章，指導青年運動，給廣大團員和青年以極大的鼓舞。慘案後三天，北京學生總會發動全市各校學生一致罷課，組織講演隊，深入街頭巷尾，並分赴全國主要城市，宣傳慘案真相。小學生也編了歌謠，在街上高聲朗誦：
“段執政！”
段執政！
中國從此斷執政！
“外人乘隙毀執政！”
3月23日，北大三院到處懸掛著挽聯，排列著花圈（總計不下二萬件），一派莊嚴肅穆的景象。原來，北京團組織協同黨組織在這裏舉行“三一八”死難烈士追悼大會。它同時也是一個控訴大會和動員大會。操場的兩邊，搭起了主席台。台子上方的白布會標上赫然寫著：“三一八死難烈士追悼大會。”會標兩側分書“先烈之血”“革命之花”八個大字。台後是烈士的遺像和血衣，台前懸掛的白布上，寫著烈士們的姓名。下午1時，大會主席陳毅宣布會議開始。千餘名與會者在哀樂聲中靜默致哀，然後宣讀祭文：