段祺瑞這次登上政治舞台之時，中國已發生了巨大的變化。十月革命炮聲送來了馬列主義，中國共產黨誕生了。黑暗的大地上出現了一線光明和希望。中國人民也開始覺醒了，他們反對帝國主義的侵略和封建軍閥的專製統治，要求國家擺脫貧困落後的長期分裂的局麵。偉大的革命家孫中山“適乎世界之潮流，合乎人群之需要”，接受了中國共產黨的正確主張，實行聯俄、聯共、扶助農工三大政策，推動了全國革命運動的發展。在這個巨大的曆史潮流麵前，段祺瑞的反動本性非但沒有絲毫改變，反而更變本加厲地與人民為敵了。他在《臨時執政令》中宣稱“革新政製，與民更始”，實際又怎樣呢？身臨其境的馮玉祥頗有感觸地說：“段祺瑞這回初到北京執政，誰都希望他有一番新的覺悟，能把他自己身上的大瘡和虱子割盡除絕，使國家和人民少受些弊害。誰知上台不久，就證實了：不但舊有的虱子未除，反而加了臭蟲；不但大瘡未割，反倒加了疥瘡。官僚買辦、二花臉、三花臉，等等全都來了，成天搶官、搶權、分贓打吵，鬧得昏天黑地，同時他又宣言外崇國信，承認金佛郎案，維護帝國主義的特權，俾軍閥官僚政客買辦攫利，與孫中山先生召開國民會議的主張相對抗。”
段祺瑞在宣言中，置當時中國人民要求廢除一切不平等條約的強烈願望於不顧，宣布了“外崇國信”，即承認帝國主義強加於中國的一切不平等條約，維持它們的特權。這一賣國政策，使正因中國革命運動興起而惴惴不安的帝國主義吃了一粒定心丸，它們為之歡欣鼓舞，在段祺瑞上台的當天，就決定承認這個賣國政府。日本帝國主義尤為高興，竟破例地召開了慶祝會，芳澤公使介紹各國公使分班前往執政府致賀。12月9日，英、美、日、法、意、比、荷七國公使團召開會議後向執政府遞交的照會中說：“願意幫助臨時政府解決各項困難問題”；“對於臨時政府尊重既成條約一事表示欣慰。”此後，段祺瑞又同法帝國主義進行秘密交涉，並通過了自己曾強烈反對過的“金佛郎案”，幹出了曹錕之流不敢幹、未幹完的賣國勾當，使中國蒙受了巨大的損失。他在賣國的道路上越走越遠，完全淪為日本和西方帝國主義的共同的走狗了。
他在對內實行反動的軍閥專製統治方麵，也表現得更加突出。11月10日，孫中山接受中國共產黨的主張，在《北上宣言》中要求“召集國民會議，以謀中國之統一與建設”。當時，召開以人民代表為基礎的國民會議，由人民解決國家大事，結束軍閥專製統治，這是人心所向。然而，段祺瑞則頑固地站在反動軍閥立場上，害怕並反對人民參與國家大事，提出召開一個由實力派軍閥參加的“善後會議”。11月21日，他一意孤行，發出了一個月內召開“善後會議”的通告，抵製國民會議。這遭到了全國人民的堅決反對。29日，上海成立了“國民會議促成會”並發表宣言，反對帝國主義和軍閥分贓的善後會議。接著，北京、天津、南京、保定、濟南、青島、石家莊等地也相繼成立了國民會議促成會。廣州100多個團體的2萬餘人在宣告成立國民會議促成會的同時，舉行了示威遊行。1925年1月29日，段祺瑞悍然拒絕了孫中山提出的善後會議要兼納人民代表、軍製財政最後決定權在於國民會議的兩項條件。2月1日，他包辦的善後會議開場，到會僅86人，不足法定人數，3月1日，與其相對立的國民會議促成會全國代表大會在北京舉行，20多個省區的代表參加會議。李大釗主持大會，並作了題為《帝國主義侵略中國後之國民運動》的重要講話，對善後會議予以揭露和抨擊。
多年來，段祺瑞身邊的無恥文人在他的頭上已經堆砌了不少的溢美之詞，但他還嫌不足，常常沽名釣譽，往自己臉上貼金，幾乎逢人便講他如何如何敬佩孫中山。事實完全相反，他不僅在政治上與偉大的革命家勢不兩立，極盡排擠、打擊之能事，而且在感情上也是極端仇視的。1925年3月12日，孫中山在北京病逝了。段口蜜腹劍，幸災樂禍，並為孫中山的葬禮設置了重重障礙。孫中山的忠誠追隨者李烈鈞等國民黨人議定將其遺體在協和醫院入殮，把社稷壇作為治喪處和停靈處。段祺瑞對此也百般刁難，派了一個姓王的代表說：“執政府對在社稷壇治喪，表示不能同意。”李烈鈞聽到如此狼心狗肺的話，氣得發指眥裂，怒斥這個家夥道：“社稷壇為國家所有，非執政府所得而私，總理手創共和，執政府乃得安居宮苑。今總理踐約而來，不幸病逝，治喪於社稷壇，執政府尚能持異議耶？”次日，段祺瑞又鼠首兩端，寫信給李烈鈞表示讚同在社稷壇治喪。國葬之日，萬民悲慟，前來吊唁的各界人士和群眾每天達10萬餘人。而他竟玩弄手段，先聲言要親自主祭，可到時候又變了卦，說什麼聽到謠傳天安門前有些可疑的人要暗算他，還編造說因為要穿禮服，但因腳腫不能穿鞋而無法前來。李烈鈞對他在如此嚴肅的喪事上反複無常的卑劣行徑十分憤慨，向前來吊唁的數千名青年學生發表演說，說：“此輩昏庸老朽，焉能主持國事”，並當場揭露了他編造的理由，於是，群情激憤，守門的學生不讓他派來的致祭代表、內務總長龔心湛走中路，而從側路進靈堂。第二天，他又派人前來解釋，李烈鈞當即寫信痛斥他出爾反爾，失信於天下。這個厚顏無恥的軍閥理屈詞窮，無言以對。
1926年初，奉係軍閥張作霖與吳佩孚又勾結起來，在日、美帝國主義的支持下，向靠攏革命的愛國將領馮玉祥的國民軍發動進攻。3月12日，日本軍艦駛入大沽口，炮擊國民軍，掩護奉軍進攻天津，被國民軍擊退。16日，日本聯合英、美等八國，十分蠻橫地向北京政府發出最後通牒，提出無理要求。同時，各帝國主義國家的20多艘軍艦在大沽口進行威脅。
帝國主義列強的蠻橫，激怒了中國人民。17日，北京大學學生開會，決定把段祺瑞趕下台，另組國民政府，驅逐八國公使。同日，北京各界代表去執政府請願，要求中國政府駁斥八國的最後通牒，請願代表與執政府衛隊發生了衝突，被打傷了多人，從而使各界群眾更加憤怒，決定第二天開展更大規模的愛國鬥爭。3月18日，北京總工會等團體和各校學生5000餘人在天安門前集會，舉行反對八國最後通牒國民大會，抗議日本軍艦炮擊大沽口的侵略罪行。下午1時20分左右，2000多人的遊行隊伍到執政府請願，要求段祺瑞麵見群眾代表。衛隊旅長急忙向他請示，他凶相畢露，惡狠狠地下令開槍。頓時槍聲大作，手擎紅旗的愛國女學生首先中彈倒地。手無寸鐵的群眾後退，衛隊還繼續追趕射擊，愛國群眾當場被打死47人，被打傷155人，李大釗等也由於掩護群眾而負傷，執政府門前橫屍累累，慘不忍睹，這就是段祺瑞一手製造的“三一八”慘案。偉大的文學家魯迅對他的暴行十分氣憤，怒不可遏地指出，這是“民國以來最黑暗的一天”。慘案發生後，段情緒暴躁，態度蠻橫，反誣愛國群眾是暴徒，下令通緝群眾領袖，甚至大放厥詞，推卸罪責，說什麼：“共產黨闖襲國務院，京師軍警竭力防衛”“聚眾暴動，法所不容”等等。