議和會議一開始，就因彼此分贓反複爭吵，斷而複續，談談打打、打打談談；段祺瑞不甘心把吞進去的東西再吐出來，在北方代表中安插安福係分子，同時在徐世昌下達停戰令後，指使陝西督軍陳樹藩向民軍發動進攻。並派駐豫奉軍許蘭洲部和直係張錫元部赴陝西助戰，且致書陳樹藩說：“徐氏膽小氣斂，小事可以通融，大事萬難讓步，請弟放心為之，限陰曆年內務必聯合各軍平陝，如弟力有不足，再當以國防軍相助。”掣肘徐世昌，破壞議和會議。
上海議和開始後，南方首先提出停止參戰借款，取消參戰軍，陝西停戰等問題，並要求撤換陳樹藩。北方代表因得不到北京複電指示，不能負責，於3月2日向北京政府提出辭職，議和中斷。和會導演者走向前台，3月4日、5日，英美公使分別晉見徐世昌，“詢問”議和情形；7日，英、美、法、意四國公使聯合向北京政府施加壓力，提出緩付參戰款，參戰軍不得用於內戰。外國使團迫使日本停付參戰款，日本和北京政府公布中日軍事協定全文。3月4日，徐世昌重下陝西停戰令，全國各界渴望和平，不願議和長此僵持中斷，上海商會等53個團體3月18日集會，並派代表會見北南方總代表，促請恢複和談。4月1日，直係之長江三督王占元等及吳佩孚聯名通電朱、唐，請重開和會。4月6日，陝西停戰。7日，議和重新恢複。北方提出裁汰兵額，地方自治，發展地方經濟，軍民分治和善後借款等一攬子方案，但繞開國會問題。南方則提出包括國會問題的十三點方案。雙方逐條辯論。正式會議外，又以“扃門會議”秘密談判。國會問題是雙方爭論的焦點，南方揭獵木的“護法”，即以恢複1917年被非法解散的國會為主旨，也是政府存在的法律根據；北方以維護安福國會為根本。安福國會是段祺瑞操縱的政治工具，也是徐世昌任總統的法律根據，政治生命係乎於此。雙方爭論激烈，寸步不讓。會議多日，因2億元善後借款對雙方均具有吸引力，僅就軍事問題和善後借款達成初步協議。徐世昌又授意北方代表提出從完成憲法入手的折衷方案，即由舊國會議員在南京召開憲法會議，完成憲法二讀之手續，追認徐世昌為總統。然後公布憲法，解散南北新舊兩國會。目的是滿足南方護法要求，保全自己的總統地位。奔走京、滬之間的吳鼎昌致電朱啟鈐：“同人態度似應強硬，力往決裂一方做去，再以金錢為餌，或可使少川（唐紹儀字）就國會問題之範圍。”徐世昌等指示李純與陸榮廷暗中接洽，以150萬元收買陸榮廷，同時收買南方總代表唐紹儀。軟硬兼施，一麵以強硬手段對付少川，一麵隻好不惜犧牲金錢。其手法仍蹈襲袁世凱的老譜。
折衷方案觸及安福係最敏感的法統根據，4月15日，安福國會谘請國務總理錢能訓和全體閣員出席議院會議，提出質詰。17日，330餘名安福係議員聯名通電，指責討論國會問題是“越權擅議”，“紊亂國憲，動搖國本”。議和會議再次陷入僵局。5月6日巴黎和會中國外交失敗。議和會議一度恢複，聯名致電巴黎和會中國專使。要求拒絕對德和約。一致對外的口號並未使會議產生轉機，5月13日再度破裂，南北代表宣布總辭職。1920年6月，和議重開，但不久北方發生直皖戰爭，南方發生粵桂戰爭，南與南不和，北與北不和，南北又複不和。10月30日，徐世昌抓住岑春煊、陸榮廷、林保懌、溫宗堯，以粵桂戰爭失敗逃跑，通電取消軍政府、取消兩廣自主之機，發布統一善後令，想過一過統一中國的大總統的癮。次日，孫中山、唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯聯名通電，宣布軍政府依然存在，否認偽統一，指斥徐擅頒統一令，跡近兒戲。徐無視孫中山等的通電，熱衷於成立什麼統一善後會議事務處，公布國會改選日期，任命陸榮廷督辦粵邊防務，譚浩明為廣西督軍。但西南仍成分裂之勢。次年，孫中山任非常國會大總統，南北對立如故。南北議和無形消失，徐世昌所倡導的和平統一終成泡影。
以“文”臨“武”疲於周旋，無可奈何花落去
1919年5月，巴黎和會中國外交失敗消息傳來，全國震動，徐世昌正“征求”各方意見，準備在和約上簽字。輿論大嘩群情激奮，北京學生罷課遊行示威，“五四”運動爆發。5月4日，北京政府逮捕遊行示威學生30餘人。段祺瑞等24日通電各省督軍省長，力主和約簽字。罷課、罷市、罷工，抵製日貨以抗議帝國主義侵略，拒絕和約簽字的運動向全國發展。徐世昌變本加厲，限期北京學生複課，以步軍統領鎮壓學生不力，換上任東三省總督時的王懷慶。但學潮仍方興未艾。6月1日，徐公布青島問題真相，並為曹汝霖、陸宗輿、章宗祥洗刷罪責，表揚其“公忠”。同日下令各校學生即日上課，查禁聯合會、義勇隊，違者嚴辦。王懷慶連日逮捕近千人，並令軍警駐紮學校，監視巡邏。學生運動依然如故，軍警捕不勝捕，迫於全國愛國運動的壓力，北京政府不得不撤去軍警，釋放被捕學生，交由學校管理。6月10日，始將曹、陸、章三人免職。次日，徐世昌和錢能訓向國會提出辭職，並於12日通電全國。國會對徐辭職未予批準。準錢辭職以龔心湛暫代。在全國民情激憤之時，徐世昌及段祺瑞操縱的親日國會仍決定以和約簽字為宜。山東各界代表到北京向總統請願，徐一麵情詞懇切予以肯定答複，一麵致電中國代表即行簽字。26日留法學生和華工包圍中國代表公寓，不準其前往簽字，陸征祥等拒絕在和約上簽字，並發表聲明。徐世昌等隻得接受這個既成事實。7月10日，下令宣布了拒絕和約經過，要國人“勿再囂張”，上下一體、共濟艱危。旋簽訂對奧和約，宣布與德停止戰爭狀態。
日本企圖就山東問題同中國直接交涉。1920年1月23日，廣州軍政府致電北京，首先反對中日交涉。京、津學生遊行講演請願，遭到軍警毆打、逮捕，徐世昌嚴令禁止學生幹政，並解散北京學聯及教職員聯合會。3月5日，吳佩孚反對山東問題由中日直接交涉，並於13日、16日以第三師將士、旅長名義兩次通電各省反對。3月30日，山東籍北洋將領王占元、吳佩孚等48人聯名通電，力爭魯案，態度曖昧的北京政府才通電各省表示不直接交涉。
徐世昌就職宣言中“以啟民智”為中國立足將來世界之本，但在“五四”運動中，他視學生愛國有罪，逮捕拘押，甚至要解散大學，迭次申令嚴禁學生幹政，所謂“民智”者，也還是“民可使由之，不可使知之”的貨色。“五四”新文化運動高漲，科學、民主的新思潮以及社會主義傾向，猛烈衝擊著封建宗法製度的堤防，激進的民主主義者也號召同禍國殃民的軍閥、官僚、政客作鬥爭。而徐世昌背道而馳，於10日下令舉行秋丁祭孔。又以親信張鳳台所請，提倡顏李之學；倡導“篤實學術，端正會風”，重印《顏李叢書》，親自為《顏李師承記》作序說：“今世變日新……而不顧名教淩夷之禍。惟習齋、恕穀之學，合道義，賅體用，事事征實，而無偏倚之弊也。”1920年5月，在清朝太仆寺舊址設立四存學會，四存即顏元所說：“存人、存性、存禮、存治”。徐世昌自任名譽會長，張鳳台任會長，李見荃為副會長。並附設四存中學，後又增設四存小學。次年，發行《四存月刊》，徐親自撰寫《？齋述學》等文章，鼓吹尊孔讀經。對抗新文化運動。徐世昌之意，企圖倡顏李之學“轉移風氣”遏止革命潮流。四存學校有懲於“五四”學生幹政而設，學校有一條嚴格的戒律，即學生不準幹預外事，因此，四存學校學生從來不參加北京各學校學生的罷課遊行活動。徐世昌在清末仍允其弟入新式學堂就學，而“五四”運動以後就竟嚴禁兒孫入學，其兩孫即在家延師講讀，防止沾染“過激”思想。