陳獨秀散發傳單，被反動派的暗探當場逮捕。高一涵回憶陳獨秀被捕情景時說：“我同陳獨秀、鄧初三人到新世界，見戲場、書場、台球場內，皆有電燈照耀，如同白日，不好散發傳單。陳獨秀同我兩人隻得上新世界的屋頂花園，那裏沒有遊人，也無電燈。這時剛看到下一層露台上正在放映露天電影，我們就趁此機會，把傳單從上麵撒下去。哪知道，我們正在向下撒傳單時，屋頂花園的陰暗角落裏走出一個人來，向陳獨秀要傳單看，陳獨秀實在天真、幼稚，就從衣袋裏摸出一張傳單給那個人，那個人一看，馬上就說：‘就是這個’。即刻叫埋伏在屋頂花園暗地裏的一夥暗探，把陳獨秀抓住。我乘著這個機會，急走到屋頂花園的天橋上，探子大叫：‘那裏還有一個！’我就在此一刹那間，把手中拿的傳單拋了，趕快走下去，雜在戲園的觀眾中，並脫去長衫，丟掉草帽，躲藏起來。轉眼看到鄧初一人，還在對過台球場內，把傳單一張一張地放在茶桌上。我小聲告訴他，說：‘獨秀已被捕’。他還說：‘不要開玩笑罷！’正說間，遙見陳獨秀已被探子們捉下樓來。陳獨秀怕我們不知道他被捕，故意大呼大跳起來，說：‘暗無天日，竟敢無故捕人！’”為此，《新青年》編輯部（即陳獨秀住宅）當晚也遭到了搜查。陳獨秀被捕監禁了近三個月，李大釗也因此出京到昌黎五峰山躲避了一個時期。陳被釋放時，李也已回到北京。在李的幫助下，陳出走上海。
思想是無法禁錮的。反動派雖然能夠逮捕和監禁散發傳單的人，但是傳單上所宣傳的思想卻不脛而走。反動派的暴力，隻能激起愛國群眾的更大憤怒。全國校友會聯合會在致徐世昌要求釋放陳獨秀的電中說：“陳獨秀被捕，士林驚駭。持論是否偏激，國人自有公評，不得橫加摧殘，防民之口，其可得乎？”北京學生在給警察廳的公函中，指出捕人加罪之舉，隻能“激動全國學界再起波瀾”。上海工業協會的通電中，指出：“大亂之機，將從此始。”許多抗議通電，稱這次捕人事件為興文字獄。章士釗在給北京某要人的電中說：“詎可忽興文網，重激眾怒。”“試觀古今中外，每當文網最盛之秋，正其國運衰歇之候，以明末為殷鑒，可為寒心。今日謠諑繁興，清流危懼，乃迭有此罪及文人之舉，是真國家不祥之象，天下大亂之基也。”
對於陳獨秀被捕的原因，李達曾發表《陳獨秀與新思想》一文，加以分析說：陳獨秀先生是什麼人？大家都曉得是一個‘鼓吹新思想’的書生。
“北京政府逮捕他是怎麼緣故？因為他是‘鼓吹新思想’的緣故。”
“‘鼓吹新思想’的書生，北京政府何以要捕他呢？因為現在的北京政府，是頑固守舊的政府、賣國的政府。陳先生是一個極端反對頑固守舊思想的急先鋒，並且還用文字反對政府賣國的行為。他的文字，很有價值，很能夠把一般青年由朦朧裏提醒覺悟起來。北京政府為了這樣，賣國的舉動不大方便。所以，忌到這位‘鼓吹新思想’的陳先生，想把‘莫須有’的事隨便戴在陳先生的頭上，說是在他家裏發見過激派的書籍印刷物。這事並不是真的。要把陳先生做個標本，來恐嚇許多鼓吹新思想的一般人。”
廣大群眾是不會因為反動派的捕禁而沉默下去的。就在曹、章、陸等賣國賊被罷免後不久，一場聲勢浩大的拒簽和約運動，又緊接而起了。
中華民國學生聯合會的成立
根據運動的發展，各地的學生們感到有進一步組織起來的必要了。
還在6月1日，京、津、寧、滬及留日學生代表即在上海環球中國學生會召集全國學聯的籌備會，“議決名稱為中華民國學生聯合會，並發電各地聯合會，請於兩星期內各派代表二人來滬，商訂章程及辦法，再開成立大會。”
6月12日，上海人民慶祝三罷鬥爭的勝利，示威遊行，並行開市。
同日，在上海的全國學聯籌備會召開常會，“多數以為此次要求，一為外爭外交，一為內懲國賊。今外交既未脫離悲觀境界，國賊亦止於準免本職，揆諸最初之希望，百未一達。”籌備會在致各省各團體的通電中，指出：“如曹、陸、章輩，實繁有徒，若段祺瑞、徐樹錚實為元惡，倘不除惡務盡，雖有華盛頓莫與維新，陳東等之伏闕上書寧有濟耶？”
6月16日下午2時，全國學聯成立大會在上海大東旅館六樓召開，計到有北京、上海、留日學界、天津、武昌、南京、杭州、濟南、嘉興、鬆江、崇明、南通、九江、保定、吉林、安徽、寧波、河南、唐山、蘇州、揚州等各地代表共五十餘人。
除各地學生代表外，參加大會的還有許多來賓，計有教育界人士蔣夢麟、黃任之（炎培）等20餘人；商界人士10餘人；工界人士6人；報界人士戈公振等10餘人。還有個別外賓，如教會學校的教職員等，也來參加。
許多學生代表和來賓都在這個成立大會上發表了演說，表明了各自的態度。
北京學生代表許德珩在會上強調：“我輩宜去虛榮心而牢守堅忍心。”
上海學生代表何葆仁說：“中國社會不良，賣國賊必不能止絕。故本會以改良社會、正人心、敦風俗為主旨，當與中華民國終始。”
教育界代表黃任之強調：“無論何種團體，融洽一致最難，內部一有猜疑，對外即無能力。”
教育界演說的另一代表蔣夢麟，則宣揚英美的影響，他說：“杜威博士曾勸我輩嚐以英文論著送英法美諸國，引動友邦對我中國學生表同情”；又說：“中國學商工各界之活躍，實美國之新感想新精神有以玉成。”
商界兩代表演說，“以任勞與修德兩端相勖”；工界兩代表演說，則希望工界能像學界舉行“公開聯合大會”。報界代表發表演說時也說：“商則應去貴族商會而別成一平民商會，此上海人士之公言也；工則處此萬國勞動同盟說盛行時代，我國更應急起直追，俾不至以地位懸殊而見屏於世界各國之勞動界。甚望商工兩界亦能早自設備，如我學界之聯合開大會耳。”
6月18日，全國學聯召開選舉職員會。北京學生代表段錫朋當選為正會長，上海代表何葆仁當選為副會長，北京學生代表陳寶鍔當選為評議長。幹事長則照章由會址所在地（上海）的學生會評議部選出。
全國學聯成立後，立即號召和組織各地學生，投入拒簽和約運動。
拒簽和約運動
工人們在罷免賣國賊的鬥爭中起了重大作用。他們在拒簽和約運動中，繼續表現得非常堅決和英勇。他們認為，三罷鬥爭的目的，不能止於罷免三個賣國賊。“若賣國首領未誅，賣國條約未廢，亡國之禍終難幸免。”有的工人大聲疾呼：“徐世昌去職難成事實，簽字勢在必行。簽字而山東亡，山東亡而全國隨之，亡國大難迫於眉睫，吾同胞忍坐視家國之亡而甘心作奴隸乎！”