當9日蔡元培出走後不久，載有“殺君馬者道旁兒”的那張啟事，便被北大學生以油印傳單的形式，在北京學生界中廣為散發。各校學生紛紛召集代表會議，討論向政府鬥爭的辦法。北大學生，一麵上書教育部並麵見教育總長，要求明令挽留蔡元培並立即采取措施；一麵向全國各界發出通電，要求支援。他們在通電中說：“北京大學校長蔡元培因受外界脅迫辭職他去，請一致挽留。”“北京大學校長蔡元培先生辭職離京，群情惶惑，恐釀大變，務乞各界重察。”
北大的教師們和學生站在一起。馬敘倫、馬寅初、李大釗、康寶忠、徐寶璜、王星拱、沈士遠等，代表教職員，曾麵見教育總長傅增湘，要求政府挽留蔡元培。傅答複得比較明確，但表示不能代表總統、總理。於是，教職員會作出了“如蔡不留，即一致總辭職”的決議。除教育界外，北京的許多社會團體也積極地進行了留蔡的活動。
5月11日，北京各校教職員聯合會正式成立。12日，反動政府仍無明確表示，北京各校學生和教職員代表遂在北京大學召開聯席會議，商討繼續鬥爭辦法。學生們主張各校立即全體罷課。出席會議的某校校長，則認為須慎重考慮。最後決議，次日（13日）向政府提出最後詢問，如無滿意答複，則一致罷課。
教育總長傅增湘由於不主張對學生采取嚴厲鎮壓政策，同時對蔡元培表示同情和挽留，因此也受到當權的皖係軍閥和政客們的非難。自蔡校長出京後，傅增湘竟於11日步蔡後塵，又不知所在。教育部派僉事二人，分赴西山、天津，尋覓未得。而高等專門各校長，統向教育部具呈辭職。
傅增湘出走後，由次長袁希濤代理。袁在12日、13日連續密電上海教育會，囑留蔡，反映了他的焦慮心情。其12日的電中說：“9日，大學蔡校長辭職，徑行出京。直轄各校長，亦遂辭職。各校員生，紛起請留。情勢急切，部已派商耆，南來挽留。濤昨見首揆，頃謁元首。均囑部，速留蔡。倘蔡公抵滬，請先轉達。”其13日的電中說：“蔡公是否抵滬，請先略複。北京直轄各校長，繼續辭職者，因留蔡未有結果，均尚未回校任事。各校學生代表，每日開會。現狀如此，深以多延時日，無法維持為慮。”
在學生們再一次總罷課的威脅下，在社會輿論的壓力下，當13日各校教職員聯合會的九名代表向政府詢問的時候，政府不得不表示讓步了。5月14日，徐世昌以大總統名義下達了慰留蔡元培的命令。
命令雖已下達，猶恐為蔡所拒絕。5月15日，袁希濤在給上海黃炎培（時任江蘇省教育會副會長）的密電中說：“政府留蔡指令，已發表。直轄各校長，亦多允仍任職。蔡公已否過滬，倘對於挽留一節，遽仍表示決絕，則風潮難息。牽連教育大局，深可危慮。”
在上述情況下，北京的一些大、專校長開始複職了。5月16日，北京高師校長陳寶泉、工專校長洪？、農專校長餘邦正、醫專校長湯爾和等聯電蔡元培，勸其“萬勿堅辭”，電文中說：“公去留關係極大，萬勿堅辭，為吾道留一生機。泉等現以時局艱難，暫出維持現狀，仍視公為去留。”
蔡元培到了上海，又由上海到杭州小住。徐世昌的慰留令下達後，北京各校教職員聯合會也曾去電通知蔡元培，並派代表赴杭麵邀蔡回京。學生聯合會也擬派代表偕同去杭。
蔡在得電後，即有複電到京。複電的全文是：“大總統、總理、教育總長鈞鑒：奉大總統指令慰留，不勝愧悚。學生舉動，逾越常軌，元培當任其咎。政府果曲諒學生愛國愚誠，寬其既往，以慰輿情，元培亦何敢不勉任維持，共圖補救。謹陳下悃，佇候明示。元培。”
蔡元培的電文，也說得很清楚。他複職即“勉任維持”的前提，是政府“曲諒愛國愚誠，寬其既往”。但軟弱的徐世昌政府，在皖係軍閥的操縱和壓力下，卻毫無誠意。他一麵慰留蔡元培，也同時慰留曹、章、陸。而就在同一天內，北京政府又連續下達鎮壓學生運動的命令。而且，蔡元培既有複電前來，並“佇候明示”，那麼政府便應去電催其早日入京。而這些，都無任何表示。既然如此，蔡元培也隻好“臥病故鄉，未能北上”了。因此，遲至1919的9月，蔡元培方才返校。
5月19日的總罷課
反動派是極其狡猾的。如前所述，北京政府在被迫下達挽留蔡元培的命令的同時，也一並發表了挽留曹汝霖等賣國賊的命令。特別應指出的，就在上述命令發布的同一天內，北京政府又連續下達了鎮壓學生運動的命令，命令要求反動軍警“遇到糾眾滋事不服彈壓者，仍遵照前令，依法逮懲”；要求各級行政機關切實約束學生“毋得幹預政治”，並說：“其有不率訓誡，糾眾滋事者，查明斥退。”
所有這些，使學生們更加認清了反動政府的本質，從而進一步激起了他們的鬥誌。
5月15日，曾經同情過蔡元培的教育總長傅增湘，也被明令免職，而以次長袁希濤暫行代理部務。
5月16日，安福係政客們在太平湖安福俱樂部總部召開會議，企圖乘機壟斷教育大權。他們在討論教育總長人選時，有人報告由該黨首領與政府交涉之結果，已提出該派重要人物田應璜，眾皆欣然喜其勢力從此複伸於教育界，當時並有人大呼雲：自有會議以來無如今日之痛快者。田應璜長教育既決定，複決以黃雲鵬或吳文瀚為次長，於是教育部之各司長及其所轄之各校校長皆有所擬議。且有北大教員胡鈞者，湖北某縣人，新國會開幕之始即賣身於某派，當五四事件發生後，乃首趨曹章之前慰問，並痛訾學生之無禮。北大學生聞之，力繪極穢褻之諷刺畫張貼各宿舍中，見者莫不指其善食之長舌以為笑，至是某派直欲以此人繼蔡任接辦北大。
安福係竊奪教育大權的活動，不僅激怒了廣大的青年學生，而且再一次地使教師們卷入到鬥爭中來，他們認為這是教育界的恥辱。
5月17日、18兩日，北京中等以上學生聯合會連續集議，決定自19日起全體總罷課。各校的教職員聯合會也紛紛集會，決定不承認安福係竊奪教育權之事實。
5月18日，各校5000多學生在北大法科禮堂，召開了郭欽光追悼大會。
郭欽光，廣東文昌縣人，在廣州就學初級師範時即積極參加反對二十一條的鬥爭，“與同誌開國恥會於東園。登壇演說，至於嘔血。”1916年夏畢業於師範。1917年，北上就學於北京大學文預科。5月4日的遊行，他積極參加，“奮袂先行，見當局下逮捕學生之令，憤然大痛，嘔血盈鬥。至法國醫院，已有不起之勢。”臨危之際，他猶關心國家大事，痛恨反動政府對學生之鎮壓，他不斷歎息說：“國家瀕危，政府猶以獅子搏兔之力，以壓一線垂盡之民氣；日政府待我留學諸君之事，不圖乃見於生斯長斯之祖國，事可知矣。”他每想到此或每計到此，嘔血就更加不止，這樣延至7日，他就齎誌而歿了。享年僅二十有四。
這是在五四愛國運動中死去的第一位愛國誌士，因而引起大家的沉痛哀悼。追悼大會上懸掛著北京內外各界送來的3000餘副挽聯，郭的遺像兩旁，書有“力爭青島，死重泰山”八個大字。到會的5000多人中，有很多婦女代表參加，北京女子師範及彙文、協和等女校均派有代表到會。大會在肅穆、沉痛的氣氛中進行，許多人，包括北大學生代表、留日學生總會代表、長辛店十人團代表、婦女代表等都發表了演說。首先發表演說的是北大學生代表許德珩，他說：“今日追悼郭君，實無異追悼我們自己。因郭君未了之事業，全憑我們繼行其誌，做到他現在的地位，方肯罷休。”最後發表演說的是一位不知姓名的婦女代表，她在“演說之際，放聲大哭。叩其姓名，不答。”演說完畢，一位姓成的同學將其所戴的最新式東洋草帽當眾扯碎，以示抵製日貨之決心，於是紛紛擲帽壇前者，約數百人。群眾大呼中華民國萬歲。